Ақпарат

L-штамм коронавирусының және S-штамм коронавирусының геномын қайдан табуға болады?

L-штамм коронавирусының және S-штамм коронавирусының геномын қайдан табуға болады?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Мен коронавирустың екі штаммы туралы қызықты мақала оқыдым: https://www.newscientist.com/article/2236544-coronavirus-are-there-two-strains-and-is-one-more-deadly/

Ғалымдар коронавирусты l-штамм және s-штамм деп қалай жіктегенін білгім келеді. Нақтырақ айтқанда, мен l-штамм және s-штамм үшін геномды (ДНҚ) алғым келеді.


Мақала барлық қажетті ақпаратты қамтитын жарияланымға сілтеме жасайды: https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463

Қағазда былай делінген:

Біз SARS-CoV-2 мен SARS-пен байланысты коронавирус (SARSr-CoV; RaTG13) арасындағы геномдық нуклеотидтердің небәрі 4% өзгергіштігін анықтағанымызға қарамастан, бейтарап сайттардағы айырмашылық 17% болды, бұл екі вирустың арасындағы алшақтық әлдеқайда үлкен екенін көрсетеді. бұрын есептелгеннен.

Олардың нәтижелері жаңа вариациялардың дамуындағы эволюциялық өзгерістерді көрсетеді функционалды сайттар рецепторларды байланыстыру доменінде (RBD). Бұл даму вариацияларында SARS-CoV-2 және RBD өзгерістерінің жоғарылауы бар панголин SARSr-CoVs вирустары

Олар S және L вариацияларын қалай анықтайды?

Олар 103 қолжетімді SARS-CoV-2 геномында популяциялық генетика жасады. Бұл екі негізгі түр вирустық штамдар арқылы толық байланысты көрсететін екі SNP арқылы жақсы анықталған.

Сондай-ақ, SARS-CoV-2 жарғанатпен байланысты коронавирусқа (SARSr-CoV; RaTG13) 96,2% ұқсастығы анықталды, бірақ SARS-CoV (79%) немесе MERS-CoV (50) өте ұқсас емес екенін атап өткен жөн. %).

Екі түрі бар екенін қайдан білеміз?

Біз екі түрі бар екенін білеміз, өйткені 103 реттелген геномның екі SNP орны маңызды байланысты көрсетеді. Бұл 8,782 орнындағы SNP (orf1ab: T8517C, синонимдік) және 28,144 (ORF8: C251T, S84L).

Егер сізде «CT» (негізгі жұптардағы сияқты) SARS-CoV-2 гаплотипі болса, сізде L-типі бар («L» түрі, себебі T28,144 лейцин кодонында). Әйтпесе, егер сізде «TC» гаплотипі болса, сізде S-типі бар (C28,144 Серин кодонында).

Олар S-түрінің көне (аз агрессивті нұсқасы) екенін басқа ескі вирустармен теңестіру арқылы анықтады. Іс жүзінде вирустың әрбір нұсқасы үшін тектік күй SARS-CoV-2 (NC_045512), RaTG13 және GD Pangolin-Cov теңестірулері арқылы анықталды.

Сондықтан S және L түрлерін табу үшін менің жауапымды дәлірек айту үшін. Сіз жұқтырған адамның геномын тізбектейсіз (оларды NCBI сайтында онлайнда таба аласыз) оны ағымдағы анықтамалық ретпен (MN908947, NC_045512) туралаңыз, SNP-ге қарап, анықтау үшін олардың «CT» немесе «TC» гаплотипі бар-жоғын анықтаңыз. S немесе L түрі.


COVID-19: Сіздің алғашқы белгілеріңіз қаншалықты ауыратыныңызды болжай ала ма?

COVID-19 инфекциясының алғашқы бірнеше күнінде байқалған белгілер науқастың ауруының ағымын болжауға көмектеседі.

Сіз оқыдыңыз ба?

Бұл Ұлыбританиядағы Лондон Кинг колледжінің зерттеушілер тобының алғашқы тұжырымдарының бірі. Олардың зерттеулері симптомдарды бақылау қолданбасынан деректерді талдау үшін машиналық оқытуды қолдана отырып, COVID-19 алты ықтимал бөлімшелерін анықтады.

Бұл тұжырымдар - әлі сараптамадан өтпеген қағаздан алынған - ауруға қатысты ойлаудың қалай дамып жатқанын және аурумен күресу үшін технологиялардың қалай қолданылып жатқанын көрсетеді.

Дүниежүзілік экономикалық форум коронавирустың өршуіне қарсы не істеп жатыр?

COVID-19 пандемиясына ден қою үшін Дүниежүзілік экономикалық форумның Мемлекеттік-жекеменшік ынтымақтастық жөніндегі халықаралық ұйым ретіндегі миссиясының орталығында тұрған үкіметтердің, халықаралық ұйымдардың және бизнес-қоғамдастықтың жаһандық ынтымақтастығы қажет.

11 наурызда іске қосылғаннан бері Форумның COVID әрекет платформасы COVID-19 денсаулыққа қатысты бұрын-соңды болмаған жаһандық төтенше жағдайдың қаупі мен әсерін азайту үшін 1,106 кәсіпорын мен ұйымның 1,667 мүдделі тараптарын біріктірді.

Платформа Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымының қолдауымен жасалған және бірлескен әрекеттерді біріктіруге және ақпараттандыруға бағытталған барлық бизнес пен салалық топтарға, сондай-ақ басқа да мүдделі тараптарға ашық.

Ұйым ретінде Форум эпидемияны болдырмауға бағытталған күш-жігерді қолдау тәжірибесіне ие. 2017 жылы біздің жыл сайынғы жиналысымызда вакциналарды әзірлеуді жеделдету үшін үкімет, бизнес, денсаулық сақтау, академиялық және азаматтық қоғам сарапшыларын біріктіретін Эпидемияға дайындық инновациялары коалициясы (CEPI) іске қосылды. Қазіргі уақытта CEPI коронавирустың осы тізбегіне қарсы вакцина жасау жарысын қолдайды.

Көптеген адамдар бұқаралық ақпарат құралдарының хабарламалары немесе өкінішке орай, жеке тәжірибенің арқасында кейбір негізгі COVID-19 белгілерін атай алады. Ең танымал белгілерге безгегі, ентігу, шаршау, бұлшықет ауыруы, бас ауруы және тұрақты жөтел жатады.

Ауру туралы көбірек білген сайын, белгілердің тізімі өсті. Дәм және иіс сезімін жоғалту (тиісінше агеузия және аносмия) бүкіл әлем бойынша медициналық органдар қабылдағанға дейін анекдоттық түрде анықталды.

Жақында King's College командасы Ұлыбритания мен АҚШ-та расталған COVID-19 инфекциясы бар 1,600-ге жуық адамның деректерін мұқият зерттеді. Олардың әрқайсысы наурыз және сәуір айларында қолданба арқылы белгілерді тіркеді. Мамыр айында белгілерін тіркеген Ұлыбритания, АҚШ және Швециядан келген 1000-ға жуық қолданба пайдаланушыларының екінші деректер жинағы да зерттелді.

Зерттеушілердің айтуынша, олар симптомдарды алты бөлімге топтаған, бұл пациенттің қаншалықты нашар болуы мүмкін екенін көрсетеді.

Олардың ұсынылатын алты кластері:

1. Тұмауға ұқсас, безгегі жоқ: Бас ауруы, иістің жоғалуы, бұлшықет ауыруы, жөтел, тамақ ауруы, кеудедегі ауырсыну, дене қызуы көтерілмейді.

2. Дене қызуы көтерілетін тұмау тәрізді: Бас ауруы, иістің жоғалуы, жөтел, тамақ ауруы, дауыстың қарлығуы, безгегі, тәбеттің төмендеуі.

3. Асқазан-ішек: Бас ауруы, иістің жоғалуы, тәбеттің төмендеуі, диарея, тамақ ауруы, кеудедегі ауырсыну, жөтел жоқ.

4. Ауыр бірінші деңгей, шаршау: Бас ауруы, иістің жоғалуы, жөтел, безгегі, дауыстың қарлығуы, кеудедегі ауырсыну, шаршау.

5. Ауыр екінші деңгей, шатасу: Бас ауруы, иістің жоғалуы, тәбеттің төмендеуі, жөтел, дене температурасының жоғарылауы, дауыстың қарлығуы, тамақ ауруы, кеудедегі ауырсыну, шаршау, сананың шатасуы, бұлшықет ауруы.

6. Ауыр үшінші деңгей, абдоминальды және тыныс алу: Бас ауруы, иістің жоғалуы, тәбеттің төмендеуі, жөтел, температураның жоғарылауы, дауыстың қарлығуы, тамақ ауруы, кеудедегі ауырсыну, шаршау, сананың шатасуы, бұлшықет ауруы, ентігу, диарея, іштің ауыруы.

Алты санат тыныс алу қиындықтарының спектрін білдіреді. Бұл ауқымды түсіну клиникалық басқаруға және пациенттерді дұрыс күтіммен тиімді және тиімді түрде сәйкестендіруге көмектесуі мүмкін.

Симптомдар мен олардың нәтижелері туралы пациент ұсынған ақпаратты талдай отырып, зерттеу тобы 1-ші топтағы науқастардың 16% ауруханаға түскенімен, 6-топтағылардың жартысына жуығы екенін айтады.

Олар сондай-ақ 4, 5 және 6 жастағы науқастардың жасы ұлғайғанын және қант диабетінен семіздікке дейінгі бұрыннан бар жағдайлардың болуы ықтимал екенін анықтады.

Науқас хабарлаған белгілердің нақты комбинациясы олардың ауыр ауруға шалдығуының ықтимал көрсеткіші болып табылды.

Көбірек зерттеулер жасалуы керек болғанымен, жұмыс COVID-19 жаһандық білімінің кең қорына үлес қосатын бүкіл әлемдегі институттардың маңыздылығын көрсетеді.

Коронавирустық дағдарыс бірқатар жаһандық ынтымақтастықтарды, соның ішінде Дүниежүзілік экономикалық форумның COVID әрекет платформасын тудырды. Осы уақытқа дейін дүние жүзіндегі 350-ден астам мемлекеттік орган мен 850-ден астам жеке ұйым Платформаға қосылып, денсаулық сақтау мен вакцинадан бастап жеткізу тізбегі мен экономикалық қолдауға дейінгі 35 жоба бойынша ынтымақтасады.

Зерттеу сонымен қатар медициналық зерттеулерге көмектесудегі жаңа технологиялардың күшін көрсетеді. Себастьян Оурселин, Лондондағы Кинг колледжінің денсаулық сақтау инженериясы профессоры және зерттеудің аға авторы: «Қолданба арқылы үлкен деректер жиынтығын жинай алу және оларға машиналық оқытуды қолдану біздің ауқымы мен әсерін түсінуімізге қатты әсер етеді. COVID-19 және адам денсаулығы кеңірек ».


L-штамм коронавирусының және S-штамм коронавирусының геномын қайдан табуға болады? - Биология

Уханьдағы (Қытай) пневмония індетінің этиологиялық қоздырғышы 2020 жылдың қаңтарында ауыр жіті респираторлық синдром коронавирусы 2 анықталды. АҚШ-тағы науқасқа Вашингтон штаты мен АҚШ орталықтары осы вирусты жұқтыру диагнозын қойды. Ауруларды бақылау және алдын алу үшін 2020 жылдың 20 қаңтарында. Біз осы науқастың мұрын-жұтқыншақ және ауыз-жұтқыншақ үлгілерінен вирусты бөліп алдық және вирус реттілігін, репликация қасиеттерін және жасуша культурасының тропизмін сипаттадық. Трипсин болмаған кезде вирус Vero-CCL81 жасушаларында және Vero E6 жасушаларында жоғары титрге дейін репликацияланатынын анықтадық. Біз сондай-ақ вирусты 2 вирус репозиторийіне орналастырдық, бұл оны денсаулық сақтау және ғылыми қауымдастықтарға кеңінен қолжетімді етті. Осы реагентке ашық қолжетімділік медициналық қарсы шараларды әзірлеуді тездетеді деп үміттенеміз.

Жаңа коронавирус, ауыр жедел респираторлық синдром coronavirus 2 (SARS-CoV-2) 2019 жылдың соңында Уханьда (Қытай) пневмония індетінің көзі ретінде анықталды (1,2). Вирустың SARS-CoV және SARS-ке байланысты жаралар CoVs сияқты бір түрдегі β-коронавирустар отбасының мүшесі екені анықталды (3,4). Таралу үлгілері SARS-CoV-2 адамнан адамға берілуі мүмкін екенін және SARS-CoV-ға қарағанда жұғуы мүмкін екенін көрсетеді (57). Коронавирустардың протеині вирустың байланысуына және жасушаға енуіне делдалдық етеді. SARS-CoV-2 спикесінің бастапқы сипаттамасы оның адамның жоғарғы және төменгі тыныс жолдарында көрінетін SARS-CoV ангиотензин түрлендіретін фермент сияқты бірдей рецепторды байланыстыратынын көрсетеді (8).

Бұл індеттің таралуының бұрын-соңды болмаған жылдамдығы анықтамалық реагенттерге деген маңызды қажеттілікті білдіреді. Қоғамдық денсаулық сақтау қауымдастығы диагностикалық анықтамалар ретінде қызмет ету үшін вирустық лизаттарды талап етеді, ал зерттеу қауымдастығы вирусқа қарсы қосылыстарды сынау, жаңа вакциналарды жасау және іргелі зерттеулер жүргізу үшін вирус изоляттарын қажет етеді. Бұл мақалада біз Америка Құрама Штаттарында коронавирус ауруы (COVID-19) бар науқастан SARS-CoV-2 оқшаулануын сипаттаймыз және оның геномдық реттілігі мен репликация сипаттамаларын сипаттадық. Біз вирус оқшаулауын 2 вирус реагент репозиторийіне орналастыру арқылы денсаулық сақтау қауымдастығына қолжетімді еттік.

Әдістері

Үлгілер жинағы

Науқас үлгілерінен вирусты оқшаулау иммундау және респираторлық аурулардың ұлттық орталығы, Ауруларды бақылау және алдын алу орталықтары (CDC) (зерттеудің анықтамасы № 0900f3eb81ab4b6e) адам зерттеуі болып табылмайды. Қытайға саяхат кезінде COVID-19 жұқтырған және Вашингтонда (АҚШ) анықталған науқастың клиникалық үлгілері сипатталғандай жиналды (1). Мұрын-жұтқыншақ (NP) және ауыз-жұтқыншақ (ОП) жағынды үлгілері симптомнан кейінгі 3-ші күні жиналып, 2-3 мл вирусты тасымалдау ортасына салынып, молекулалық диагностика үшін пайдаланылды және мұздатылған. Расталған ПТР-оң үлгілер вирусты оқшаулау басталғанша алквоталанып, қайта мұздатылған.

Жасуша мәдениеті, сұйылтуды шектеу және вирусты оқшаулау

Біз оқшаулау және бастапқы өту үшін Vero CCL-81 ұяшықтарын қолдандық. Біз Vero E6, Vero CCL-81, HUH 7.0, 293T, A549 және EFKB3 жасушаларын жылумен белсендірілмеген ұрықтың сиыр сарысуымен (5% немесе 10%) және антибиотиктермен/антимикотиктермен (GIBCO) толықтырылған Дулбекко минималды маңызды ортада (DMEM) өсірдік. https://www.thermofisher.com). Вирусты оқшаулау үшін біз NP және OP жағынды үлгілерін қолдандық. Вирусты оқшаулау, сұйылтуды шектеу және 1 өту үшін біз 96 шұңқырлы тіндерді өсіретін пластинаның 2-12 бағандарына 50 мкл сарысусыз DMEM тамыздық, содан кейін 100 мкл клиникалық үлгілерді 1-бағанға тамыздық және 2 сериялық сұйылтылған. - пластинаға бүктеңіз. Содан кейін біз 10% ұрықтың сиыр сарысуы, 2 × пенициллин/стрептомицин, 2 × антибиотиктер/антимикотиктер және 2 × амфотерицин В 2,5 × 10 5 жасуша/мл концентрациясында DMEM-де трипсинизацияланған және қайта суспензия жасадық. Біз 100 мкл жасуша суспензиясын тікелей клиникалық үлгі сұйылтуларына қостық және тамшуыр арқылы ақырын араластырдық. Содан кейін біз егілген дақылдарды 5% СО атмосферасында ылғалдандырылған 37°C инкубаторда өсірдік.2 және күнделікті цитопатиялық әсерлер (CPEs) үшін бақыланады. Біз SARS-CoV және Таяу Шығыс респираторлық синдромы коронавирусы (MERS-CoV) хаттамаларына негізделген SARS-CoV-2 үшін стандартты тақта талдауларын қолдандық (9,10).

CPE байқалған кезде біз тамшуыр ұшының артқы жағымен жасуша моноқабаттарын қырып тастадық. Біз растау сынағы және реттілік үшін жалпы нуклеин қышқылын алу үшін 50 мкл вирустық лизат қолдандық. Біз сондай-ақ 90% қосылған 24 шұңқырлы пластинаның шұңқырын егу үшін 50 мкл вирус лизатын қолдандық.

Инклюзивтілік/Айрықшалықты тестілеу

CPE байқалған ұңғымалардан нақты уақыттағы кері транскрипциялық ПТР (CDC) және толық геномды секвенирлеу (1). CDC молекулярлық диагностикалық талдау нуклеокапсид генінің 3 бөлігіне бағытталған және үлгі оң деп есептелуі үшін барлық 3 бөліктің нәтижелері оң болуы керек (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt- pcr-detection-instructions.html және https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-panel-primer-probes.html). Басқа респираторлық вирустардың жоқтығын растау үшін біз жылдам тыныс алу жолдарының патогендерін 33 сынауын жасадық (FTD Diagnostics, http://www.fast-trackdiagnostics.com).

Тұтас геномды секвенирлеу

Біз коронавирустың анықтамалық тізбегі негізінде геномды қамтитын 37 жұп кірістірілген ПТР құрастырдық (GenBank қосылу № NC045512). Біз изоляттардан нуклеин қышқылын бөліп алдық және 37 жеке кірістірілген ПТР көмегімен күшейттік. Біз оң ПТР ампликондарын кейінгі Сангер секвенциясы үшін жеке қолдандық, сонымен қатар оларды кейіннен Оксфорд Nanopore MinION секвенирлеуі үшін байлау секвенирлеу жинағын (Oxford Nanopore Technologies, https://nanoporetech.com) пайдалану арқылы кітапхананы дайындау үшін біріктірдік. Біз Minimap нұсқасының 2.17 (https://github.com) және Samtools нұсқасының 1.9 (http://www.htslib.org) нұсқасын пайдалану арқылы консенсус нанопоры тізбектерін жасадық. Біз Sequencher 5.4.6 нұсқасын (https://www.genecodes.com) пайдалану арқылы екі бағытта да Сангер секвенциясы арқылы консенсус тізбегін жасадық және нанопоралар секвенирлеуінен жасалған консенсус тізбегін пайдалану арқылы одан әрі растадық.

Өндіруші хаттамасына сәйкес 4-ші қорды ретке келтіру үшін Next Ultra II RNA Prep Kit (New England Biolabs, https://www.neb.com) арқылы кітапханаларды реттілікке дайындадық. Қысқаша айтқанда, біз ≈70-100 нг РНҚ-ны 15 минут ішінде бөлшектедік, содан кейін кДНҚ синтезі, соңғы жөндеу және адаптерді байлау. ПТР 6 раундынан кейін біз Agilent Bioanalyzer (https://www.agilent.com) арқылы кітапханаларды талдадық және сандық ПТР көмегімен олардың санын анықтадық. Біз Illumina (Illumina, Inc., https://www.illumina.com) MiniSeq құралында жұптастырылған 75 базалық протоколды және High-Output жинағын пайдалану арқылы үлгілерді біріктіріп, үлгілерді ретке келтірдік, содан кейін оқуларды пайдалану арқылы өңдедік. Trimmomatic нұсқасы 0.36 (11) сапасыз негізгі қоңырауларды және кез келген адаптер ретін жою үшін. Біз ABySS құрастыру бағдарламасын қолдандық (12) 20-дан 40-қа дейінгі бірнеше түрлі оқу және кмер мәндерін пайдалану арқылы оқу мәндерін контигтерге жинау үшін. Біз BLAST (https:/) көмегімен Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығымен (Бетесда, MD, АҚШ) contigs >400 негіздерін салыстырдық. /blast.ncbi.nlm.nih.gov). Әрбір үлгіде алынған дерлік толық ұзындықтағы вирустық контиг 2019-nCoV/USA-WA1/2020 штаммына 100% сәйкестікке ие болды (GenBank қосылу № MN985325.1). Қалған контигтердің барлығы хост жасушасының рРНҚ немесе митохондрияларымен салыстырылады. Біз кесілген көрсеткіштерді BWA 0.7.17 нұсқасын пайдалану арқылы анықтамалық ретпен салыстырдық (13) және біріктірілген геномиканы қарау құралы арқылы осы оқуларды визуализациялаңыз (14) USA-WA1/2020 штаммымен сәйкестікті растау үшін.

Электрондық микроскопия

Біз колбадан жұқтырған Веро жасушаларын қырып алдық, төмен жылдамдықпен центрифугалау арқылы түйіршіктелген, 0,1 моль/л фосфат буферімен шайып, қайтадан түйіршіктелген және 2,5% буферленген глутаральдегидте 2 сағат бойы бекітілген. Содан кейін біз үлгілерді 1% осмий тетроксидімен бекітіп, 4% уранилацетатпен боялған, сусыздандырылған және эпоксидті шайырға ендірілген. Біз ультра жұқа кесінділерді кесіп, оларды 4% уранилацетат пен қорғасын цитратымен боядық және Thermo Fisher/FEI Tecnai Spirit электронды микроскопын (https://www.fei.com) пайдалану арқылы зерттедік.

Протеинді талдау және Батыс Blotting

Біз 2% SDS және 5% β-меркаптоэтанолы бар Laemmli натрий додецил сульфаты-полиакриламидті гель электрофорез үлгі буферін (Bio-Rad, https://www.bio-rad.com) пайдалану арқылы жасуша лизаттарын жинадық. Біз биологиялық қауіпсіздіктің 3-деңгейі зертханасынан жасуша лизаттарын алып тастадық, оларды қайнатып, полиакриламидті гельге жүктедік. Біз лизаттарды натрий додецилсульфаты-полиакриламидті гель электрофорезіне ұшыраттық, содан кейін поливинилидендифторид поливинилиденді фторидті мембранаға ауыстырдық. Содан кейін біз мембрананы 0,1% Tween-20 (TBS-T) бар Tris-буферленген тұзды ерітіндіде ерітілген 5% майсыз құрғақ сүтте 1 сағат бойы бітеп тастадық, содан кейін TBS-T-мен қысқаша жуудан кейін. Біз түнде мембрананы бастапқы антиденемен, не қоянның SARS-CoV протеиніне қарсы поликлоналды сарысумен инкубацияладық (#40150-T52 Sino Biological, https://www.sinobiological.com), β-актин антиденесі (#4970 жасушалық сигнал беру технологиясы, https://www.cellsignal.com) немесе SARS-CoV нуклеокапсидіне қарсы қоянның реттелетін поликлоналды сарысуы. Содан кейін біз мембрананы TBS-T көмегімен 3 рет жуып, желкек пероксидазасымен конъюгацияланған екінші реттік антиденені 1 сағат бойы қолдандық. Кейіннен мембрананы TBS-T көмегімен 3 рет жуып, Clarity Western ECL субстратымен (#1705060S Bio-Rad) инкубациялады және көп мақсатты бейнелеу жүйесімен кескінге түсірдік.

SARS-CoV нуклеокапсидті антиденелердің генерациясы

Біз pBM302 плазмидін қолдандық (15) C-терминал His6 тегі бар SARS-CoV нуклеокапсид протеинін инклюзия денелерінде жоғары деңгейге жеткізу үшін ішек таяқшасы және рекомбинантты протеин денатурациялау жағдайында никель-аффинді баған хроматографиясын қолдану арқылы инклюзия денелерінен тазартылды. Біз протеинді ренатурациялау үшін мочевина концентрациясын төмендететін рекомбинантты SARS-CoV нуклеокапсид ақуызын қайта жинау үшін Tris/фосфат буферіне қарсы сатылы диализді қолдандық. Содан кейін біз қояндарды ренатурацияланған, толық ұзындықтағы, SARS-CoV нуклеокапсид ақуызымен иммунизацияладық, сәйкестігі бойынша тазартылған қоянға қарсы SARS-CoV нуклеокапсид ақуызының поликлоналды антиденесін генерацияладық.

Нәтижелер

1-сурет.Коронавирустық ауруы бар науқастан алынған ауыр жедел респираторлық синдром coronavirus 2 туындаған цитопатиялық әсер, Америка Құрама Штаттары, 2020. A–C) Веро жасушасының моноқабаттарының фазалық-контрастты микроскопиялық егуден кейінгі 3 күндегі: A) Жалған.

2020 жылдың 22 қаңтарында Вашингтон штатында расталған COVID-19 науқасы анықталды. Жалған жұқтырған жасушаларда CPE байқалмады (1-сурет, А панелі). Цикл шегі (Cт) мәндер NP үлгілері үшін 18–20 және OP үлгілері үшін 21–22 болды (1). Оң клиникалық үлгілер 2020 жылдың 22 қаңтарында жасуша культурасына егілді және қайта мұздатылған. Біз егуден кейін 2 күн CPE бақылап, егуден кейінгі 3-ші күні вирустық лизат жинадық (1-сурет, В, С панельдері). CDC молекулалық диагностикалық талдауын қолдану арқылы SARS-CoV-2 бар-жоғын растау үшін нуклеин қышқылын алу үшін 50 мкл 1-ші вирустық лизаттарды қолдандық.1). Cт 3 нуклеин қышқылы экстракциясының мәндері нуклеокапсид 1 бөлігі үшін 16,0–17,1, нуклеокапсид 2 бөлігі үшін 15,9–17,1 және нуклеокапсид 3 бөлігі үшін 16,2–17,3 болды, бұл SARS-CoV-2 (C) оқшауланғанын растады.т <40 оң нәтиже болып саналады). Біз сонымен қатар Fast Track 33 Assay көмегімен сығындыларды 33 қосымша тыныс алу жолдарының патогендері үшін сынадық. Басқа қоздырғыштар анықталмады. Сәйкестендіру қосымша жұқа секциялы электронды микроскопия арқылы расталды (1-сурет, D панелі). Біз коронавирустарға тән морфология мен морфогенезді байқадық.

Біз тұтас геномды секвенирлеу үшін ОП бірінші өтуінен алынған изоляттарды және NP үлгісін қолдандық. NP үлгісінің (GenBank қосылуы MT020880) және ОП үлгісінің (GenBank қосылу № MT020881) геномдары бір-бірімен 100% сәйкестікті көрсетті. Изоляттар да сәйкес клиникалық үлгімен 100% сәйкестікті көрсетті (GenBank қосылу № MN985325).

Екінші өтуден кейін біз ОП және NP үлгілерін бөлек өсірмедік. Біз Vero CCL-81 жасушаларында вирус оқшаулауын тағы 2 рет өткіздік және 50% тін культурасының инфекциялық дозасын (TCID) анықтау арқылы титрлендірдік.50). Титрлер 8,65 × 10 6 TCID болды50/мл үшінші өту үшін және 7,65 × 10 6 TCID50/мл төртінші өту үшін.

Біз бұл вирусты трипсиннің болмауынан өткіздік. SARS-CoV-2 протеинінің тізбегі S1-S2 интерфейсінде фуринмен бөлінуі мүмкін RRAR кірістіруіне ие.16). Құс тұмауының жоғары патогенді вирустары гемагглютинин ақуызының HA1-HA2 интерфейсінде вириондардың жасушаішілік жетілуіне және вирустың тиімдірек репликациясына мүмкіндік беретін жоғары негіздік фуриндік ыдырауға ие.17). SARS-CoV-2-дегі RRAR кірістіру ұқсас функцияны атқаруы мүмкін.

Сурет 2. Коронавирустық аурумен ауыратын науқастан алынған ауыр жедел респираторлық синдром coronavirus 2 вирусының таралуы және сандық көрсеткіші, Америка Құрама Штаттары, 2020. A) Вирустың екі өтуі 4 қоры (қара және сұр шеңберлер) сандық түрде анықталды.

Кейіннен біз VeroE6 жасушаларында SARS-CoV-2 төртінші өту қорын, ұрықтың резус маймылының бүйрек жасушаларының басқа желісін жасадық. Біз SARS-CoV-2 өту 4 қорынан вирустық РНҚ ретін алдық және оның бастапқы анықтамалық тізбекпен салыстырғанда (GenBank қосылу № MN985325) нуклеотидті мутациялардың жоқтығын растадық. SARS-CoV VeroE6 жасушаларында және MERS-CoV Vero CCL81 жасушаларында жақсы өсетіні анықталды (18,19). Бляшка талдауын орнату және сандық анықтау үшін қолайлы Vero жасуша түрін анықтау үшін біз VeroE6 және VeroCCL81 жасушаларында 4-ші өту қорын титрледік. Сұйылту сериясымен жұқтырылғаннан кейін SARS-CoV-2 Vero жасушаларының екеуінде де репликацияланды, алайда вирустық титрлер Vero CCL81 жасушаларына қарағанда VeroE6 жасушаларында сәл жоғары болды (2-сурет, А панелі). Сонымен қатар, бляшкалар Vero E6 жасушаларында айқынырақ және көрінетін болды (2-сурет, B панелі). Енгізуден кейінгі 2 күннің өзінде VeroE6 жасушаларында бейтарап қызыл түске бояу арқылы көрінетін айқын бляшкалар пайда болды. Керісінше, Vero CCL81 жасушалары азырақ мөлдір бляшкалар тудырды және егуден кейінгі 3 күн ішінде бейтарап қызыл түспен бояу арқылы санды оңай анықтауға болады. Жеке бляшка моноқабаттарында Vero E6 жасушаларының SARS-CoV-2 инфекциясы жасуша клиренсі аймақтары бар CPE шығарды (2-сурет, C панелі). Керісінше, Vero CCL81 жасушаларында бляшкаларды қалыптастыру үшін біріктірілген өлі жасушалардың аймақтары болды, бірақ жасушалар тазартылмады. Бұл нәтижелер бірге VeroE6 жасушалары күшейту және сандық анықтау үшін ең жақсы таңдау болуы мүмкін екенін көрсетеді, бірақ Веро жасушаларының екеуі де SARS-CoV-2 күшейту мен репликациясын қолдайды.

3-сурет. SARS coronavirus 2-ге (SARS-CoV-2) сезімтал коронавирус ауруы бар науқастың жасуша линиялары, Америка Құрама Штаттары, 2020 ж. Жасуша желілері инфекцияның жоғары көптігімен (>5) жұқтырылған, адсорбциядан кейін жуылған және.

SARS-CoV-2-ні зерттеу және оған жауап беру үшін зерттеу басталғандықтан, инфекцияға сезімтал жасуша желілері мен түрлері туралы ақпарат қажет. Сондықтан біз SARS-CoV-2-нің бірнеше қарапайым примат пен адамның жасушалық желілерін, соның ішінде адам аденокарцинома жасушаларын (A549), адамның бауыр жасушаларын (HUH7.0) және адамның эмбриональды бүйрек жасушаларын (HEK-) жұқтыру және көбейту қабілетін зерттедік. 293T), Vero E6 және Vero CCL81 ұяшықтарына қосымша. Біз сондай-ақ SARS-CoV-2 репликация қабілеті үшін қол жетімді үлкен қоңыр жараның бүйрек жасушаларының желісін (EFK3B) зерттедік. Әрбір жасуша сызығы инфекцияның жоғары жиілігінде егілді және инфекциядан кейін 24 сағаттан кейін зерттелді (3-сурет, А панелі). Инфекциядан кейінгі 24 сағатта >107 PFU дейін өскен Vero жасушаларынан басқа жасуша линияларының ешқайсысында CPE байқалмады. Керісінше, HUH7.0 және 293T жасушалары қарапайым вирустық репликацияны көрсетті, ал A549 жасушалары SARS-CoV-2 инфекциясымен үйлеспейді. Бұл нәтижелер SARS-CoV-ға сезімталдықтың бұрынғы нәтижелеріне сәйкес келеді және MDCK, HeLa, HEP-2, MRC-5 жасушаларын және эмбрионды жұмыртқаларды қоса алғанда, басқа да жалпы культура жүйелерінің SARS-CoV-2 репликациясын қолдауы екіталай деп болжайды (2022). Сонымен қатар, SARS-CoV-2 MERS-CoV-ға сезімтал жарғанаттардың EFK3B жасушаларында репликацияланбады. Бірге нәтижелер SARS-CoV-2 сезімтал жасуша линиялары бойынша SARS-CoV-ге ұқсас профильді сақтайтынын көрсетеді.

Бірнеше жасуша түрлерінде SARS-CoV-2-мен сенімді инфекцияны анықтағаннан кейін біз SARS-CoV-2-ге қарсы SARS-CoV антиденелерінің кросс-реактивтілігін бағаладық. Жұқтырған жасуша линияларынан алынған жасуша лизаттары ақуызды талдау үшін зерттелді, біз SARS-CoV протеиніне қарсы поликлоналды сарысу мен нуклеокапсид белоктары SARS-CoV-2-ні танитынын анықтадық (3-сурет, В, С панельдері). 2B тобында жоғары деңгейде сақталған нуклеокапсид ақуызы SARS-CoV және SARS-CoV-2 арасында >90% амин қышқылы сәйкестігін сақтайды. Репликация нәтижелеріне сәйкес (3-сурет, А панелі) SARS-CoV-2 Веро жасушасының екеуінде де берік нуклеокапсид ақуызын, HUH7.0 және 293T жасушаларында аз ақуызды және A549 және EFK3B жасушаларында ең аз ақуызды көрсетті (3-сурет, панель B). SARS-CoV протеиніне қарсы антидене сонымен қатар SARS-CoV-2 протеинін таныды, бұл кросс-реактивтілікті көрсетеді (3-сурет, C панелі). SARS CoV-ке сәйкес, SARS-CoV-2 протеинінің бірнеше бөлінген және бөлінбеген түрлері байқалды. Тыныс алу жасушаларының желісі болып табылатын Calu3 жасушаларынан алынған SARS спикінің оң бақылауының бөліну үлгісі аздап өзгереді және SARS-CoV-да фуриннің бөліну аймағының болжанған кірістіруіне байланысты 2 вирус арасындағы масақ ақуыздарының протеолитикалық бөлінуі арасындағы айырмашылықты көрсетуі мүмкін. 2 (16). Дегенмен, жасуша түрі мен жағдайындағы айырмашылықтар бұл интерпретацияны қиындатады және эквивалентті жүйелерде одан әрі зерттеу қажеттілігін көрсетеді. Жалпы алғанда, SARS-CoV нуклеокапсидінен және протеинге қарсы антиденелерден алынған ақуыз экспрессиясы деректері репликация нәтижелерін қайталайды және SARS-CoV реагенттерін SARS-CoV-2 инфекциясын сипаттау үшін пайдалануға болатындығын көрсетеді.

4-сурет. Коронавирус ауруы бар науқастан алынған ауыр жедел респираторлық синдром coronavirus 2 үшін көп сатылы өсу қисығы, Америка Құрама Штаттары, 2020. Vero CCL81 (қара) және HUH7.0 жасушалары (жасыл) көп мөлшерде жұқтырылды.

Соңында біз SARS-CoV-2 репликация кинетикасын көп сатылы өсу қисығында бағаладық. Қысқаша айтқанда, біз Vero CCL-81 және HUH7.0 жасушаларын SARS-CoV-2 инфекциясының төмен жиілігінде (0,1) жұқтырдық және 72 сағаттан кейінгі егу кезінде вирустың репликациясын әрбір 6 сағат сайын бағалады, жасушамен байланысты және HUH7.0 жасушаларында бөлек жиналады. супернатант бөлімдері (4-сурет). SARS-CoV-ға ұқсас, SARS-CoV-2 тұтылудың бастапқы фазасынан кейін Веро жасушаларында 10 5 TCID-ке қол жеткізіп, тез репликацияланды.50/мл, инфекциядан кейін 24 сағаттан кейін және >10 6 TCID шегіне жетеді50/мл. Біз жасушалармен байланысты және супернатант бөлімшелерінде ұқсас титрлерді байқадық, бұл тиімді шығуды көрсетті. Инокуляциядан кейінгі 48 сағаттан кейінгі ең жоғары вирустық титрлерге қарамастан, негізгі CPE егуден кейінгі 60 сағатқа дейін байқалмады және егуден кейінгі 72 сағатта шыңына жетті, бұл жұқтырған моноқабаттарды CPE шыңы байқалғанға дейін жинау керек екенін көрсетеді. HUH7.0 жасушаларында репликация бастапқы тұтылу фазасынан кейін де тез өсті, бірақ жасушаішілік бөлімде 2 × 10 3 TCID кезінде 24 сағаттан кейін егуден кейін платоға жетті.50/мл және егуден кейін 66 сағаттан кейін төмендеді. Вирус жұқтырған HUH7 жасушаларының үстіңгі қабатында егуден кейінгі 36 сағатқа дейін анықталмады және барлық уақыт нүктелерінде төмен титрлерді көрсетті (4-сурет). Негізгі CPE ешқашан HUH7.0 жасушаларында байқалмады. Бұл нәтижелер SARS-CoV және MERS-CoV үшін алдыңғы есептермен сәйкес келеді, ол зооноздық CoV штаммдары арасындағы ұқсас репликация динамикасын ұсынды (23,24).

Талқылау

Біз осы жерде сипатталған SARS-CoV-2 USA-WA1/2020 вирустық штаммы туралы ақпаратты Biodefense and Emerging Infections Research Resources Repository (https://www.beiresources.org) реагент ресурстарына (American Type Culture Collection, https: //www.atcc.org) және Техас университетінің медициналық филиалы (https://www.utmb.edu/wrceva) дамып келе жатқан вирустар мен арбовирустардың дүниежүзілік анықтамалық орталығына (https://www.utmb.edu/wrceva), SARS-CoV-2 анықтамалық штаммы ретінде қызмет етеді. Құрама Штаттар. SARS-CoV-2 төртінші өту вирусы реттелген және Америка Құрама Штаттарындағы бастапқы клиникалық штаммен бірдей нуклеотидтер тізбегін сақтайды. Бұл депозиттер бұл вирус штаммын отандық және халықаралық денсаулық сақтау, академиялық және фармацевтикалық секторларға іргелі зерттеулер, диагностикалық әзірлеу, вирусқа қарсы тестілеу және вакцина жасау үшін қолжетімді етеді. Кең қол жетімділік қарсы шараларды әзірлеу мен тестілеуді тездетеді және осы жаңа пайда болған вирустың берілу қабілеті мен патогенезін жақсырақ түсінуге мүмкіндік береді деп үміттенеміз.

Доктор Харкорт – Ұлттық иммундау және респираторлық аурулар орталығының, Ауруларды бақылау және алдын алу орталықтарының микробиологы, Атланта, GA. Оның ғылыми қызығушылықтары пайда болатын коронавирустық репликация және антиденелердің жауаптары.

Алғыс

SARS-CoV нуклеокапсид ақуызын білдіретін pBM302 плазмидін қамтамасыз еткені үшін Маванур Р.Сурешке алғыс айтамыз.

Сипатталған реагент биоқорғаныс және дамып келе жатқан инфекцияларды зерттеу ресурстарының репозиторийі, Ұлттық аллергия және жұқпалы аурулар институттары, ұлттық денсаулық институттары арқылы қол жетімді: SARS-қа қатысты коронавирус 2, изоляты USA-WA1/2020, NR-52281.

Бұл зерттеу Ұлттық денсаулық сақтау институтының Ұлттық қартаю институты және Ұлттық аллергия және жұқпалы аурулар институттары гранттарымен қолдау тапты (U19AI100625 және R00AG049092 VDM үшін, R24AI120942 үшін SCW және AI99107 және AI114657 үшін STAR қамтамасыз етті) Техас университетінің жүйесі VDM Техас университетінің медициналық филиалындағы адам инфекциясы және иммунитеті институты (S.M.) және Техас университетінің медициналық филиалындағы Маклафлин шәкіртақы қоры ұсынатын тағылымдамадан өтушілерді қаржыландыру.

Анықтамалар

Фигуралар

Бастапқы жарияланған күні: 2020 жылдың 11 наурызы

1 Бұл авторлар осы мақалаға бірдей үлес қосты.

2 Бұл аға авторлар осы мақалаға бірдей үлес қосты.

Авторларға хат-хабар жіберу үшін төмендегі форманы пайдаланыңыз немесе олармен келесі мекенжай бойынша хабарласыңыз:

Натали Дж. Торнбург, Ауруларды бақылау және алдын алу орталығы, 1600 Clifton Rd NE, Mailstop H18-6, Atlanta GA 30329-4027, АҚШ

Пікір сәтті жіберілді, пікіріңіз үшін рахмет.


L-G: Жаңа коронавирустың бірнеше мутациясын картаға түсіру

SARS-CoV-2 коронавирусы бүкіл әлемге таралып, соңғы бір жылда 1,5 миллионнан астам адамның өмірін қиды, ол адамның иелеріне бейімделгендіктен, жеті негізгі топқа немесе штаммдарға айналды.

Вирустың сол өзгерістерін картаға түсіру және түсіну ол тудыратын Ковид-19 ауруымен күресу стратегияларын әзірлеу үшін өте маңызды.

«Геномиканы қараудың себебі - оның қайдан шыққанын білуге ​​тырысу ... біз пандемиядан не күтетінімізді анықтауға тырысу үшін бұл ақпарат өте маңызды», - деді Оңтүстік Австралияның бас денсаулық сақтау қызметкері Никола Спурриер. қараша айының басында штаттағы індеттен кейін.

Reuters негізгі штаммдардың жаһандық үстемдігі уақыт өте келе қалай өзгергенін көрсету үшін әлемдегі жаңа коронавирус геномдарының реттілігінің ең үлкен дерекқоры болып табылатын Тұмау туралы барлық деректерді ортақ пайдалану жөніндегі жаһандық бастаманың (GISAID) 185 000-нан астам геном үлгісін талдады.

Қытайдың Ухань қаласында 2019 жылдың желтоқсанында анықталған бастапқы штамм L штаммы болып табылады. Содан кейін вирус 2020 жылдың басында S штаммына мутацияланды. Одан кейін V және G штаммдары пайда болды. G штамы GR, GH және GV штаммдарына мутацияға ұшырады. Басқа бірнеше сирек мутациялар О штаммы ретінде топтастырылған.

Мутация – организмнің генетикалық материалының өзгеруі. Вирус өзінің миллиондаған көшірмелерін жасап, хосттан хостқа ауысқанда, әрбір көшірме бірдей бола бермейді. Бұл шағын мутациялар вирус жұқтырған кезде жинақталады және қайта-қайта көшіріледі.

Пандемия кезінде вирус әлем бойынша салыстырмалы түрде тез тарады, әртүрлі жерлерге бірнеше рет енгізілді және үнемі жаңа індеттерді тудырды. Осы уақыт ішінде GISAID-ке хабарланған үлгілер арасында штаммдардың әртүрлі қоспасы болды.

Елдер өз шекараларын жаба бастағанда, енгізілген жаңа штаммдар аз болды, ал G-типті штаммдары неғұрлым төзімді елдерде олар үстемдік ете бастады.

Азияда бастапқы L штаммы ұзақ уақытқа созылды, өйткені бірнеше елдер, соның ішінде Қытай, шекараларды тез жауып, қозғалысты қысқартты. Керісінше, Солтүстік Америка мен Еуропа қозғалысты соншалықты шектемеді, кем дегенде бастапқыда, бұл G штаммдарының жылдамырақ қарқынмен таралуына және мутациялануына мүмкіндік берді.

Мельбурндегі Дикин университетінің денсаулық факультетінің эпидемиология кафедрасының меңгерушісі Кэтрин Беннетт: «Бұл вирус суперспрейдер оқиғаларында қозғалады, бұл вирус ерекше жұқпалы болуы керек емес», - деді. «Кластерлік тасымалдауға байланысты біз әртүрлі үлгілерді көреміз».

G штамдары қазір бүкіл әлемде басым. Бір ерекше мутация, D614G, ең көп таралған нұсқа болды.

Ең соңғы пайда болған мутация GV штаммы болып табылады, ол осы уақытқа дейін Еуропада оқшауланған, сарапшылардың айтуынша, бұл штамм қандай да бір трансмиссиялық артықшылыққа байланысты немесе жазда әлеуметтік белсенді жастар мен туристерге әсер еткендіктен таралып жатқаны белгісіз.

SARS-CoV-2 вирусы осы уақытқа дейін баяу мутацияға ұшырады, бұл ғалымдар мен саясаткерлерге оның жетістіктерін бақылауға мүмкіндік берді.

Дегенмен, ғалымдар кейбір мутациялардың салдары туралы екіге бөлінді. Кейбір сарапшылар D614G нұсқасы вирусты жұқтырғанын хабарлады, бірақ басқа зерттеулер бұған қайшы келеді.

Қалай болғанда да, осы уақытқа дейінгі өзгерістер дамудағы вакциналарға төзімді болуы мүмкін штаммдарға әкелмеді.

Дегенмен, тұмау мен АҚТҚ-ның жылдар бойы мутацияға ұшырап, вакциналардан жалтарып тұрғанын бақылаған сарапшылар SARS-CoV-2 болашақ мутациялары белгісіз болып қала беретінін ескертеді. Вирусты вакцинаға өткізбейтін өзгерістерді болдырмаудың ең жақсы жолы оның таралуын тежеу ​​және мутацияға ұшырау мүмкіндігін азайту болып қала береді.

«Егер вирус айтарлықтай өзгеретін болса, әсіресе масақ белоктары, онда ол вакцинадан қашып кетуі мүмкін. Біз сағатты баяулату үшін жаһандық таратуды бәсеңдеткіміз келеді », - деді Дикин Беннетт. «Бұл біз үшін қорқынышты жаңалық болатын сквиллиондағы біреудің өзгеру мүмкіндігін азайтады».


4. Трансмиссиясы және патогенезі

4.1. Ұяшыққа кіру режимі

SARS-CoV және HCoV-NL63 хост жасушасына ену үшін бірдей рецепторды, ангиотензин түрлендіретін ферментті (ACE)-2 пайдаланатыны жақсы құжатталған [41, 42]. Дегенмен, енгізілгеннен кейінгі салдарлар мүлдем басқаша SARS-CoV ауыр тыныс алу бұзылыстарын тудырады, ал HCoV-NL63 жеңіл респираторлық инфекцияға әкелуі мүмкін. Бұл әрбір вирус рецепторларын байланыстыратын ақуыздың, спиктің немесе S протеинінің жасуша бетіндегі ACE-2-мен байланысу қабілетіне байланысты болды. HCoV-NL63 S протеині SARS-CoV S протеиніне қарағанда ACE-2-мен әлсіз әрекеттесетіні анықталды. ACE-2-мен жақындығы төмен өзара әрекеттесу SARS-CoV және HCoV-NL63 инфекциясының әртүрлі патологиялық салдарын ішінара түсіндіруі мүмкін [43].

Соған қарамастан, жоғары патогенділік коронавирустармен бірге дамиды деп күтілуде. HCoV-NL63-ке келетін болсақ, рекомбинантты вирус нұсқасының даму мүмкіндігі оның жоғары таралуына және коинфекция арқылы рекомбинация оқиғасының мүмкіндігіне байланысты жоғары [24]. Сонымен қатар, вирус су ерітіндісінде және тыныс алу жолдарының секрецияларында жеті күнге дейін өмір сүре алады және бөлме температурасында жұқпалы болып қалады. Халық көп шоғырланған аймақтарда адамнан адамға тікелей берілу HCoV-NL63 таралуының негізгі жолы болып саналады [42, 44].

4.2. Маусымдық инцидент

Вирустың бүкіл әлемде таралатыны дәлелденді және негізінен қысқы маусымда қалыпты климаттық аймақтарда байқалды. Екінші жағынан, Канада сияқты экстремалды ауа-райы бар елдер де вирустың белсенділігін қаңтар-наурыз айларында көрсетті, дегенмен жеңіл белгілер туралы хабарланған [45]. Бір қызығы, HCoV-NL63 инфекциясы негізінен көктемде және жазда пайда болған Қытайда маусымдық өзгерістер туралы хабарланды [26]. Сондай-ақ, Таиландтағы коронавирустарды жақында зерттеу маусымдық бейімділікті көрсетпеді [46], ал Ву т.б. (2007) бұл вирус Тайваньда күзгі маусымда анықталғанын хабарлады [47]. Вирустың белгілі бір маусымға бейімділігі жоқ және температура ауытқуларына әсер етпейтіні анық, өйткені инфекциялар жыл бойы болуы мүмкін (Кесте). ​ 1 1 ).

1-кесте

HCoV-HCOV-NL63 инфекцияларының эпидемиологиялық, демографиялық, клиникалық және вирусологиялық сипаттамалары

ЕлҮлгі түріАнықтау әдісіМаусымдық таралуОқу түріЗерттеуге қатысқан пациенттер саны (үлгі мөлшері)ЖасыHCoV-NL63 жиілігіБірлескен инфекцияСимптомдарыСілтемелер.
АвстралияТамақ пен мұрынға жағындыRT-ПТРҚысҚоғамдастық негізінде234> 5 жыл3.3%Н.ДЖеңіл дәрежеде Круп жоқ, бронхиолит жоқ[54]
БельгияNRRT-ПТРҚыс (қаңтар-ақпан)Ауруханаға жатқызылған науқастарNRАуыспалы (2 жасқа дейінгі 6 жағдай)2.3%ЖоқҚызба, жөтел, сырылдар, тыныс алудың қиындауы, диарея[28, 88]
КанадаТамағына жағынды, мұрын-жұтқыншақ жағынды, өкпені тексеруRT-ПТРҚыс (қаңтар-наурыз)ARI бар науқастар5251 ай - 100 жыл3,6% (13 ер және 6 әйел)ЖоқҚызба, ринит жөтел, тамақ ауруы, бронхиолит[45]
ФранцияNRRT-ПТРҚыс (ақпан)ЖРВИ бойынша ауруханаға жатқызылған науқастар300Ауыспалы (2 жасқа дейінгі 18 жағдай)9.3%ЖоқҚызба, ринит бронхиолит, ас қорыту проблемалары, отит, фарингит және конъюктивит[29]
ГерманияМұрын-фарингеальды секрецияларНақты уақыттағы RT-ПТРҚысХалыққа негізделген (стационарлық емделушілер + амбулаториялық науқастар)949< 3 жыл5.2%ҚазіргіКруп бронхит Бронхиолит[52, 53]
Қытай, ГонконгМұрын-жұтқыншақ аспиратыRT-ПТРКөктем және жазЖРВИ бойынша ауруханаға жатқызылған науқастар5876-57 ай2.6%ҚазіргіКруп безгегі Бөртпе Тамақ ауруы Жөтел ринит ентігу Дауыстың қарлығуы Демікпенің өршуі Ұстамалар[26]
ИталияМұрын-жұтқыншақ аспиратыRT-ПТРҚыс (желтоқсан-ақпан)ARI үшін ауруханаға жатқызылған нәрестелер150ς жыл1.86%ҚазіргіБронхиолит Пневмония Бронхоспазм ысқырықты ринит Бронхиолит ларингит[51]
ЖапонияNRRT-ПТРқаңтар-наурызNR419NR5 жағдайН.ДН.Д[49]
КореяМұрын-жұтқыншақ аспиратыRT-ПТРсәуір-мамырТөменгі тыныс жолдарының инфекциясы бар балалар515 1.6%25%Қызба, сырылдар сырылдар Пневминия крупы Демікпенің өршуі[71]
ТайваньМұрын-жұтқыншақ аспиратыСандық RT-ПТРҚазан айында шыңыЖРВИ бойынша ауруханаға жатқызылған науқастар539< 3 жыл1.3%ҚазіргіҚызба, жөтел, круп және страидор[47]
ТайландМұрын-жұтқыншақ аспиратыRT-ПТРКүзАуруханаға жатқызылған пневмониямен ауыратын науқастар + тұмау тәрізді аурулармен ауыратын науқастар18901 ай - 65 жас7/734 (бірінші жыл) 1/1156 (екінші жылҚазіргіЖөтел, қызба, страидор, круп[46]
Оңтүстік АфрикаМұрын тампоныRT-ПТРNRН.Д238Орташа жас = 12,4 ай8.3%ҚазіргіҚытырлақ[89]
ШвейцарияМұрын-жұтқыншақ жағындысыRT-ПТРСуық айларамбулаториялық науқастар82Жаңа туған нәрестелер (1 жастан аз)7%Н.ДЖөтел, сырыл, безгегі, ринит, отит, тонзиллит[60]
ШвецияМұрын-жұтқыншақ аспиратыRT-ПТРNRАмбулаториялық емделушілер (педиатрия бөліміне баратын балалар)212Н.Д6%Н.ДН.Д[90]
АҚШТыныс алу үлгілеріRT-ПТРКөбінесе қаңтар-ақпанЖРВИ үшін амбулаторлық және госпитализацияланған науқастар895< 5 жыл8.8%ҚазіргіЖөтел, ринорея, тахпноэ, безгегі, тыныс алудың бұзылуы, гипоксия[91]

4.3. Таралуы

Адамның коронавирустары 18 жасқа дейінгі балаларды, қарттарды және иммунитеті төмендеген адамдарды ауруханаға жатқызудың айтарлықтай санын құрайды. Шындығында, Гонконгта (Қытай) ауруханаға жатқызылған балаларды бір жылдық зерттеу коронавируспен тыныс алу жолдарының инфекциясы жедел респираторлық инфекциялар бойынша барлық түскендердің 4,4% құрайтынын көрсетті. Олардың ішінде HCoV-NL63 2,6% жиілігімен анықталған ең көп таралған коронавирус болды [48]. Сонымен қатар, Жапонияда жүргізілген зерттеу жалпы респираторлық вирустарға теріс сыналған 419 үлгінің бесеуінде (1,2%) адамның HCoV-NL63 коронавирусы оң болғанын көрсетті [49]. Жапондық тағы бір есеп ауруханаға жатқызылған екі жасқа толмаған балалардан алынған 118 мұрын-жұтқыншақ жағынды үлгісінің үшеуінде (2,5%) HCoV-NL63 [50] оң болғаны көрсетілген.

Еуропада да жоғары таралу байқалды. Италияда жіті респираторлық аурумен ауыратын 322 нәрестеге жүргізілген зерттеу зерттелген жағдайлардың 8,7% коронавирустардан туындағанын көрсетті, ал HCoV-NL63 соңғысының 21,4% құрайды [51]. Францияда 300 респираторлық үлгіде HCoV-NL63 бар-жоғы тексерілді, 28 (9,3%) оң болды [29]. Сол сияқты, Бельгияда бір жылдық зерттеуде жеті жағдай тіркелді [28]. Бір қызығы, вирусты алғаш сипаттаған голландиялық топ үш жасқа дейінгі балалардағы төменгі тыныс жолдарының инфекциясы бойынша популяцияға негізделген зерттеу жүргізген неміс тобынан 949 үлгі алды [52] топ үлгілерді қайта талдап, ауруды анықтады. HCoV-NL63 5,2% жиілігі [53]. Австралияда вирус Мельбурн қаласында анықталды, онда респираторлық симптомдары бар 543 пациентке жүргізілген зерттеу адамның HCoV-NL63 коронавирус инфекциясының 18 жағдайын (3,3%) көрсетті [54]. Сонымен қатар, АҚШ пен Канадада вирус 895 науқастың 79-ында (8,8%) және 525 науқастың 19-ында (3,6%) тіркелді.

Қазіргі уақытта анықтау пайызының дәлдігіне екі негізгі мәселе кедергі келтіреді: біріншіден, зерттелетін үлгілердің жарамдылығы: жақында жүргізілген зерттеу мұрын/тамақ жағындылары және мұрын-жұтқыншақ аспираттары арқылы жиналған тыныс алу үлгілері арасында айырмашылықтар бар екенін көрсетті, атап айтқанда: олардың тыныс алу жолдарының қоздырғыштарын анықтау және анықтау мүмкіндігі [55]. Екінші мәселе, HCoV-ға диагностикалық сынақтар вирустарды күнделікті тестілеуде жиі қолданылмайды, бұл HCoV инфекцияларының пайыздық деңгейін айтарлықтай төмендетеді [56]. Сонымен қатар, жылдар бойы вирустың таралуын анықтау үшін ауыспалы сезімталдықтың бірнеше әдістері қолданылды [57-59].

4.4. Бірлескен инфекция

Көптеген топтар HCoV-NL63 және басқа респираторлық вирустармен, соның ішінде адамның басқа коронавирустарымен, А тұмауы вирусымен, респираторлық синцитиальды вируспен (RSV), парагрипптік вируспен және адамның метапневмовирусымен (hMPV) коинфекцияның жиі кездесетінін хабарлады [26, 30, 46, 47, 51, 53, 54, 60, 61]. Сондай-ақ, жұқтырған науқастардың ауруханаға жатқызу ықтималдығы жоғары, бұл суперинфекцияның бұл түрінің ауырлығын көрсетеді. Германияда жүргізілген зерттеуде RSV-A және HCoV-NL63 үш жасқа толмаған балаларда анықталған ең көп таралған бірлескен инфекция болды. Бұл қыста РСВ-А ауруының жоғары болуына және вирустардың маусымдылығының бір-біріне сәйкес келуіне байланысты болуы мүмкін [53]. Сондай-ақ, Италияда HCoV-NL63 нұсқа штаммдарының қоспасы ретінде айналады және жиі басқа вирустық инфекциялармен байланысты [30]. Оңтүстік Африкада ауруханаға жатқызылған балаларда HCoV-NL63 және бокавирусы бар науқастардың коинфекциясы тіркелді. 341 пациенттің мұрын-жұтқыншақ және бронхоальвеолярлы шаю үлгілері жалпы респираторлық вирустарға скринингтен өтті және кем дегенде бір үлгіде HCoV-NL63 және бокавирустың бірге болуы хабарланды [62].

Бір қызығы, HCoV-NL63 вирустық жүктемесі тек HCOV-NL63 жұқтырған науқастарға қарағанда коинфекцияланған науқастарда төмен. Бұл құбылыстың әртүрлі мүмкін түсініктемелері бар [53]:

HCoV-NL63 иммундық жүйені әлсірететін бастапқы инфекция болуы мүмкін, ол екінші инфекцияның тірек болуы үшін жеткілікті. Бұл екінші инфекцияның белгілері пайда болған кезде, HCoV-NL63 инфекциясы иммундық жүйенің бақылауына алынған болуы мүмкін,

екі вирус тыныс алу мүшелеріндегі бір рецептор немесе мақсатты жасуша үшін бәсекелес болуы мүмкін,

Екінші респираторлық вирус тудырған туа біткен иммундық жауаптың жоғарылауы HCoV-NL63 тежелуіне әкелуі мүмкін немесе,

төмен деңгейде HCoV-NL63 ұзақ сақталуы.

HCoV-NL63 және басқа респираторлық вирустардың коинфекциясының жоғары таралуы осы адам немесе зооноздық жолмен берілетін вирустармен генетикалық рекомбинация мүмкіндігін арттырады. Шын мәнінде, Pryc т.б. (2006) HCoV-NL63 PEDV мен ата-баба HCoV-NL63 штаммы арасындағы рекомбинация оқиғасы нәтижесінде пайда болғанын айтады. Теориялық тұрғыдан алғанда, рекомбинация оқиғаларының бұл түрлері вирустың жоғары патогенді нұсқаларының пайда болуына мүмкіндік береді [24].

4.5. Клиникалық ерекшеліктері

Соңғы ғылыми және клиникалық дәлелдер вирустың жоғарғы және төменгі тыныс жолдарының инфекциялары кезінде табылғанын көрсетті, бұл «ескі» HCoV-229E және HCoV-OC43 вирустары үшін сипатталған белгілерден айтарлықтай ерекшеленбейтін белгілер мен белгілерді тудырады. Басқа жүйелердің қатысуы әлі де даулы [63].

Кесте ​ 1 1 вирус диагнозы қойылған науқастарда безгегі, жөтел және ринорея сияқты жоғарғы тыныс жолдарының инфекциясын көрсететін жеңіл белгілер болғанын көрсетеді. Екінші жағынан, ауру төменгі тыныс алу жолдарының айтарлықтай алаңдатарлық инфекциясын тудыратыны белгілі. Ең қорқынышты белгілердің бірі - бронхиолит, бронхиолаларды жабатын мембраналардың қабынуы. Бұл симптомды бірнеше зерттеу топтары хабарлаған [25, 50, 64] және Қытайдағы популяцияға негізделген зерттеу HCoV-NL63-тің бронхиолитпен байланысы туралы хабарламаса да [26], ол әлі күнге дейін ұсынылатын белгілердің бірі болып саналады. белгілері. Бірнеше зерттеу топтары HCoV-NL63-ті круппен байланыстырды [26, 53]. Круп балалары фарангитпен, тамақ ауруымен және дауыстың қарлығуымен көрінеді, олар ауруханаға жатқызылады. Сирек кездесетін мәліметтердің ішінен бір топ HCoV-NL63 және Кавасаки ауруы, қызба, полиморфты экзантема, орофарингеальді эритема және екі жақты конъюктивит түрінде көрінетін балалық васкулит түрі [65] арасындағы байланыс туралы хабарлады. Алайда басқалары бұл бірлестік туралы есеп бере алмайды [66, 67].

Айта кету керек, пациенттердің көпшілігін құрайтын жас балалардағы симптомдар туралы есеп негізінен ата-аналардың бақылауларына негізделген, онда басқа мүмкін болатын субъективті белгілер мен белгілер ата-аналар тарапынан танылмайды. Сонымен қатар, зерттеулердің көпшілігі жедел респираторлық инфекциямен ауыратын ауруханаларға жүгінген науқастарға қатысты. Бүгінгі күні популяцияға негізделген зерттеулер аз ғана және мұндай зерттеулердің көп саны басқа дене жүйелерінің қатысуын анықтауы мүмкін бе деген сұрақ туындайды.


Ғалымдар вирустың екінші түрін анықтады

Жаһандық коронавирустық дағдарыс нашарлаған сайын, қытайлық зерттеушілер вирустың агрессивті штаммға айналғанын анықтады.

Әлемді шарпыған коронавируспен біз қорғаныс және алдын алу туралы мифтерді жоққа шығарамыз және қауіпсіздікте болуға көмектесетін негізгі нәрселерді атап өтеміз.

Әлемді шарпыған коронавируспен біз қорғаныс және алдын алу туралы мифтерді жоққа шығарамыз және қауіпсіздікте болуға көмектесетін негізгі нәрселерді бөлектейміз.

Қытайлық ғалымдар өлімге әкелетін коронавирустың екінші штаммға айналғанын анықтады. Сурет: STR/AFP Дереккөз: AFP

Жаһандық коронавирустық дағдарыс ушығып бара жатқанда, қытайлық ғалымдар тобы өлімге әкелетін ауру жаһандық індетке жауапты екі штаммға айналғанын анықтады.

журналында жарияланған жаңа зерттеуде Ұлттық ғылыми шолу, зерттеушілер вирус адамға өткеннен кейін бастапқы штамм екінші түрге айналды және олардың екеуі де қазір айналымда деп болжайды.

Бұл ашылу бүкіл әлемде расталған жағдайлардың саны артып келе жатқан кезде пайда болды, бұл үкіметтерді мектептерді жабуға және намазды тоқтатуға итермелейді, ал дүрбелеңге түскен сатып алушылар супермаркет сөрелерін маңызды заттардың сөрелерін сүртуге мәжбүр етті.

Қосымша зерттеулер қажет болғанымен, Пекин университетінің өмір туралы ғылымдар мектебі мен Шанхайдағы Пастер институтында жүргізілген алдын ала зерттеу аурудың қалай дамып жатқанына біршама жарық түсіреді.

Қытай ғалымдары жаңа зерттеуге сәйкес #coronavirus романының екі штаммы бар екенін анықтады, оның жұқпалы түрі жарғанақ коронавирусынан айтарлықтай айырмашылықты көрсетеді және бір кездері Гуандун провинциясында тараған панголиндік коронавирустан шығуы екіталай, деп хабарлайды pic.twitter.com/u5s1rHnr4y

&mdash People's Daily, Қытай (@PDChina) 4 наурыз, 2020 жыл

Ғалымдар 103 коронавирус геномын талдап, штаммдар бойынша 149 сайтта мутацияны анықтады. Олар “L” типі деп атаған бір түрі, олар талдаған істердің 70 пайызын құрайтын екіншісіне қарағанда агрессивті екенін анықтады.

“S” ретінде анықталған аз агрессивті штамм неғұрлым кең таралғанының арғы атасы болып шықты. Уханьда індет алғаш басталған кезде “L” штаммының көбірек болуы анықталғанымен, “S” түрі көбейгендіктен, қаңтардың басында ол төмендей бастады.

Зерттеу бұл “L” штаммын жұқтырған науқастарды емдеуге асығумен байланысты болуы мүмкін, олардың белгілерін анықтау оңайырақ.

“IЕгер L түрі S түріне қарағанда агрессивті болса, Вухандағы алғашқы жарылыстан кейін L түрінің салыстырмалы жиілігі неге басқа жерлерде S түріне қарағанда төмендеді?” сұрады зерттеушілер.

Желтоқсан айында Қытайда індет анықталғаннан кейін көп ұзамай әрекеттер әр түрдің көптігін өзгерткен болуы мүмкін, делінген хабарламада. Қытайдың орталық және жергілікті үкіметтері қалаларды құлыптауды және саяхаттауға тыйым салуды қоса алғанда, қатаң оқшаулау шаралары “L” түрінің таралуын тежеген болуы мүмкін.

Дегенмен, бұл коронавирустың симптомдар пайда болғанға дейін таралуы мүмкін екендігі дәлелденгеннен кейін, аз агрессивті штаммның “ жиілігі” артуына әкелді.

“Біз қазір адамдар бұл вирусты симптоматикалық болғанға дейін жұқтыру мүмкіндігі бар екеніне сенімдіміз,” Австралия бас дәрігерінің орынбасары, профессор Пол Келли айтты.

“Бұл вирус туралы түсінетін нәрсеміздің түбегейлі өзгеруі және бұл денсаулық сақтау мәселелерін шешудің әртүрлі тәсілдеріне әкелді.”.

Зерттеушілер вирустың эволюциясы мен таралуын жақсырақ түсіну үшін кейінгі зерттеулер қажет екенін айтты.

“Бұл тұжырымдар геномдық деректерді, эпидемиологиялық деректерді және 2019 жылғы коронавирус ауруымен ауыратын науқастардың клиникалық белгілерінің жазбаларын біріктіретін әрі қарай шұғыл, жан-жақты зерттеулердің шұғыл қажеттілігін қатты қолдайды,” жазды авторлар.

Зерттеуге тікелей қатысы жоқ сарапшылар оның нәтижелері қызықты екенін айтты, бірақ мұндай алдын ала зерттеулерден нақты қорытындылар жасаудан сақтандырды.

Дүние жүзінде аурудың 95,000-нан астам жағдайы расталды және 3000-нан астам адам қайтыс болды, Италия вирус таралғалы бері алғаш рет күнделікті жаңа инфекциялар саны бойынша Қытайдан асып түсті.

Осы уақытқа дейін індеттен ең көп зардап шеккен Еуропа елі болған Италия австралиялықтардың баруына тыйым салынған елдер тізіміне Қытай мен Иранға қосылуы мүмкін.

Қазіргі уақытта Италиядан оралған австралиялықтардан денсаулық сақтау немесе қарттарға күтім жасау саласында жұмыс істейтін болса, өзін-өзі карантинге қою сұралды.

Алайда, қазір 95 жастағы әйел Австралияда коронавирустан қайтыс болған екінші адам болды және елде бұл ауруға шалдыққандар саны 50-ге дейін артып, қатаң шаралар қабылдануы мүмкін.

Австралиялықтар жаһандық пандемияның жариялану мүмкіндігіне дайындалу үшін шарасыз шараларды қабылдап жатқанда, премьер-министр Скотт Моррисон сейсенбіде адамдар өз өмірлерін сабырлы түрде өткізуі керек деді.

𠇊Австралиялықтар өздерінің қалыпты өмірлерін жалғастыра беруі керек және тұмаудың өршуі немесе сол сияқты бірдеңе болуы мүмкін қатал қыс мезгіліндегідей парасаттылық танытуы керек,” айтты.


Инфографика: COVID-19 коронавирусының эволюциялық тарихы

Reuters негізгі штаммдардың жаһандық үстемдігі уақыт өте келе қалай өзгергенін көрсету үшін әлемдегі жаңа коронавирус геномдарының реттілігінің ең үлкен дерекқоры болып табылатын «Барлық тұмау деректерін ортақ пайдалану жөніндегі жаһандық бастама» (GISAID) геномының 185 000 үлгісін талдады.

Талдау көрсеткендей, қазіргі уақытта вирустың жеті негізгі штаммы бар. 2019 жылдың желтоқсанында Қытайдың Ухань қаласында анықталған бастапқы штамм L штаммы болып табылады. Содан кейін вирус 2020 жылдың басында S штаммына мутацияланды. Одан кейін V және G штаммдары пайда болды. G штамы GR, GH және GV штаммдарына мутацияға ұшырады.

График [төмендегі] бастапқы L штаммының қалай дерлік жойылып кеткенін көрсетеді, бұл пандемияның қазіргі кезеңінде G штаммдарының басымдылығын қалдырады. Бұл өте маңызды, өйткені G штаммдары SARS-CoV-2-дегі ұштық белоктарының адам жасушаларындағы рецепторлармен байланысуын жеңілдететін бір мутацияны қамтиды, бұл вирустың жұқтыру және берілу мүмкіндігін арттырады.


COVID-2019 екі штаммы бар, бірақ біреуі екіншісіне қарағанда өлімші ме?

2020 жылдың 3 наурызында доктор Сяолу Тан және оның Пекин университетіндегі және басқа институттардағы әріптестері зерттеу жариялады. Ұлттық ғылыми шолу бұл 2019 жылғы жаңа коронавирустық аурудың (COVID-2019) үздіксіз таралуымен алаңдаған әлемде дүрбелең тудырды. Қытайда және шетелде анықталған жағдайлардан ол және оның әріптестері анықтады екі вирустың ерекше штаммдары.

Осы жерден оқуға болатын зерттеуге сәйкес, S-штамм деп аталатын бұл жаралар арасында таралатын коронавирустан мутацияланған аурудың бастапқы, «ата-баба» штаммы. Екінші, L-штамм, салыстырмалы түрде, S-штаммынан пайда болды, бірақ тезірек таралатын сияқты, өйткені ол Уханьда анықталған аурудың ерте жағдайларында басым болды.

Бірақ кейінірек, кеңірек үлгілер жиынтығын талдағанда, ол ескі S-түрінің бастапқы індетке қарағанда жиі таралатынын анықтады.

Бұл мақалада біз неліктен бұл орын алуы мүмкін екенін және сарапшылардың екі штамм арасындағы айырмашылықтар маңызды екендігі түсініксіз екенін ескертетінін қарастырамыз.

Мутацияланатын вирустар

COVID-2019 – РНҚ вирусы, яғни ДНҚ-ның орнына өзінің генетикалық материалын кодтау үшін рибонуклеин қышқылын пайдаланады. Эбола, тұмау, құтыру және тіпті суық тию сияқты вирустарды қамтитын РНҚ вирустары өте жиі мутацияға ұшырайды, өйткені олардың көбею үшін қолданылатын полимераздық ферменттері генетикалық кодты транскрипциялау кезінде қателерді «түзетуде» жақсы емес. Тұрақты мутациялар РНҚ вирустарын жыл сайын емдеу үшін жаңа вакциналарды қажет ететін қозғалатын нысанаға айналдырады.

Дегенмен, бұл ғалымдардың пікірінше, қазірдің өзінде көптеген COVID-2019 штамдары бар екендігі таңқаларлық емес дегенді білдіреді. Сонымен қатар, мутациялар екі жолды да кесіп тастайды - олар вирустарды азырақ өлімге, сондай-ақ өлімге әкелуі мүмкін немесе тіпті айтарлықтай әсер етпеуі мүмкін. Ал «сәтті» мутация - вирустың таралу мүмкіндігін жақсартатын - оны өлімге әкелетін мутация міндетті емес.

L-Strain және S-Strain арасындағы айырмашылық екі нақты аминқышқылына тең, яғни компьютерлік бағдарламадағы кодтың екі жолының өзгеруі сияқты. Дегенмен, есеп авторлары өзгерістердің қандай әсер ететінін білмейтіндерін мойындайды («тиісті амин қышқылы... вирустың өмірлік циклінде әлі анықталмаған рөл атқарады»).

Ғалымдар әзірге айырмашылық аз, сондықтан бір штаммға қарсы емдеу екіншісіне қарсы тиімді болып қала береді деп мәлімдейді.

Агрессивті L-штамм және ата-баба S-штамы?

Дегенмен, Сяолу зерттеуі екі штаммда әртүрлі белгілер болуы мүмкін екенін көрсетеді.

Бастапқы үлгі 2020 жылдың 7 қаңтарына дейін COVID-2019 індеті басталған қала Уханьда оқшауланған штаммдардан тұрды. Ол L типті 26 штаммды және бір ғана S түрін тапты. Қағаз L-штаммды «агрессивті және тезірек таралатын» деп сипаттайды.

Шындығында, ол S-типі COVID-2019-ның бастапқы, «ата-баба» түрі, ал L-типі мутация болып табылады. Хабарланғандай, L-штамм геномы RaTG-13 деп белгіленген жарқанат коронавирусынан 4 пайыз ғана ерекшеленеді.

Керісінше, «біздің мутациялық жүктемені талдау L-түрі S-түріне қарағанда туынды мутациялардың едәуір көп санын жинақтағанын көрсетті».

Мұнда әңгімелер күрделене түседі. Анықталған жағдайлардың келесі үлгісінде кейін 7 қаңтарда Қытайдың басқа жерінде (біреуін қоспағанда) және шет елдерде ол 72 L-типті және 29 S-типті вирустарды санады. Бұл ескі S-штаммы агрессивті болып саналатын L-штаммынан кем емес, кең таралған болып көрінгенін білдіреді.

Оның сөзімен айтқанда: «... эволюциялық тұрғыдан ескі және агрессивті емес S түрі, салыстырмалы түрде әлсіз селективті қысымға байланысты салыстырмалы жиілікте артуы мүмкін».

Бұл парадоксты не түсіндіреді? Сяолудың гипотезасы - мұның бәрі адамның араласуына байланысты, атап айтқанда, адамдар COVID-2019-ды қамту үшін қолданылған шаралар L-штамм инфекцияларына S-штаммына қарағанда көбірек әсер етуі мүмкін, соңғысының пайдасына таңдалады.

Сяолу араласудың екі штаммның таралудағы салыстырмалы табысына қалай әсер еткені туралы көп түсіндірмейді. Мүмкін L-штамм симптомдары тезірек немесе күрт көрініп, L-штаммы бар адамдарды тезірек анықтауға және оқшаулауға мүмкіндік берді, ал аз мутацияланған S-Strain жағдайлары радар астында ұзақ уақыт қалады.

Сяолу зерттеуі тағы бір ерекшелікті тапты: Уханьға сапардан оралған 63 жастағы чикаголық. екеуі де аурудың штаммдары, нәтижесінде гетероплазмия.

Скептиктер: Штамм қай кезде штамм болып табылады?

Дегенмен, кейбір медициналық сарапшылар екі штамм арасындағы айырмашылық айтарлықтай болуы үшін жеткілікті үлкен ме және Сяолудың шектеулі қол жетімді үлгісі репрезентативті болу үшін жеткілікті кең ме деген сұрақ қояды және осылайша екі штаммның әртүрлі сипаттамаларға ие екенін растайды.

Сіз төрт вирусологтың осы сынға қатысты жазған хатын оқи аласыз, бұл зерттеу «қауіпті жалған ақпаратқа» әкелуі мүмкін деп мәлімдейді, сондай-ақ қытай зерттеушілерінің олардың дәлелдерін түсіндіретін жауабы.

Доктор Скотт Уивер, Адамның инфекциялары және иммунитеті институтының директоры, Техас медициналық орталығы ұйымдастырған сұрақ-жауап сессиясында: «Менің ойымша, шын мәнінде, бұл штаммдар арасында маңызды айырмашылық бар екендігі туралы өте аз дәлелдер бар. [...] Бұл екі айырмашылық вирустың көбеюіне және ауру тудыруына қандай да бір әсер ететінін білуге ​​әлі ерте».

«Анықталған екі штамм арасындағы айырмашылықтар шамалы. Шындығында, оларды бөлек «штаммдар» деп санауға болмайды», - деді Ридинг университетінің вирусология профессоры доктор Ян Джонс. Жаңа ғалым. «Барлық практикалық тұрғыдан алғанда, вирус бастапқыда пайда болған кездегідей. Оның нашарлайтынына ешқандай дәлел жоқ ». (Бірақ сол мақаладағы басқа ғалымдар «штамм» терминін қолдануды қолдайды.)

Биолог Ричард Нерер твиттерде L-штамм мен S-штамм арасындағы айқын айырмашылықтар тұтастай алғанда аурудың өкілі болып табылмайтын «статистикалық артефакт» болғанын айтады:

«Жылдам өсіп келе жатқан жергілікті ошақтар қарқынды түрде іріктеледі және кейбір нұсқалардың шамадан тыс көрсетілуіне әкеледі. Бұл Ухань теңіз өнімдері нарығының айналасында болды және қазір итальяндық індетпен. Кез келген статистикалық қорытынды осындай іріктеу бұрмалануларын есепке алуы керек және тек номиналды мәндер бойынша мәндерді қабылдау қате, жаңылыстыратын немесе мүлдем қауіпті тұжырымдарға әкеледі ».

Бірақ кейбір медициналық сарапшылар Сялоудың зерттеуінен көбірек қорытынды жасайды.

Мысалы, доктор Джеймс Тодаро твиттерде «Жұмсақ [S-штамм] қаңтармен салыстырғанда көбірек таралуда. Бұл мағынасы бар. Үстемдік ететін/таралатын штамм - бұл өлтіретін емес, адамдарға әлеуметтік және саяхаттауға мүмкіндік беретін штамм». Ол жұмсақ S-штаммының таралатынын, нәтижесінде көп адамдар вирустан аман қалады және екі түрге қарсы иммунитетті дамытады деген қорытындыға келді.

Доктор Николь Сафиер де Fox News-ке дәл осылай айтты: ««L» штаммы өлімге әкелетін немесе ауыр штамм болады, ал «S» штаммы жеңіл белгілерге ие болып көрінеді... Демек, біз көріп отырған нәрсе шын мәнінде жұмсақ штаммы болып табылады. вирус, өйткені ол хостты өлтіргісі келмейді ».

Дегенмен, доктор Джонс айтты Newsweek бұл «агрессивті» деп қате түсіндіргенде, L-штаммының өлтіру ықтималдығы жоғары, ал Сяолу шын мәнінде берілу жылдамдығының жоғарылауын сипаттады.

«Олардың айтқысы келгені, бұл вирус ауруды нашарлатады дегенді емес, оңай тарайды», - деді ол.

Сялоу қағазын өзімнің оқығанымнан, мен L-штаммының ауырлығының немесе өлім-жітімінің жоғарылауы туралы ешбір сөзді көрмеймін, бірақ мен бергіштігінің жоғарылауы туралы анық айтылғанын көріп тұрмын: «...біздің нәтижелеріміз L түріне байланысты S түріне қарағанда агрессивті болуы мүмкін екенін көрсетеді. ықтимал жоғары жіберу және/немесе репликация жылдамдығы».

Шынында да, Xiaolu және т.б. олардың бөлігіне қосымша қосты: «Біз қазір біздің зерттеу контекстінде «агрессивті» термині жаңылыстыратын және «жоғары жиілік» деген дәлірек терминмен ауыстырылуы керек екенін мойындаймыз. Қысқасы, біз екі тұқымның табиғи түрде бірге өмір сүретінін көрсеткенімен, біз вируленттілік немесе патогенділікке қатысты қандай да бір эпидемиологиялық қорытындыны растайтын ешқандай дәлел келтірген жоқпыз...»

Басқа мақала авторы Ғылым Еуропадағы COVID-2019 штаммдарын қадағалауды талқылайтын журнал қол жетімді деректердің шектеулі пулын шамадан тыс интерпретациялау дұрыс емес қорытындыға әкелу қаупін тудырады деген қорытындыға келеді.

Осылайша, ең қауіпсіз интерпретация - S-штаммы L-штаммнан бұрын пайда болған, бірақ бұл өте шектеулі бастапқы деректер жиынтығы — ескі штамм мүмкін бастапқы індеттен кейін жиілігі артты.

Ғалымдар, әрине, COVID-2019 штаммдарының жиілігін қадағалап, өткізгіштігі мен ауырлығына әсер етуі мүмкін сипаттамалар үшін оларды және болашақ мутацияларды зерттейді. Бірақ көбірек деректер қол жетімді болғанша, қол жетімді үзінді дәлелдерді артық түсіндірмеу маңызды.


SARS-CoV-2 алты штаммы

COVID-19 пандемиясын тудыратын SARS-CoV-2 вирусы кем дегенде алты штаммды ұсынады. Өзінің мутациясына қарамастан, вирус аз өзгереді және бұл өміршең вакцинамен жұмыс істейтін зерттеушілер үшін жақсы жаңалық.

Бұл SARS-CoV-2 секвенциясы бойынша бұрын-соңды жүргізілген ең ауқымды зерттеудің нәтижелері. Болонья университетінің зерттеушілері бүкіл әлем бойынша зертханаларда зерттеушілер бөліп алған 48 635 коронавирус геномының талдауынан шықты. Бұл зерттеу журналда жарияланды Микробиологиядағы шекаралар. Содан кейін зерттеушілер вирустың барлық континенттерге сапары кезінде таралуы мен мутациясын картаға түсіре алды.

Алғашқы нәтижелер көңіл қуантады. Коронавирус аз өзгереді, бір үлгіге шамамен жеті мутация. Қарапайым тұмаудың өзгергіштігі екі еседен асады.

«SARS-CoV-2 коронавирусы адамға әсер ету үшін оңтайландырылған болуы мүмкін және бұл оның төмен эволюциялық өзгеруін түсіндіреді», - деп түсіндіреді Федерико Джорги, Unibo зерттеушісі және зерттеу үйлестірушісі. «Бұл біз жасап жатқан емдеу әдістері, соның ішінде вакцина вирустың барлық штамдарына қарсы тиімді болуы мүмкін дегенді білдіреді».

Қазіргі уақытта коронавирустың алты штаммы бар. Түпнұсқасы - L штамы, ол 2019 жылдың желтоқсанында Уханьда пайда болды. Оның алғашқы мутациясы - S штамы - 2020 жылдың басында пайда болды, ал 2020 жылдың қаңтар айының ортасынан бастап бізде V және G штаммдары пайда болды. Бүгінгі күнге дейін штамм G ең кең таралған: ол 2020 жылдың ақпан айының соңында GR және GH штаммдарына мутацияға ұшырады.

«G штамы және оған қатысты GR және GH штаммдары біз талдаған барлық гендік тізбектердің 74% құрайтын ең кең таралған», - дейді Джорджи. «Олар төрт мутацияны ұсынады, олардың екеуі вирустың РНҚ-полимеразасы мен Spike протеиндерінің ретін өзгертуге қабілетті. Бұл сипаттама вирустың таралуын жеңілдетуі мүмкін».

Егер біз коронавирус картасына қарасақ, G және GR штаммдары Еуропа мен Италияда ең жиі кездесетінін көреміз. Қолда бар деректерге сәйкес, GH штаммы Италияда жоққа жақын болып көрінеді, ал Франция мен Германияда жиі кездеседі. Бұл соңғы айлардағы шектеу әдістерінің тиімділігін растайтын сияқты.

Солтүстік Америкада ең көп таралған штамм - GH, ал Оңтүстік Америкада біз GR штаммын жиі кездестіреміз. Вухан L штаммы алғаш пайда болған Азияда G, GH және GR штаммдарының таралуы артып келеді. Бұл штамдар Азияға наурыздың басында, Еуропада таралғаннан кейін бір айдан астам уақыт өткен соң ғана қонды.

Жаһандық деңгейде G, GH және GR штаммдары үнемі өсіп келеді. S штамм АҚШ пен Испанияның кейбір шектеулі аймақтарында кездеседі. L және V штаммдары бірте-бірте жойылады.

Осы алты негізгі коронавирус штаммдарынан басқа, зерттеушілер кейбір сирек мутацияларды анықтады, олар қазіргі уақытта алаңдатпайды, бірақ соған қарамастан бақылау керек.

«Сирек кездесетін геномдық мутациялар барлық реттелген геномдардың 1%-дан азын құрайды», - деп растайды Джорджи. "Алайда біз олардың қызметін анықтау және таралуын бақылай алу үшін оларды зерттеп, талдауымыз маңызды. Барлық елдер вирус геномдарының реттілігі туралы деректерге қол жеткізу арқылы себепке үлес қосуы керек".

Бұл зерттеу журналда жарияланды Микробиологиядағы шекаралар «SARS-CoV-2 мутацияларының географиялық және геномдық таралуы» тақырыбымен. Авторлары - Даниэле Меркателли және Федерико М. Гиорги, екеуі де Болон университетінің фармацевтика және биотехнология кафедрасынан.


Адамнан адамға таралу

Мэттью Миллер Гамильтондағы МакМастер университетінде вирустарды және оларға иммундық жауаптарды зерттейді. Ол зерттеуге қатыспады, оның айтуынша, ол аурулар туралы жақсы жаңалық ұсына алады.

"Сондықтан реттілік соншалықты маңызды", - деді Миллер. "Бір жағынан, ол бізге инфекцияны қандай штамм тудыратынын нақты айта алады, ал екіншіден, өлім-жітім деңгейі вирустың өзіне және инфекциялар жатқан елге немесе орынға байланысты екенін анықтауға көмектеседі."

Вирусолог Стивен Гриффин – Ұлыбританиядағы Лидс университетінің доценті. зерттеуге түсініктеме берді.

"Әдетте, РНҚ вирустары адамға түр тосқауылдарын кесіп өткенде, олар жаңа қожайынына (бізге!) әсіресе жақсы бейімделмейді," деп жазды Гриффин.

"Осылайша, олар әдетте кейбір өзгерістерге ұшырайды, бұл оларға бейімделуге және жақсырақ көшіруге және адамнан адамға таралуына мүмкіндік береді."

Гриффин қытайлық зерттеу вирустың адам жасушаларында немесе жануарларда репликациялануы немесе оның көшірмелерін жасай алатындығын сынамағанын ескертті, сондықтан эпидемиялық вируспен осылай болды ма деп айту мүмкін емес.


Бейнені қараңыз: Мутациялық өзгергіштік (Желтоқсан 2022).