Ақпарат

Теломерлік тізбектердегі адамдарға арналған әмбебап сағат?

Теломерлік тізбектердегі адамдарға арналған әмбебап сағат?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Мұның мағынасы бар ма, білмеймін, бірақ біз табиғи қартаюдан ғана зардап шеге аламыз деп елестетіңіз (қандай да бір аурулар емес). Адамның табиғи максималды өмір сүру ұзақтығы қандай болатынын бағалау бар ма?

Мен теломерлік тізбектер ДНҚ-дағы сезімтал ақпаратты қорғайтынын және соматикалық жасушалар әрбір репликацияда осы тізбектердің кесілуінен зардап шегетінін білдім. Сондықтан мен бұл табиғи сағат па деп ойлаймын және бізде қанша уақыт бар екені есептелді ме деп ойлаймын.


Теломерлер және ерте өмірдегі стресс

Стефани Майер,. Кэтрин К. Ридоут, стрессте: генетика, эпигенетика және геномика, 2021 ж.

Теломера ұзындығына әсер ететін факторлар

Теломера ұзындығына қоршаған орта әсерлері мен жасушалық процестер, соның ішінде тотығу зақымдануы, ДНҚ репликациясының стрессі, эпигенетикалық өзгерістер және генетикалық полиморфизмдер арасындағы күрделі өзара әрекеттесу әсер етеді. Теломер тізбегінің 50%-ын құрайтын гуанин (G) нуклеотидтерінің тотықсыздану потенциалы төмен және осылайша тотығу зақымдануына ерекше сезімтал. 15 Реактивті оттегі түрлері антиоксиданттық механизмдерден артық болған кезде тотығу стрессі жағдайында тотығу теломерлердің қысқаруын, жасушаның қартаюын және жасуша өлімін тудыруы мүмкін. 16 Иондаушы сәулеленудің немесе канцерогендердің әсері теломера ДНҚ зақымдалуына әкелуі мүмкін. 17 Бұл зақым теломерлерді қысқартудың ықтимал құнымен теломердің тұтастығын қалпына келтіруге көмектесу үшін ДНҚ эксцизиясын қалпына келтіру процестерін 17 іске қосады.

Жаңадан пайда болған зерттеулер эпигенетикалық модификациялар теломер ұзындығына әсер етуі мүмкін деп болжайды. Эпигенетикалық модификациялар геномды ДНҚ анықтағаннан тыс өңдеуге мүмкіндік береді. Бұл модификациялар жасушаның бөлінуі кезінде алға жүреді, бірақ ДНҚ тізбегін өзгертпейді. Метилдену эпигенетикалық модификацияның 18 кең тараған түрлерінің бірі болып табылады және теломерлердің хроматиндік күйін өзгерте алады. Төмен теломер метилденуі ДНҚ жөндеу жолдарының дұрыс емес сигнализациясына және реттілік қателеріне және теломер ДНҚ қысқаруына әкелуі мүмкін. 19

Геномдық қауымдастық зерттеулері (GWAS) теломера ұзындығының өзгеруіне ықпал ететін генетикалық локустарды анықтады. Отбасылық ұзақ өмір сүру тарихы бар субъектілерді зерттеуде Ли және т.б. 20 теломера ұзындығымен байланысты үш локусты (4q25, 17q23.2 және 10q11.21) тапты. Mangino және т.б. 21 теломера ұзындығымен байланысты 18q12.2 хромосомасындағы локусты анықтады және олардың метаанализінде Mangino et al. 22 анықталған жаңа геномдық аймақтар теломера ұзындығының өзгеруімен байланысты (17p13.1 және 19p12) және лейкоциттердің теломера ұзындығы мен 3q26.2 және 10q24.33 локустары арасындағы расталған байланыстар. 21, 23, 24

Генетикалық полиморфизмдер психопатология қаупіне қатысты теломер ұзындығын реттеуде маңызды рөлге ие болып көрінеді. Мысалы, теломерлерді күту механизмінің тұқым қуалайтын генетикалық мутацияларына байланысты теломер синдромдары тән нейропсихиатриялық салдарлармен байланысты. 12 Теломера ұзындығы мен ұзақ өмір сүруі теломеразаны шығаратын гендердегі ерекше бір нуклеотидтік полиморфизммен (SNP) байланысты болды. 25, 26 SNP rs2736100 — адамның теломеразасының кері транскриптазасын (hTERT) кодтайтын генде орналасқан — қысқа теломерлермен байланысты. Жақында 2026 адаммен жүргізілген зерттеу rs2736100 гомозиготаларында гетерозигота тасымалдаушыларға немесе қорғаныс аллельіне арналған гомозиготаларға қарағанда депрессияның жоғарырақ болатыны анықталды. 27 Бұл байланыс тек ELS тарихы жоқ субъектілерде болды, бұл ELS теломера ұзындығына әсері генетикалық әсерлерді жасыру үшін жеткілікті үлкен болуы мүмкін деген болжам жасайды.


5.4: Кладистика

Демек, биологиялық тізбектерде неғұрлым көп айырмашылықтар болса, соғұрлым айырмашылықтардың жинақталуына көп уақыт өтті. Ағзалардың ортақ ата-тегі болғаннан бері неғұрлым көп уақыт өткен сайын, организмдер бір-бірімен эволюциялық байланысы азаяды.

Гомологиялық белгілерді организмдерді топтарға топтастыру үшін пайдалануға болады. Деректер жиынындағы түрлер немесе топтар арасында ортақ белгілер текте тармақталу оқиғалары қашан орын алғаны туралы ақпаратты беретін кірістірілген үлгілерді құрайды.

Көбелектер, көбелектер және шыбындар қоңыздармен бірдей.

Аралар қоңыздарға қарағанда көбелектер, көбелектер және шыбындармен тығыз байланысты.

1735 жылы Линней «Система табиғатын» жариялады, онда ол стандартты форматты пайдаланып организмдерді санаттау және атау жүйесін ұсынды, осылайша ғалымдар дәйекті терминологияны қолдана отырып, организмдерді талқылай алады. Линнейдің өмір ағашы барлық тіршілік иелеріне арналған екі негізгі бұтақтан тұрады: жануарлар мен өсімдіктер патшалығы.

1866 жылы Геккель бір жасушалы организмдер үшін басқа патшалық Протистаны ұсынды. Кейінірек ол жасушаларында бактериялар сияқты ядролары жоқ біржасушалы организмдер үшін төртінші патшалық Монераны ұсынды.

1969 жылы Уиттакер өмір ағашына тағы бір патшалық — Саңырауқұлақтарды қосуды ұсынды. Уиттакердің бес патшалық ағашы көптеген жылдар бойы стандарт болып саналды.

1970 жылдары Вуз патшалық деңгейінен жоғары үш Домені бар ағашты жасады: Архей, Бактериялар және Эукария.


<p>Бұл бөлімде ақуыз туралы кез келген пайдалы ақпарат, негізінен биологиялық білім берілген.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Толығырақ. </a></p> Функция i

Теломерлік қос тізбекті 5'-TTAGGG-3' қайталануын байланыстырады және теломерлерді қолдауда және хромосомалардың ұшына бірігуінен қорғауда орталық рөл атқарады. Теломерлік ДНҚ-байланыстырушы рөлінен басқа, теломерлерді қорғау үшін қажетті бірқатар факторлар мен ферменттерді, соның ішінде шелтерин кешенін, TERF2IP/RAP1 және DCLRE1B/Apollo қосу үшін қажет. Теломера ұзындығы мен қорғанысын реттеуге қатысатын шелтерин кешенінің (телосома) құрамдас бөлігі. Шелтерин теломераза арқылы қосылған қос тізбекті 5'-TTAGGG-3' қайталануларының массивтерімен байланысады және хромосома ұштарын оның қорғаныш белсенділігінсіз қорғайды, теломерлер бұдан былай ДНҚ зақымдануын қадағалаудан жасырын емес және хромосома ұштары ДНҚ жөндеу жолдарымен сәйкессіз өңделеді. DCLRE1B/Apollo-мен бірге жетекші соңғы теломерлерде 3' бір жіпті асып кету арқылы теломерлік ілмекті (T циклі) қалыптастыруда маңызды рөл атқарады: Т ілмектер хромосома ұштарын деградациядан және жөндеуден қорғау үшін ұсынылды. DCLRE1B/Apollo-ны теломерлерге тарту және DCLRE1B/Apollo экзонуклеаза белсенділігін белсендіру үшін де қажет. Оң супер ширатылған ДНҚ-ға артықшылық береді. DCLRE1B/Apollo-мен бірге шанышқымен өту кезінде теломер репликациясына қажетті ДНҚ топоизомеразасының (TOP1, TOP2A және TOP2B) мөлшерін бақылау және аберрантты теломер топологиясының алдын алу үшін қажет. TERF2IP/RAP1 теломерлерге тартылады, осылайша теломера ұзындығына әсер етуі мүмкін гомологияға бағытталған жөндеуді (HDR) басуға қатысады.

<p>Тәжірибелік дәлелдері жарияланған қолмен сұрыпталған ақпарат.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000269">Толығырақ. </a></p> i ішіндегі экспериментке негізделген қолмен бекіту


2-сурет

Сурет 2. TPP1 және әртүрлі теломерлік күйлер. a) TPP1 POT1, TIN2 және теломераза (4) арасындағы өзара әрекеттесуге делдалдық етеді. OB = олигонуклеотид/олигосахаридті байланыстыру қатпары RD = жұмысқа қабылдау домені, сонымен қатар PBD деп аталады (4) S/T = серин/треонинге бай аймақ TID = TIN2-өзара әрекеттесу. Номенклатура 5 реф. б) Теломерлік күйлер. (i) ұзартылмайтын күй. POT1 теломерлік 3′ ұшымен байланысып, теломераза арқылы ұзаруды болдырмайды. Теломера мұнда сызықтық түрде көрсетілген. t-цикл ұзартылмайтын күйге де сәйкес келуі керек (мәтінді қараңыз). (ii) Кеңейтілетін күй. Белгісіз механизмдер теломерлік ұшымен байланыстырылған POT1-ді ажыратуы немесе ығыстыруы немесе теломеразаға қол жеткізуге мүмкіндік беру үшін оның байланысуына жол бермеуі мүмкін. Теломераза теломерлерде байытылуы мүмкін арқылы TPP1, ол қос тізбекті теломерлік жолға жанама байланысады. (iii) Кеңейту күйі. Кеңейту кезінде теломеразаның белсенділігі мен процестілігі ішкі POT1 молекулаларымен байланысқан TPP1 арқылы ынталандырылады.

Алты компонентті баспана кешенінің теломер ұзындығын бақылауға қатысатыны белгілі болды (1, 2). Мысалы, TRF1 тежелуі теломераның ұзаруына әкеледі, ал TRF1 шамадан тыс экспрессиясы теломераза белсенділігіне әсер етпестен адамның теломераза-оң жасушаларында теломердің қысқаруын тудырады. TIN2 ақуыз деңгейінің төмендеуі немесе TIN2-нің TPP1-мен әрекеттесуін бұзатын мутантты аллельдердің шамадан тыс экспрессиясы теломерлердің ұзаруына әкеледі (13, 14). РНҚ кедергісі арқылы TPP1-нің басылуы немесе теломерлердегі POT1 сигналының жоғалуымен бірге жүретін TPP1-POT1 әрекеттесуінің бұзылуы теломерлердің ұзаруына әкеледі (7, 8). Осылайша, шелтерин кешенін күшейту теломеразаны тежейтін сияқты. Ұзынырақ теломерлер көбірек баспаналық кешендерді жүктейді және бұл ұзындықты сезу механизмін қамтамасыз етуі мүмкін (1). Сонымен қатар, шелтерин, әсіресе TRF2, теломерлік 3′ үсті теломераның қос жіпті бөлігіне (15) ілінетін t-ілмектерінің пайда болуына ықпал етеді. Бұл ДНҚ жөндеу факторларынан, сондай-ақ теломеразадан 3′ асып кетуді ажыратуы мүмкін. Сонымен қатар, шелтерин теломеразаны тежейтін (16) теломерлі 3′ ұшымен POT1 байланысуына ықпал етуі мүмкін. Әрине, in vitro зерттеулер POT1 теломерлік 3′ ұшымен байланысқан кезде теломераза арқылы байланысуға және ұзартуға тыйым салатынын көрсетеді (22-сурет, b панелі, i күйі) (12, 17). Осылайша, шелтерин кешені осы уақытқа дейін негізінен теломеразаның тежелуімен байланысты болды. Дегенмен, теломерлер кем дегенде теломераза-оң жасушаларда созылмайтын күйден ұзартылатын күйге ауысуы керек (3, 18).

Енді екі жаңа құжат паналаушы компоненттердің теломеразаны белсендіру функциясы бар деген көзқарасты күшейтеді. TPP1 және адам теломеразасы арасындағы физикалық өзара әрекеттесу қоян ретикулоцит лизатында және жасуша сығындыларында көрсетілген TPP1 және теломеразаның коиммунопреципитациясы арқылы көрсетіледі (5). TPP1 OB қатпары осы өзара әрекеттесу үшін қажет және жеткілікті, бұл TPP1 теломеразаны өзінің OB қатпары арқылы теломерлерге тартуының көрсеткіші (5). TPP1 теломерлік ДНҚ-ны тікелей байланыстырмайтындықтан, ол бұл функцияны қос тізбекті теломерлік трактпен байланысқанда орындауы мүмкін. арқылы TIN2/TRF1/TRF2 немесе 3′ асып кетуге дейін арқылы POT1 (5) (22-сурет, b панелі, күй ii). Ван т.б.(4) егжей-тегжейлі орындалды in vitro POT1 және TPP1 қатысуымен теломераза белсенділігін талдау және ықтимал тарту функциясынан басқа, белсендіру функцияларын ашты. POT1 теломерлік 3′ ұшымен байланысқан кезде теломераза белсенділігін тежейтіні белгілі болды және бұл тежелу TPP1-мен байланысқанда жойылмайды. Сондықтан, Ван т.б. POT1-ді праймер ДНҚ нүктесі мутациясымен неғұрлым жоғары ағынды регистрге мәжбүрлеп байланыстыру, теломеразамен ұзартылатын 3′ құйрықты қалдырады (22-сурет, b панелі, күй iii). Шынында да, осы эксперименттік жағдайда POT1 және TPP1 жалпы теломераза белсенділігін жақсартып қана қоймай, сонымен қатар TPP1-POT1 өзара әрекеттесуін қажет ететін теломеразаның өңделуін арттырды. Сонымен қатар, екі протеин бірге G-төрт жақты құрайтын олигонуклеотидте теломераза үдерісін құтқара алды, бұл POT1-нің осы құрылымның ашық түрін ұстау қабілетіне байланысты болуы мүмкін (19).

Қорытындылай келе, екі құжат TPP1-ді адам теломеразасының интимді және тікелей реттеушісі ретінде анықтайды. TPP1 шелтерин мен теломераза арасындағы байланысты қамтамасыз етеді. Ол сондай-ақ қысқа теломерлерде артықшылықты тартуды және/немесе белсендіруді іске қосу үшін жеке хромосома ұштарында теломераза белсенділігін реттеу үшін тамаша мақсатты қамтамасыз ете алады. Жаңа деректер теломераза арқылы ұзарту кезінде POT1-TPP1 теломера байланыстыратын ақуыз кешенінің ынталандырушы әсерінің молекулярлық суретін береді. Дегенмен, осы және басқа теломерлік күйлердің молекулалық табиғаты және олардың өту механизмі әлі де анықталуы керек және одан әрі егжей-тегжейлі зерттеу қажет. Ықтимал модель - бұл шелтерин POT1-ді теломералық 3′ ұштарына жеткізеді, бұл олардың теломераза арқылы ұзаруын болдырмайды, бұл ұзартылмайтын күйге әкеледі (22-сурет, b панелі, күй i) (12, 16, 17). Белгісіз механизмдер теломерлік ұшымен байланыстырылған POT1-ді диссоциациялауы немесе ығыстыруы немесе оның байланысуына кедергі келтіруі мүмкін, осылайша теломеразаға қол жеткізуге мүмкіндік береді және кеңейтілетін күйді тудырады (22-сурет, b панелі, күй ii). Бұл ішкі POT1 молекулаларымен байланысқан TPP1 арқылы теломераза стимуляцияланатын кеңейтілген күйдің қалыптасуына мүмкіндік береді (22-сурет, b панелі, күй iii). POT1-нің бұл қосарлылығы бүршіктенетін ашытқылардағы зерттеулерді еске түсіреді, мұнда бір жіпшелі асып кету Cdc13p (жасушаның бөліну циклі 13), құрамында POT1-мен әлсіз құрылымдық ұқсастығы бар басқа OB қатпарлы протеинмен байланысады. Cdc13p протеині S-фазасында теломераза голоферментін тартады арқылы Est1p деп аталатын теломераза суббірлігі (барған сайын қысқарақ теломера 1) (20). Бұл өзара әрекеттесу теломерлерді ұстау үшін өте маңызды, өйткені est1 ашытқы штамдары жасушалық қартаюға ұшырайды. Дегенмен, Cdc13p теломерлердің ұзаруын теріс реттей алады (21). Дегенмен, Est1p бүршіктенетін ашытқы TPP1-ге гомолог емес, сондықтан ол ұқсас функцияны орындамауы мүмкін. жылы Сахаромицаларcerevisiae, фосфатидил инозитол-3 тәрізді протеин киназалары Tel1 және митозға кіру бақылау нүктесі 1 (Mec1) (ATM (атаксия телеангиэктазиясы мутацияланған) және ATR (адамдарда ATM және Rad3 байланысты)) теломеразаны белсендіруде маңызды рөл атқарады. қысқа теломерлер. Бір қызығы, бұл киназалар адамның теломерлерімен жасушалық циклге тәуелді (22) байланысады және ұқсас механизмдер адамның теломераларында TPP1 функциясын және теломераза белсенділігін реттейтінін анықтау қызықты болады.


Теломера ұзындығын анықтау

Теломер ұзындығын өлшеудің ең жиі қолданылатын әдістері Southern Blot, полимеразды тізбекті реакция (ПТР) негізіндегі әдістер және in situ будандастыру болып табылады. Southern blotting немесе теломер шектеу фрагменті талдауы (TRF) дәстүрлі әдіс болып табылады және әлі күнге дейін алтын стандарт болып саналады [22]. Теломерлер жағынды ретінде бейнеленген, ал жағындының салмағы орташа теломер ұзындығы үшін репрезентативті. Бұл әдістің негізгі кемшілігі - талап етілетін ДНҚ-ның салыстырмалы түрде жоғары мөлшері. Сондықтан бұл әдіс жеке жасушалардағы немесе әртүрлі хромосомалардағы теломер ұзындығын анықтау үшін немесе ДНҚ қолжетімділігі шектеулі болған кезде мүмкін емес. Нақты уақыттағы ПТР негізіндегі әдіс салыстырмалы түрде жылдам және геномдық ДНҚ-ның аз мөлшерін ғана қажет етеді. Бұл әдіс мүмкіндігінше праймер-димер күшейтуін болдырмау үшін модификацияланған ПТР праймерлеріне негізделген [13]. Түпкілікті өлшем салыстырмалы өлшем, берілген популяция ішінде толық жарамды (ол субъектілерді дұрыс дәрежелейді), бірақ популяциялар арасында салыстыру қиынырақ, салыстырмалы өлшем болып табылатын эталондық ген санына (T/S қатынасы) бөлінген теломера мөлшерінің арақатынасы болады. Ең соңғы артықшылығы – теломера да, референттік ген де бір ұңғымаға бағытталған мультиплекстік талдаудың дамуы [14]. ПТР әдісі бір жасушаны немесе арнайы хромосомаларды талдауды қарастырған кезде TRF әдісімен бірдей кемшілікке ұшырайды. Сандық ПТР әдісі үлкен когортты зерттеулерде теломер ұзындығын бағалау үшін кеңінен қолданылды және қабылданды [10, 15, 86, 93]. Алдыңғы әдістердің ерекше модификациясы бір хромосомадағы теломер ұзындығын өлшеу үшін теломерлер мен субтеломерлік аймақтарға арналған арнайы праймерлер мен зондтарды біріктіру арқылы ПТР-күшейтілген өнімдерді бөлу үшін Southern blotting әдістерін қолданатын жалғыз теломер ұзындығын талдау болып табылады [5]. Бұл әдіс қазіргі уақытта ең дәл теломерді өлшеу болып саналады, бірақ бұл еңбекті көп қажет ететін және техникалық қиын әдіс, оны тек субтеломерлік аймақ белгілі хромосомалар үшін қолдануға болады. In situ будандастыру әдістері жеке жасушалардағы теломерлерді визуализациялауға мүмкіндік береді. Сандық флуоресценция in situ будандастыру (Q-FISH) a (CCCTAA) пайдаланады.3 теломерлерді көру үшін пептидті нуклеин қышқылы зонд. Метафазалық таралуларда теломерлер хромосомалардың соңында көрінеді және оларды бір хромосомаларда да сандық түрде анықтауға болады [52]. Бұл техниканың маңызды нұсқасы ағынды флуоресценция in situ гибридизациясы немесе Flow-FISH болып табылады. Q-FISH гибридизациясы мен ағынды цитометриялық талдауды біріктіре отырып, қызығушылық тудыратын жасуша популяциясын таңдау үшін стандартты ағынды цитометриялық антиденелермен бірге фазааралық жасушалардағы орташа теломера ұзындығын өлшеуге болады [71].


Көмекші ақпарат

S1 Nxf2 гомологтарының пептидтік туралануы сурет.

Біз іздеу үшін NCBI web BLAST қолдандық D. меланогастер RefSeq пептидтік дерекқорына қарсы Nxf2 пептидті тізбегі және 22-де анықталған гомологтар Дрозофила түрлері. Nxf2 карбоксил-терминал аймағы CDS-тен алынған, ол гомологиямен бөліседі ТАРТ-А TE (сұр жәшік). Пептидтік деңгейде бұл аймақ сақталады D. вирилис, бұл, егер ол кірістіру арқылы алынған болса ТАРТ-А TE, кірістіру бүкіл тектің ортақ ата-бабаларында орын алған болар еді. CDS, кодтау тізбегі TE, ауыстырылатын элемент.

S2-сурет. Түзетулерді көрсететін нүкте сызбасының масштабтау көрінісі D. меланогастер TART-A қарсы D. melanogaster nxf2 және D. якуба ТАРТ-А.

Қызғылт жәшіктер ортақ гомологияның 2 сегментін көрсетеді D. меланогастер TART-A және D. melanogaster nxf2. D. якуба ТАРТ-А теңестіреді D. меланогастер TART-A тікелей іргелес, бірақ қосылмаған аймақтарда TART-A/nxf2 ортақ гомология. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады.

S3 Сурет. Түр ішіндегі салыстыру nxf2 қарсы ТАРТ-А.

Салыстырдық nxf2 транскрипт тізбегі D. меланогастер (А), D. якуба (B), және D. сечелия (С) дейін ТАРТ-А пайдаланатын бір түрдегі тізбектер әже [106]. арасында реттілік гомологиясы бар D. melanogaster nxf2 және ТАРТ-А бірақ жоқ Д үшін. yakuba nxf2/TART-A үшін де D. sechellia nxf2/TART-A. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады.

S4 Сурет туралау nxf2- 71-ден ұқсас аймақ D. меланогастер TART-A элементтері.

Біз 71-ді анықтадық ТАРТ-А 17 ұзақ оқылатын 3′ UTR бар элементтер D. меланогастер геномдық жинақтар. Барлық 71 элементте nxf2- бұл аймақтың барлығында болмаса да, көпшілігінде бар екенін көрсететін реттілік (сұр жәшік) ТАРТ-А ішіндегі элементтер D. меланогастер. бір бөлігі екенін ескеріңіз nxf2-ұқсас аймақ бірінде жойылған сияқты ТАРТ-А элементтері.

S5 Сурет nxf2- сияқты аймақ ТАРТ-А DGRP бойынша.

Біз геномдық реттілік қамтуды салыстырдық nxf2- сияқты аймақ ТАРТ-А (көгілдір көлеңке) оның жоғарғы және төменгі ағысының жанындағы аймақтарына (сары көлеңке). Әрбір DGRP штаммы үшін біз оқуды қамтуды осы штаммның медианалық қамтуына бөлдік. ТАРТ-А Штамдар арасындағы көшіру санының айырмашылығын бақылау үшін ORF1 және ORF2. Біз аймақ бойынша 10-bp терезелерінде әрбір штамм үшін қамтуды есептедік. Суреттегі әрбір қорап бір 10-bp сегменті үшін әр штамм қамту мәндерін жинақтайды. Әрбір қораптың ішінде ішкі сызық медианалық қамтуды білдіреді және топсалар 25-ші және 75-ші процентильдерге сәйкес келеді. Мұртты 1,5× квартиль аралық диапазонға дейін созылады. Қамту nxf2-тәрізді аймақ төменгі ағыстағы аймақтың қамтуына ұқсас, олардың екеуі де жоғары ағыс аймағына қатысты азаяды. Бұл үлгі бұрын сипатталған UTR қиюына сәйкес келеді ТАРТ [74]. Өйткені nxf2-ұқсас реттілік екі UTR-де де бар, өте кең таралған 5′ UTR қысқаруы екеуінің де қамтуын азайтуы керек. nxf25′ UTR-де жоқ жоғары ағынды аймақпен салыстырғанда шамамен 50%-ға ұқсас аймақ және төменгі ағынды қапталдағы аймақ (1В-сурет). Біз қоспасымен сәйкес келетін шамамен 30% қамтудың қысқаруын байқадық ТАРТ-А көшірмелер, кейбіреулері 5′ UTR қысқартылған және кейбіреулері жоқ. Аймақтағы барлық қораптардағы медианалық қамту түсті көлденең жолақтар арқылы көрсетіледі. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. ORF, ашық оқу жақтауы.

S6 сурет. Қайталанатын элементті жоғары реттеу nxf2 құлату.

Әйел аналық бездерінен алынған жалпы РНҚ-секв деректеріндегі экспрессияны байқаған әрбір RepBase қайталауы y осінде, ал өрнектің қатпарлы өзгерісі nxf2 RNAi нокдаунына қарсы бақылаудың құлауы ақ ген x осінде log2 шкаласымен көрсетілген. Өрнек мәндері 2 биологиялық қайталаудың орташа мәні болып табылады. LTR ретротранспозондары үшін LTR TE қалған бөліктерінен бөлек көрсетіледі. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. LTR, ұзын терминалды қайталау TE, ауыстырылатын элемент.

S7 сурет. ШРНҚ арасындағы корреляция nxf2 құлату.

Біз әртүрлі аймақтарға бағытталған 2 shRNA қолдандық nxf2 транскрипт және гендер үшін есептелген экспрессия мәндері, сондай-ақ әрбір нокдаун үшін TE. Біз өрнек мәндерінің 2 эксперимент (Спирмен rho = 0,92 [Гендер] және 0,94 [TEs]) арасында жоғары корреляцияға ие екенін анықтадық. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. shRNA, қысқа шаш қыстырғыш РНҚ ТЭ, транспозициялық элемент.

S8 сур. nxf2 degradome-seq деректерінен бөлінген өнімдер.

бар-жоғын анықтау үшін жарияланған деградом-секв және Aub-иммунопреципитацияланған шағын РНҚ деректерін талдадық. nxf2 degradome-seq 10-bp мағынасын көрсететін оқылады: антисенс қабаттасуы ТАРТ-А Piwi протеинінің бөлінуіне сәйкес piRNAs. Біз 11 орынды (A–K) анықтадық ТАРТ- сияқты аймақ nxf2 мұнда деградом-секв бөліну өнімдері (қызыл) антисенс пиРНҚ-ларымен (көк) 5′ ұштарында 10 б.б. The nxf2 транскрипт қара түспен көрсетілген. degradome-seq, degradome секвенирлеуші ​​пиРНҚ, Piwi-өзара әрекеттесетін шағын РНҚ.

S9-сурет. ПиРНҚ жолы бұзылған кезде жоғары реттелетін гендер тураланған piRNA-лардың көптігін көрсетеді.

Біз экспрессияның қатпарлы өзгерісі одан үлкен немесе тең болатын 168 генді анықтадық nxf2 RNAi арқылы 16 piRNA жолының құрамдас бөліктерінің нокдаундары. Бұл гендер экспрессияланған гендердің қалған бөлігімен салыстырғанда сәйкестендірілген пиРНҚ-ның едәуір көп санына ие, бұл олардың экспрессиясын пиРНҚ-мен реттеуге болатынын көрсетеді (Уилкоксон сынағы). П = 4.1e-06). Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. piRNA, Piwi-әрекеттесетін шағын РНҚ RNAi, РНҚ интерференциясы.

S10 сурет. PiRNA жолының гендері piRNA жолының бұзылуына біркелкі жауап бермейді.

Біз әрбір эксперимент үшін талдаудан мақсатты генді қоспағанда, 16 piRNA жолының құрамдас бөліктерінің RNAi ыдыратулары арқылы 41 белгілі piRNA жол гендерінің экспрессиясының қатпарлы өзгерісін зерттедік. ПиРНҚ жолының гендері көптеген эксперименттер үшін 1 (көлденең қызыл сызық) жанында медианалық қатпарлы өзгерісті көрсетеді. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. piRNA, Piwi-әрекеттесетін шағын РНҚ RNAi, РНҚ интерференциясы.

S11-сурет арасындағы корреляция nxf2 өрнек және ТАРТ-А көшірме нөмірі қайталануы мүмкін.

Біз 7А-суретте көрсетілген талдауды [125] репликациялық микромассив деректер жинағын пайдаланып қайталадық және ұқсас корреляцияны таптық (Спирманның rho = -0,49), бұл микромассив өрнек өлшемдерінің қайталануы жоғары екенін көрсетеді. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады.

S12-сурет. Басқа piRNA жол гендерінің экспрессиясы (сонымен қатар nxf2) корреляцияланбайды ТАРТ-А нөмірін көшіру.

Біз 39 басқа piRNA жол гендері үшін экспрессия мәндерін ала алдық. nxf2 өрнек. Осы гендердің әрқайсысы үшін біз оның экспрессиясы үшін Спирман корреляция коэффициентін есептедік ТАРТ-А нөмірін көшіру. Барлық корреляция коэффициенттері nxf2 үшін байқағанымыздан кем дегенде 2 есе кіші. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. piRNA, Piwi әрекеттесетін шағын РНҚ.

S13 сурет. piRNA жолының гендері мен арасындағы корреляцияның қысқаша мазмұны ТАРТ-А нөмірін көшіру.

Гистограмма 39 piRNA жол гендері мен арасындағы Спирман корреляция коэффициенттерін жинақтайды. ТАРТ-А көшірме нөмірі (S12 суретте көрсетілген). Қызыл сызық корреляция коэффициентін көрсетеді nxf2. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. piRNA, Piwi өзара әрекеттесетін шағын РНҚ.

S14 сурет. Әр штамм бойынша piRNA қамтуы nxf2.

Біз piRNA оқу тереңдігін (RPM салыстырылған ретінде қалыпқа келтірілген) сызбасын бойымен белгіледік nxf2 7-суретте көрсетілген 16 DGRP штаммының әрқайсысы үшін транскрипт. Әрбір штамм үшін, көптігі ТАРТ piRNAs сюжет тақырыбында берілген. Біз олардың орналасқан жерлерін жасырдық ТАРТ/nxf2 теңестіру алдында ортақ гомология (сұр жәшіктер). ТАРТ- алынған пиРНҚ. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. DGRP, Дрозофила Генетикалық анықтамалық тақта piRNA, Piwi-өзара әрекеттесетін шағын РНҚ RPM, миллионға шаққандағы оқылады.

S15 Сурет арасындағы корреляция ТАРТ-А және nxf2 пиРНҚ.

арасында күшті оң корреляция бар ТАРТ- сәйкес келетін piRNA-лар nxf2 қарсы nxf2 16 DGRP штаммдары бойынша ортақ гомология аймағынан төмен қарай орналасқан piRNAs (Spearman's rho = 0,88, П < 2.2e-16). Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. DGRP, Дрозофила Генетикалық анықтамалық тақта piRNA, Piwi-өзара әрекеттесетін шағын РНҚ.

S16 сурет. RNA-seq экспериментінде қолданылатын 5 DGRP штаммдары бар nxf2 жалпы DGRP популяциясының өкілі болып табылатын өрнек деңгейлері.

Біз медианасы 5 DGRP штаммын таңдау үшін [125] микромассив деректер жинағын қолдандық. nxf2 өрнек деңгейі толық DGRP популяциясының деңгейіне ұқсас. Негізгі деректерді S2 деректерінде табуға болады. DGRP, Дрозофила Генетикалық анықтамалық панель RNA-seq, RNA секвенциясы.

S1 кестесі. Аллельге тән сандар ТАРТ- түзілген туынды антисенс пиРНҚ nxf2. piRNA, Piwi өзара әрекеттесетін шағын РНҚ.

S1 деректері. Бірнеше ретті теңестіру nxf2.

S2 деректері. Барлық графиктер үшін негізгі деректер.

S3 деректері. 2B суреті үшін пайдаланылған бірнеше ретті туралау.

S4 деректері. реттілігін қамтитын FASTA файлы D. TART-A симуляторлары фрагмент.


Теломерлік G-төртбұрыштар: адамнан Тетрагимена Қайталанады

Адамның теломерлік және протозойлық теломерлік тізбегі тек бір пуриндік негізде, теломерлік тізбектерде TTAGGG және протозойлық тізбектерде TTGGGG қайталауларында ғана ерекшеленеді. Бұл зерттеуде осы қайталаулардан құралған G-төртбұрыштар мен олардың туындылары арасындағы байланыс талданып, салыстырылады. Адамның теломерлік ДНҚ тізбегі G32AG3)3 және әрбір аденин негізін жүйелі түрде гуанинмен алмастыратын байланысты тізбектер зерттелді, нәтиже: Тетрагимена қайталайды. Ауыстыру G-төртбұрыштарының қалыптасуына әсер етпейді, бірақ топологияда айырмашылықтар тудыруы мүмкін. Нәтижелер сонымен қатар алмастырылған туындылардың тұрақтылығының орын басу саны көп болған кезде тізбегі бойынша артқанын көрсетеді. Сонымен қатар, осы зерттеуде талданған қайталаулардағы кемшіліктерді қамтитын тізбектердің көпшілігі адамда да кездеседі және Тетрагимена геномдар. Жалпы алғанда, кез келген организмде G-төрт жақты құрылымдардың болуы өмірлік циклдегі шектеулердің көзі болып табылады. Сондықтан, базаны алмастырудың G-төртбұрыштарының құрылымдық өзгергіштігіне әсерін толық түсіну айтарлықтай ғылыми құндылыққа ие болар еді.

1. Кіріспе

G-қа бай ДНҚ тізбегі бір немесе бірнеше ДНҚ тізбегінің ассоциациясына негізделген интра- және молекулааралық G-квадроплекстерді құра алады. G-жұмыстары арасында араласатын нуклеотидтер әр түрлі топологиялық пішіндерді қабылдай алатын бүктелген G-төртбұрышты құрылымдардың ілмектерін құрайды [1, 2]. Гуаниндік жолдар бір бағытта бағытталған кезде қос тізбекті реверсивті (винттік) ілмектер екі көршілес параллель жіптерді байланыстырып, параллель құрылымды құрайды [3]. Гуаниндік жолдар қарама-қарсы бағытта орналасқанда, шеткі немесе қиғаш ілмектер екі параллельге қарсы жіптерді біріктіріп, антипараллельді G-төртбұрышты құрайды [4]. Параллельге қарсы гибридті немесе деп аталатын (

) құрылымдар, бір жіп басқалардан басқа бағытқа бағытталған [5–7]. Жақында Марушич және т.б. сипаттаған роман ( ) типті қатпар. Барлық үш ілмек түрі бір конформацияда кездесетін конформацияны көрсетеді: шеттік, диагональды және қос тізбекті кері ілмектер [8]. Сонымен қатар, молекулааралық мультимерлі G-төртбұрыштар екі немесе одан да көп жіптердің ассоциациясы арқылы түзілуі мүмкін [9].

Бұл құрылымдар G-төртбұрышты құрылымдық полиморфизмнің жоғары дәрежесін көрсетеді, бұл құбылыс көптеген әртүрлі факторларға тәуелді: нуклеин қышқылының ұзындығы мен реттілігі және буфер, рН, тұрақтандырғыш катион, температура сияқты қатпарлану реакциясы кезінде болатын қоршаған орта жағдайлары. , және дегидратацияны тудыратын агенттердің болуы [10-14]. G-төрттік құрылымдарды құруға бейімділігі бар G-бай тізбектер адам геномдық ДНҚ-ның көптеген аймақтарында, әсіресе бірнеше биологиялық маңызды аймақтарда, соның ішінде сызықтық эукариоттық теломерлердің соңында орналасуы мүмкін [15, 16]. Дегенмен, G-ге бай болжамды тізбектер геном ішінде кездейсоқ таралмайды, мұндай тізбектер негізінен протоонкогенді аймақтарда (жасуша пролиферациясына ықпал етеді) кездеседі және ісік супрессор гендерінде (геномдық тұрақтылықты сақтайды) таусылады [17]. Бұл болжамды тізбектердің пайда болуы екіталай in vivo және олардың тірі жасушаларда болуының тікелей дәлелі әлі де талқылау тақырыбы болып табылады [18–20]. Сөзсіз, ең көп зерттелген G-төртбұрышты түзетін тізбектер адам теломерлерінің 3′-ұштарында орналасқан. Сызықтық хромосомалардың ұштарын жабатын теломерлік тізбектер мен мамандандырылған нуклеопротеиндік кешендер хромосомалық тұрақтылық пен геномдық тұтастық үшін маңызды [21-23]. Сүтқоректілердің теломерлері G-қа бай тізбектердің тандемді қайталануларынан тұрады,

. Бұл тізбектің бірнеше килобазалары екі тізбекті, бірақ жүзден астам нуклеотидтер жұпталмаған күйде қалады және бір жіпшелі 3′-үстемелерді құрайды [24], бұл бір немесе бірнеше G-төртбұрыштарының қалыптасуына қолайлы жағдайларды қамтамасыз етеді. in vivo [22]. Теломерлердің құрылымы мен тұрақтылығы қатерлі ісік пен жасушаның қартаюында маңызды рөл атқарады [25, 26]. Сондай-ақ теломерлердің биологиялық сағаттың бір түрі ретінде қызмет ететіндігі туралы дәлелдер бар, өйткені теломер құрылымдары әрбір келесі жасушалық циклде қысқаратын көрінеді. Алайда өлмейтін жасушаларда және рак клеткаларында теломераза хромосома ұштарындағы теломерлік тізбекті ұзарту арқылы теломераның ұзындығын сақтау үшін белсендіріледі [27, 28]. Адамның бір тізбекті теломерлік ДНҚ-сы арқылы түзілген G-квадруплекстері теломеразаның белсенділігін тежейтіні де көрсетілді [29] және бұл ашылу құрылымдарға тартымды потенциалды дәрілік мақсат ретінде қызығушылықтың артуына әкелді [30].

Адамның теломерлік G-төртбұрыштарын зерттеудің кең ауқымы әртүрлі әдістердің кең ауқымын пайдалана отырып жүргізілді [1]. Бүгінгі күні адамның төрт теломерлік қайталануы үшін үш G-тетрад қабаты бар төрт түрлі қатпарлы топологияның жоғары ажыратымдылықтағы құрылымдары анықталды [1-7]. Сонымен қатар, тек екі G-тетрад қабатынан тұратын қосымша құрылым да анықталды, ол теломерлі G-төртбұрыштарының құрылымдық полиморфизмін көрсетеді [31]. Толтырылған ерітінділердегі адамның теломерлік ДНҚ құрылымын да көптеген авторлар зерттеген [11], бірақ бұл құрылым молекулалық толып кетуден гөрі дегидратацияның нәтижесі болуы мүмкін [12, 32, 33]. Осы уақытқа дейін анықталған құрылымдардың үлкен әртүрлілігін G негізгі тізбегінен тыс қапталдағы нуклеотидтердің болуына да жатқызуға болады.32AG3)3 және иондардың концентрациясы және әртүрлі тәжірибелік әдістер мен шарттарды қолдану [1, 34].

Адамның теломерлік қайталануларының ретті туындыларына қатысты жүйелі зерттеулер сериясын Ворликова және т.б. [35-38] және бұл бұрынғы зерттеулер аденинге гуанинді ауыстыруға, абазиялық учаскелерді енгізуге, аденинді алмастыратын 8-оксоаденинге және теломерлік қайталанулардағы тиминге 5-гидроксиметилуракилді ауыстыруға бағытталған [39-41] . Дегенмен, бұл зерттеуде гуанинге аденинді ауыстыру қарсы стратегия қолданылады (1-суретті қараңыз). Негізгі мақсат - адамның төрт қайталануының жалпы түрлендіруіне қол жеткізу Тетрагимена молекулаішілік G-төртбұрышты түзу қабілетін сақтайтын қайталаулар. Бір қызығы, кемшіліктері бар G-қа бай қайталаулар адам мен Тетрагимена геном 1-кесте мен қосалқы материалдарды қараңыз.

өшу коэффициенті 257 нм.

Бұл зерттеуде біз құрған құрылымдарды қарастырамыз Тетрагимена теломерлік реттілік, dG42Г4)3, ол адам реттілігінен әрбір қайталауда бір G-for-A ауыстыруымен ерекшеленеді [42]. Gs G-төрт жақты түзу үшін маңызды болғандықтан, біз G-төрт жақты түзетін G тізбегінің TTA ілмектеріндегі гуаниндер үшін үш адениннің әрқайсысын жүйелі түрде ауыстырдық.32AG3)3, осылайша гуаниндер санын бір олигонуклеотидке үш гуанинге дейін арттырады. Дөңгелек дихроизм спектроскопиясы (CD) және полиакриламидті гель электрофорезі (PAGE) G-төртбұрыштарының түзілуіне, термиялық тұрақтылығына және конформациясына негізді алмастыру (лар) әсерін бақылау үшін пайдаланылды. Өлшемдер Na + және K + иондарының қатысуымен және PEG-200 немесе ацетонитрил концентрациясы әртүрлі температураларда 0, 15, 30 және 50 массадағы % орындалды. Сонымен қатар, G-төрт жақты құрылымдардың қалыптасуы Тиазол Оранж (TO) көмегімен тексерілді және расталды. TO жоғары флуоресценттік кванттық шығымдылығына байланысты ДНҚ құрылымдық формалары үшін тамаша ДНҚ флуоресцентті зонд болып табылады [43]. Бұл лиганд G-төрттік құрылымын тұрақтандырады және топологиялық өзгерістерді тудыруы мүмкін [44, 45]. G-quadruplex-TO кешені натрий катиондары бар буферлерде индукцияланған айналмалы дихроизм спектрінің сипаттамалық профилін ұсынады [44].

2. Материалдар мен әдістер

Барлық эксперименттер модификацияланған Бриттон-Робинсон буферінде (mRB), 25 мМ фосфор қышқылында, 25 мМ бор қышқылында, 25 мМ сірке қышқылында және 50 мМ KCl немесе NaCl, PEG-200 (орташа полиэтиленгликольмен) толықтырылды. молекулалық салмағы 200) және ацетонитрил (Фишер Словакия) рН Tris арқылы 7,0 соңғы мәнге дейін реттелді. 1-кестеде көрсетілген реттіліктері бар олигонуклеотидтер Metabion international AG компаниясынан сатып алынды. Лиофилденген ДНҚ үлгілері 1 мМ қор ерітінділерін беру үшін қолданар алдында екі рет дистилденген суда ерітілді. Бір тізбекті ДНҚ концентрациясы жоғары температурада (95°C) 260 нм абсорбентті өлшеу арқылы анықталды.

2.1. CD спектроскопиясы

CD және УК-виз спектрлері Jasco үлгісіндегі J-810 спектрополяриметрі (Истон, MD, АҚШ) көмегімен өлшенді. Ұяшық ұстағышының температурасы PTC-423L температура реттегішімен реттелді. Сканерлеу 300 реакция көлемінде 220–600 нм диапазонында орындалды. μl жол ұзындығы 0,1 см және құралды сканерлеу жылдамдығы 100 нм/мин, қадамы 1 нм және өткізу қабілеттілігі 1 нм, жауап беру уақыты 2 с болатын кюветада. CD деректері 0–100°C температура диапазонында түсірілген орташа алынған үш сканерлеуді білдіреді. Барлық ДНҚ үлгілері ерітілді және иондардың және сусыздандырғыштың тиісті концентрациясы бар қолайлы буферлерде сұйылтылды. Тәжірибелерде пайдаланылған ДНҚ олигомерлерінің саны 25-ке жуық сақталды μДНҚ тізбегінің M концентрациясы. Үлгілер 95°C температурада 5 минут бойы қыздырылды, содан кейін әрбір өлшеу алдында бастапқы температураға дейін салқындатуға рұқсат етілді. CD спектрлері оң және сол жақ айналмалы поляризацияланған жарықтың молярлық жұтылуының айырмашылығы ретінде өрнектеледі (Δε) M −1 ·см −1 бірліктерімен. Молярлық ДНҚ олигомерлерімен байланысты болды. Бірдей кюветаны пайдаланып буферлік базалық спектр алынды және үлгі спектрлерінен алынып тасталды. Әртүрлі төртбұрыштардың термиялық тұрақтылығы температураға байланысты 295 және 265 нм жиілікте CD эллипттіліктерін жазу арқылы өлшенді [14, 46]. Температура 0-ден 100 ° C-қа дейін, ал қыздыру жылдамдығы 0,25 ° C/мин болды. балқу температурасы (

) орта өту нүктесінің температурасы ретінде анықталды. қондырылған қисықтың бірінші туындысының ең жоғары мәні бойынша бағаланды. ДНҚ титрлеу TO концентрациясының жоғарылауымен орындалды. 10 мМ қор ерітіндісінің соңғы концентрациясына жету үшін TO DMSO-да ерітілді. 1 мм кварц жасушасындағы ДНҚ мен ТО концентрациясы 30 болды μM және 0–200 μM, тиісінше, және TO өсімі болды

67 μM. TO CD/UV спектрлерін қосқаннан кейін әрбір үлгі 3 минут бойы қатты араластырылды.

2.2. Электрофорез

0,3-тен тұратын үлгілер μl 1 мМ ерітінділер денатурацияланбайтын PAGE көмегімен температурамен басқарылатын электрофоретикалық аппаратта (Z375039-1EA Sigma-Oldrich, Сан-Франциско, Калифорния) 15% акриламидті (19 : 1 акриламид/бисакриламид) гельдерде бөлінді. ДНҚ жүктелді

см гельдер. Электрофорез 10°C температурада 4 сағат 125 В кернеуде жүргізілді (

8 В·см −1 ). Әрбір гель StainsAll (Sigma-Oldrich) бояуымен боялған. Гель сонымен қатар ДНҚ визуализациясының сезімталдығын жақсарту үшін күміспен бояу процедурасы арқылы боялған [44].

2.3. Флуоресценция спектроскопиясы

Флуоресценция спектрлері температурамен басқарылатын циркулятормен жабдықталған Varian Cary Eclipse флуоресценциялық спектрофотометрімен 22 ± 1°C температурада алынды. Тәжірибелердің барлығында ұзындығы 3 мм болатын кварц кюветкасы қолданылды. Флуоресценция өлшемдерінде қозу және эмиссия саңылаулары 5 нм және сканерлеу жылдамдығы 240 нм/мин болды. 66 μM TO ДНҚ-мен титрленді (3.3, 6.6 және 13.2 μM) mRB буферінде бір валентті металл катиондары бар да, жоқ та. ДНҚ мен лиганд арасындағы молярлық қатынас 1 : 20, 1 : 10 және 1 : 5 болды. Қозу толқынының ұзындығы 452 нм-ге реттелді.

3. Нәтижелер және талқылау

3.1. Sequence Design және CD Spectra

Адамның теломерлік тізбегінен алынған тізбек d(G32AG3)3) және әр түрлі жағдайларда алмастырылған туындылар зерттеледі. Осы зерттеуде пайдаланылған ДНҚ тізбегі және қысқартулар 1-кестеде жинақталған. 1, 2 және 3-тармақтар тиісінше HTR тізбегінің бірінші, екінші және үшінші циклдеріндегі негізді алмастыру орындарын көрсетеді. 0 нүктесі олигонуклеотидтің 5′ ұшында қапталдағы гуанинді көрсетеді, 1-сурет. HTR-дан алынған ДНҚ олигонуклеотидтерінде TTA ілмегіндегі гуанин (G)-аденинге (A) модификацияланған гуанин ауыстырылды. реттіліктер HTR тізбегінде табылған топологиялардан басқа топологиялармен болса да, G-төртбұрыштарын өздігінен құру мүмкіндігін сақтайды. HTR туындылары 50 mM NaCl және KCl қатысуымен талданды, 2-сурет. Бірінші топ HTR әртүрлі позицияларында тек бір нүктелі мутацияларды қамтитын олигонуклеотидтерді көрсетеді.1, HTR2, және HTR3 (2-суреттегі қара сызықтар). Екінші топ екі нүктелік мутациядан тұратын олигонуклеотидтерді білдіреді (2-суретте көк түспен көрсетілген спектрлер). Алғашқы екі цикл HTR-де өзгертілді1,2, HTR ішінде бірінші және соңғы циклдар өзгертілді1,3 және екінші және үшінші циклдар HTR-де өзгертілді2,3. Олигонуклеотидтер HTR0,1,3, HTR0,2,3, және HTR1,2,3 үш G-for-A алмастырулары бар (жасыл түсті спектрлер). HTR спектрі және балқу температуралары0,1,2 реттілік HTR-ге өте ұқсас0,2,3 реттілік (бұл зерттеуде көрсетілмеген), ал HTR0,1,2,3 реттілік THR тізбегіне баламалы.

1 сағ өлшеудің басында үлгі сақталатын бастапқы температураға дейін [14].

Ауыстырылған реттіліктер модификацияланбаған HTR және THR реттіліктерімен де салыстырылды. Жалпы алғанда, кез келген G-ретіндегі гуанин қалдықтарының әрқайсысы G-тетрадтардың түзілуіне қатыса алады. Үшқабатты G-тетрад төртбұрыштарының пайда болуы жағдайында, HTR тізбегінің ілмектеріне негізді алмастыру енгізілген кезде ілмектер ұзындықтары өзгеретіні анықталды, орын ауыстырулардың орналасуы мен санына байланысты үш немесе төрт нуклеотидтен тұруы мүмкін. Дегенмен, біз үш алмастырғышты қамтитын тізбектер үшін төрт қабатты G-квадруплекстерінің пайда болу мүмкіндігін жоққа шығара алмаймыз, бірақ мұндай құрылымдар кем дегенде бір гетеронуклеотид-тетрадтан тұруы керек екенін ескеру маңызды, онда аденин де бар. Бүгінгі күні калий бар толық ұзындықтағы THR тізбектерінің 3D құрылымы анықталған жоқ, құрылымның жалғыз қыры белгілі, ол төрт қысқарақ d(TTGGGGT) (PDB: 139D) тізбегінен құрылған тетрамерлі G-төртбұрышты құрылымы болып табылады. [47]. Бұл құрылым төрт G-тетрадтан тұрады және оны толық ұзындықтағы олигонуклеотидтің нақты құрылымы деп айту мүмкін емес. Соған қарамастан, THR 3D құрылымы тек натрий (PDB: 186D) болған кезде ғана анықталды [48]. Бұл құрылым үш қабатталған G-тетрадтардан, екі жиекті ілмектерден және бір қос тізбекті кері айналдыру циклінен тұрады. THR және HTR тізбегі алты нуклеотидтің біреуінде ғана ерекшеленетініне қарамастан, олардың 3D топологиялары айтарлықтай ерекшеленеді, өйткені натрийдегі HTR екі жиекті ілмектер мен бір орталық диагональды контурдан тұратын үш G-тетрадтық құрылымды қабылдайды (PDB: 143D) [4]. Дегенмен, HTR тізбегі тек екі G-тетрад қабатынан (PDB: 2KF8) тұратын калий болған жағдайда тұрақты кәрзеңке типті конформацияны қабылдай алады [31].

Бүгінгі күнге дейін табиғи түрде кездесетін бірнеше HTR тізбегі анықталған. 1 (PDB: 2HY9) және 2 (2JPZ) пішіндері үш G-тетрадтан тұрады, бірақ ілмектердің реті әр түрлі HTR екі пішінде бір қос тізбекті кері және екі жиекті ілмекті құрайды [49, 50]. Натрий қатысында ерітіндіде түзілетін THR G-квадруплекстерімен кейбір ұқсастықтары бар [48]. 3-пішін үш қос тізбекті реверсивті ілмектер (PBD: 1KF1) бар параллель G-квадроплекспен ұсынылған [3]. Жақында Лим және т.б. жоғарыда аталғандардан айтарлықтай ерекшеленетін натрийдің қатысуымен 27 nt HTR туындысының құрылымын растады (PBD: 2MBJ) [1]. Натрийде ерітілген екі белгілі HTR құрылымдары бірдей салыстырмалы тізбектік бағдарларға ие болғанымен, олар сутегі-байланыстың бағытталуында және контурдың орналасуында ерекшеленеді. 2MBJ құрылымы қайтадан екі жиекті және бір қос тізбекті кері айналмалы ілмектерден тұрады.

Oxytricha d[G теломерасынан алынған тізбек44Г4)3] (PDB: 201D және 230D) натрий екі жиегі және бір орталық диагональды ілмектердегі HTR-де табылғандарға ұқсас ілмек түрлері бар құрылымды қабылдайды [4, 51, 52]. Дегенмен, Oxytricha тізбегі төрт қабатты G-тетрад төрт жақты құрайды. Жазу кезінде Oxytricha тізбегінің ерітінді құрылымы d[G44Г4)3] құрамында K + бар ерітінді әлі анықталмады. Бұның негізгі себебі калийдің қатысуымен бұл реттілік пен THR әртүрлі топологиялық формаларды қабылдауы мүмкін, олар ерітіндіде бірге өмір сүретін электрофоретикалық бөлу кезінде қосымша жолақтар байқалады [14]. Бір қызығы, төртқабатты G-квадроплекстері өте тұрақты, олар калийдің қатысуымен ерекше жоғары балқу температурасын көрсетеді [14]. Соңғы кезде d(GGGGCC) құрылымы4 калийдің қатысуымен тимин қалдықтарының орнына цитозиндердің және бір 8-бромодеоксигуанозиннің (ПДБ: 2N2D) болатын тізбегі де анықталды [53]. Бұл реттілікпен қабылданған G-төрттік құрылымы калийдегі THR құрылымымен тығыз байланысты болуы мүмкін. Бұл параллельге қарсы құрылым үш жиекті C-C ілмектерімен қосылған төрт G-квартетінен тұрады. CD спектрлерінің нәтижелері THR тізбегіне ортақ көптеген қолтаңбаларды көрсетеді. Әрбір циклдегі цитозиндердің бірі G-квартетінде жинақталған, нәтижесінде өте ықшам және тұрақты құрылым болады. Сол сияқты құрылымның балқу температурасы 90°С жоғары.

CD спектроскопиясы бүктелген G-төртбұрыштарының архитектурасына бірінші көзқарасты ұсынудың өте пайдалы және үнемді әдісі болып табылады. ДНҚ параллельді немесе антипараллельді конформацияға бүктелгенін көрсету үшін G-төртбұрыштарының CD спектрлерін пайдалануға болады [36, 54].

G-төртбұрыштарының 25-ке дейін жалпы жиналмалы топологиялары болғанымен, G-төртбұрышының гуанозиндері қабылдаған гликозидтік байланыс бұрыштарының реттілігі негізінде құрылымдарды үш топқа жіктеуге болады [55]. I топ бір бағытта бағытталған жіптері бар және гликозидтік байланыс бұрыштары бірдей гуанозиндері бар параллель G-төртбұрыштарынан тұрады. Параллель G-төртбұрыштары (I топ) құрамында үш немесе төрт ілмек бар-жоғына қарамастан бірдей сипаттамаларға ие: қарқынды оң максимум

240 нм. II және III топтар антипараллельді G-төртбұрыштарынан тұрады II топ гликозидтік байланыстыру бұрыштарының гуанозиндерімен сипатталуы мүмкін, мысалы: қарсы және син-син және де син-анти және антисин, ал III топ гликозидтік байланыс бұрыштары бар қабатталған гуанозиндерден тұрады. Параллельге қарсы G-төртбұрыштары оң жолақты көрсетеді

295 нм. Оң және теріс CD сигналдары

240 нм сәйкесінше II топқа тән, ал III топ кері шыңдарды көрсетеді. Керісінше, III топ пішіндерінің жоғары ретті G-төрт жақты архитектурасының CD спектрлері 240 нм және теріс және оң сигналдарды көрсетеді.

Айқын G-төрт жақты конформацияларға сәйкес келетін CD профильдері эмпирикалық түрде анықталады, сондықтан белгісіз болжамды G-төрттік тізбегінің CD спектрлерінің интерпретациясы екіұшты болуы мүмкін. Бірқатар басқа факторлар да CD спектрлерін бағалауда белгісіздік дәрежесін тудыруы мүмкін, соның ішінде, мысалы, әртүрлі конформерлердің аралас популяцияларының болуы және/немесе ерітіндіде мультимерлі конформациялардың болуы [9, 14, 44, 46 ].

CD өлшемдері G-for-A алмастырулары әрбір тізбектің спектрлік профиліне айтарлықтай әсер еткенін анық көрсетеді. Өзгертілмеген HTR тізбегінен түзілген G-төртбұрышты тіректердің болуы оң шыңмен сипатталады.

Айналасында екі иықпен 295 нм

Калий қатысында 250 нм (2(а) сурет), қызыл сызық). CD спектрлеріне сәйкес бұл белгілер II топ антипараллельді G-төртбұрыштарына тән. Бұл спектр екі қабатты себет типті құрылымның пайда болуын көрсетеді [31, 55]. HTR тізбегі натрийдің қатысуымен II топтың айқын антипараллельді G-төрт жақты конформациясын қабылдайды (2(d) суреті, қызыл сызық). Құрылым үлкен оң максимуммен сипатталады

295 нм, кішірек жақын

245 нм және теріс CD шыңы

265 нм. Алдыңғы зерттеулерде бұл тізбектер молекулаішілік, себет типті антипараллельді G-төртбұрышты құрайтыны туралы хабарлады [4]. Әрбір тізбек айқын шыңды көрсетеді

295 нм, ол антипараллельді G-төрттік топологиясына тән. Калийдің қатысуымен бір олигонуклеотидке бір орынбасуы бар олигомерлердің бірінші жинағы екі бөлінген шыңды көрсетеді.

265 нм сигнал 295 нм-де басым (қара түспен көрсетілген спектрлер). Дегенмен, калийдің қатысуымен бір немесе бірнеше G-for-A алмастырулары бар THR және HTR туындылары шыңның жоғарылауын көрсетеді.

265 нм (2(b) және 2(c)-суреттер). Бұл бірнеше топологиялық құрылымдардың қатар өмір сүруін көрсетеді, яғни параллель және параллельге қарсы конфигурациялар да электрофоретикалық нәтижелерді 7-суреттен қараңыз. Құрылымдық полиморфизм ДНҚ тізбегіндегі G санының артуымен өсетіні байқалды. CD сигналы

Құрамында үш алмастыру бар олигонуклеотидтер үшін 265 нм (жасыл түспен көрсетілген спектрлер) басым болды (2(c)-сурет).

Натрий болған жағдайда тек HTR2 екінші контурдағы ауыстыруы бар тізбек HTR-ге ұқсас CD спектрін көрсетті, дегенмен бұл сәйкестіктің өзінде амплитудалары төмен болды (2(d) суретте нүктелі қара спектрлер). HTR1 және HTR3 бірінші және үшінші циклдегі алмастырулары бар тізбектер, тиісінше, 295 нм-де оң максимум көрсетті, бірақ 265 нм-дегі теріс шыңдар өзгертілмеген тізбектің нәтижелерімен салыстырғанда таязырақ және ұзағырақ толқын ұзындығына қарай сәл ығысқан. Осы айырмашылықтарға қарамастан, олар III топтың G-төртбұрыштарын құруы ықтимал. THR тізбегінің CD спектрлері ғана II топ типтерінің қолтаңбаларын көрсетеді.

Екінші топтағы үлгілер оң максимум көрсетті

HTR жағдайында төменгі толқын ұзындығына аздап ығысуымен 295 нм1,2 және HTR1,3 (III топ, 2(b) суретте көк түспен көрсетілген спектрлер). Бұл екі реттілік 265 нм-де теріс пиктің жоқтығын көрсетті, ал шамамен 245 нм-дегі кішірек оң шыңы ұзағырақ толқын ұзындығына сәл ығысты (2(е)-сурет). HTR2,3 теріс сигналды көрсетеді

245 нм және оң сигнал 265 және 295 нм, нәтижелер II топ антипараллельді G-төрт плекстерінің түзілуін көрсетеді.

HTR CD спектрлері0,2,3 HTR компакт-дискісінде болса, II топ G-төртбұрыштарына жақын0,1,3 және HTR1,2,3 ІІІ топ G-төртбұрыштарына ұқсайды. Үш мутациясы бар барлық үлгілер оң максимум көрсетті

295 нм. HTR0,1,3 натрийдің қатысуымен 235 және 275 нм теріс сигналдарды көрсетеді (2(f) сурет), ал HTR0,2,3 265 және 295 нм оң сигналдарды көрсетеді.

Жалпы алғанда, Na + және K + екеуінің қатысуымен барлық өзгертілген тізбектердің HTR спектрінен белгілі бір дәрежеде ерекшеленетіні және бір-бірінен ерекшеленетіні анықталды. Үлгіден үлгіге дейінгі әр түрлі CD спектрлік профильдері G-төрттік топологиясындағы шамалы өзгерістердің нәтижесі болып табылады. Дегенмен, әр түрлі топологиялық формалардың қатар өмір сүруіне байланысты тек CD спектрлік профильдер негізінде қандай да бір сенімділік дәрежесімен G-төртбұрыштарының тобын немесе құрылымын анықтау мүмкін болмады, бұл қорытынды талқыланған электрофоретикалық нәтижелермен расталды. 3.5-бөлімде.

3.2. PEG-200 және ацетонитрилдің қатысуымен CD спектрлері

K+ болған жағдайда, PEG-200 сусыздандырғыш агенті теломерлі G-квадроплекстерінің конформациялық өзгеруін, ең алдымен антипараллельді құрылымнан параллельді орналасуға ауысатыны белгілі [2, 9, 11, 13, 14, 56] . Сондықтан PEG-200 және басқа дегидратациялаушы ацетонитрилдің CD спектрлік нәтижелеріне әсері және HTR туындыларының тұрақтылығы да зерттелді. Құрғататын агенттердің (15, 30 және 50 масса%) және 50 мМ KCl концентрацияларының әртүрлі болуы кезіндегі HTR және THR өкілдік CD спектрлері 3-суретте көрсетілген. ДНҚ-ның екі түрі де G-төртбұрышты құрылымдарды құрайтыны анықталды. К + қатысуымен винт тәрізді параллель орналасуымен. Дегенмен, тізбектерді калий жоқ натрий қатысуымен зерттеген кезде, құрылымдық түрлендірулер байқалмады, бұл нәтиже барлық зерттелген HTR туындылары мен THR үшін тұрақты болып қалды. Бір қызығы, PEG-200 концентрациясының салмағы 50% болған кезде 295 нм-дегі оң шыңдардың жойылғаны анықталды және 265 нм-де CD сигналы жазылды.

PEG-200 қатысуынсыз қарағанда 2 есе жоғары. Дәл осындай әсер ацетонитрил үшін де байқалды. Бұл кез келген түрлендірілген G-төрттік молекуласының ішкі қасиеті. Жақында жүргізілген зерттеуде біздің топ CD сигналы жинақталған гликозилдік байланыстардың саны мен бағытына байланысты екенін түсіндіретін гипотезаны ұсынды [9, 14, 57]. Сондай-ақ біз бұрын PEG-200 HTR димеризациясын тудыратынын көрсеттік [9], сондықтан PEG-200 қатысуымен тізбектердің электрофоретикалық талдауы да жүргізілді, 8-сурет.

HTR балқу температурасы және G-төрт жақты құрылымдардың басым көпшілігі PEG-200 болған кезде жоғарылайтыны белгілі. Бұл фактіні тексеру үшін балқу температуралары CD балқу қисықтары негізінде PEG-200 қатысуымен анықталды. Нәтижелер 2-кестеде жинақталған және PEG-200 HTR туындыларының балқу температурасын жоғарылататынын анық растайды. Біздің алдыңғы зерттеулерімізде қолданылған әдістемеде қос толқын ұзындығын өлшеу спектрлер сәйкесінше 295 және 265 нм-де шыңдарды көрсететін жағдайлар үшін орындалды [9, 11]. 295 нм кезінде HTR үшін 50 мМ NaCl бар буфердегі 50,4°C мәнімен салыстырғанда, 50 мМ KCl бар mRB буферінде 63,2°C A алынды. Термодинамикалық деректерден пайда болатын жалпы сурет, HTR туындыларының G-төртбұрыштарының тұрақтылығы Na + және K + ерітінділеріндегі G- үшін-А алмастыруларының көбеюімен артады. HTR ең төменгі мәні 50 мМ KCl және 50 мМ NaCl екеуінде де тіркелді. HTR туындыларының KCl-де NaCl-ге қарағанда жоғары екені анықталды. Барлық зерттелген тізбектер екі сусыздандырғыштың қатысуымен жоғары мәнді көрсетеді. Нәтижелер PEG-200 A-for-G мутациясымен немесе онсыз G-төртбұрыштарын тұрақтандыратынын көрсетеді. 2-кестеде жинақталған ұсынылған балқу температуралары G-трактіндегі гуанин қалдықтарының саны да, тұрақтандырғыш ионның табиғаты да G-төртбұрыштарының термиялық тұрақтылығын анықтайтын маңызды факторлар болып табылатынын анық көрсетеді.

3.3. Титрлеу өлшемдері

Жақында біздің топ цианиндік бояғыш Тиазол Апельсинді (TO) пайдалана отырып, G-төртбұрышты түзу ретін анықтаудың жаңа эксперименттік әдістемесін әзірледі. TO жоғары флуоресценттік кванттық шығымдылығына байланысты әртүрлі құрылымдық мотивтерге арналған тамаша ДНҚ флуоресцентті зонд болып табылады [58]. Бұл эксперименттік әдісті HTR туындылары G-төрт жақты конформацияларды қабылдайтын гипотезаны зерттеу үшін де пайдалануға болады. TO әртүрлі ДНҚ қайталама құрылымдарымен әрекеттеседі, бірақ ол басқа құрылымдық мотивтерге қарағанда триплекс және G-төртбұрыш құрылымдарына күшті байланыстыруға ие [43, 45]. TO оптикалық белсенді емес болғанымен, TO-төрттік комплекстері хиральды болып табылады және көрінетін аймақта индукцияланған CD (ICD) спектрінің бірегей профилін көрсетеді [44]. Жақында біз көптеген әртүрлі G-төрттік құрылымдары ортақ ICD мүмкіндіктерін сипаттадық. TO-төртбұрышты өзара әрекеттесу нәтижелері 265 және 295 нм (УК диапазоны) оң шыңдары және көрінетін аймақтағы үш шыңы болып табылады.

473 нм ерітіндіде металл катиондарының қатысуынсыз немесе Na+ қатысуымен [44]. TO басқа катиондардың қатысуынсыз да G-төртбұрышты құрылымдардың түзілуін жеңілдетеді, бірақ TO индукцияланған қабылданған топология ерітіндіде натрий немесе калий болуымен салыстырғанда УК аймағында CD профилі әртүрлі болуы мүмкін. G-төрттік құрылымын қабылдай алмайтын тізбектер үшін TO-ДНҚ кешенінің мүлде басқа ICD профилі байқалды [44]. Дегенмен, біздің зертханада сыналған басқа G-төрт жақты лигандтар бұл мақсатқа сәйкес келмеді және екіұшты нәтижелер берді, мысалы, Тиофлавин Т, порфирин туындылары, Hoechst 33342 және Hoechst 33258. Бұл әдістеме қосымша әдіс ретінде пайдалануға арналған, өйткені ол қымбатырақ және көп уақытты қажет ететін әдістерді қолданбай G-төрт жақты құрылымдарды ажырату тұрғысынан негізгі спектрлік әдістердің мүмкіндіктерін кеңейтеді. ICD мониторингі әртүрлі жағдайларда қолданылуы мүмкін, бірақ ол металл катиондары жоқ ерітінділерде ең сезімтал болып табылады, оны Na+ немесе K+ төмен концентрациясы (<5 мМ) бар ерітінділерде де аздап төмендетілген сезімталдықпен қолдануға болады. Бұл жерде K+ жоғары концентрациясында ICD профилін интерпретациялау бір мәнді емес екенін атап өткен жөн. Соған қарамастан, біз титрлеу тәжірибелерін 50 мМ KCl қатысуымен де жасадық, себебі бұл жағдай биологиялық тұрғыдан маңыздырақ.

50 мМ NaCl қатысуымен титрлеу талдауының нәтижелері 4-суретте көрсетілген. ICD нәтижелері күтілетін оң сигналдарды көрсетеді:

510 нм және теріс сигналдар

475 нм, G-төртбұрыштарына тән белгілер. Сонымен қатар, G4C2 тізбегі оның құрамында калий бар ерітінділердегі 3D құрылымына байланысты талданды. Күтілгендей, бұл олигонуклеотид берілген шарттарда G-төртбұрыштарын түзетіні анықталды. Антипараллельді G-төрт жақты құрылымдарға сәйкес келетін сигналдар УК аймағында да анық анықталды. TO концентрациясын жоғарылату арқылы 295 және 265 нм сигналдарының сәйкесінше азайып, жоғарылайтыны байқалды, бұл құбылыстар параллельге қарсы бүктелуден параллельді бүктеуге түрлендіруді көрсетеді. Бұл әсер PEG-200 әсерінен де байқалды, 3-сурет.

Жоғарыда айтылғандай, 50 мМ KCl-де титрлеу өлшемдері де орындалды, 5-сурет.УК аймағында байқалған сигналдар калийдің қатысуымен G-төртбұрышты құрылымдардың пайда болғанын анық көрсетеді, бірақ құрылымдық конверсияның әсері айтарлықтай басылды. Ең көбі шамамен 500 нм болатын қарқынды ICD сигналы ДНҚ мен лигандтар арасындағы кешендердің түзілуіне сәйкес келетіні белгілі. Дегенмен, әдетте натрийдің қатысуымен алынған профильдер үшін байқалатын айқын ортақ белгілердің кез келгенінің айқын жетіспеушілігі болды. Бір қызығы, THR тізбегінің ICD инверттелген, сондықтан TO-ның THR-мен байланысу режимі HTR туындыларымен салыстырғанда басқаша екенін ұсынамыз. Тағы бір түсініктеме: THR ерітіндіде кем дегенде екі түрлі топологиялық конформацияны қалыптастырады және осы пішіндердің біреуі TO-мен тиімдірек байланыса алады. Біздің алдыңғы зерттеуімізде хабарланғандай, THR калийдің қатысуымен кем дегенде үш түрлі құрылымды құрайды [14], сондықтан біз бұл гипотезаны электрофоретикалық бөлу арқылы тексеруді шештік.

TO титрлеу эксперименттері кезінде DMSO қолданудың ықтимал жанама әсерін жоққа шығару маңызды. TO ерітіндісінің құрамында PEG-200 [56] әсеріне ұқсас әсер тудыруы мүмкін полярлы апротикалық еріткіш DMSO бар. Біздің тәжірибелерімізде қолданылған DMSO концентрациясы 4,5 массадан аспады. TO титрлеу эксперименттерінде DMSO тудыруы мүмкін сусыздандыру әсерін жою үшін титрлеу талдауы тек DMSO қатысуымен де жүргізілді. Алайда, Na + , K + және иондары болмаған кезде салмағы 5% төмен концентрацияларда айтарлықтай әсер байқалған жоқ. Соған қарамастан, құрамында K+ бар ерітіндіде DMSO болуы K+ 5 мМ-ден жоғары концентрациялардағы ICD профиліндегі шамалы айырмашылықтарды түсіндіре алады.

3.4. Флуоресценция талдауы

ДНҚ-ТО кешендері 500 нм шамасында айқын, бірақ кең жұтылуды көрсетеді. TO бір оң шыңы 452 нм-де байқалды және бұл толқын ұзындығы ДНҚ-ТО кешенін қозу үшін пайдаланылды. HTR және THR тізбектерінің флуоресценция спектрлері 6-суретте көрсетілген. Өлшемдер үш түрлі ортада орындалды: (i) металл катиондары жоқ mRB буфері, (ii) 50 мМ NaCl қосылған mRB буфері және (iii) mRB 50 мМ KCl қосылған. Екі олигомер үшін де флуоресценцияны күшейту металл катиондары жоқ ерітіндідегі ең жоғары шығымдылыққа қол жеткізді. HTR флуоресценция шығымы сыналған үш жағдайдың барлығында THR шығымынан жоғары болды. Бұл тәжірибенің мақсаты флуоресценция профилі осы лиганд үшін ДНҚ олигонуклеотидінің тізбегіне қатты тәуелді емес екенін көрсету болды. TO флуоресценциясының күшеюі G-төрттік құрылымының кез келген түрін тудыруы мүмкін.

3 μМ). S-сызығы олигонуклеотидтер қоспасының қозғалғыштығын білдіреді: d

3 μМ). Жүктеу буферінде PEG-200 салмағы 50% болды.

3.5. Na+, K+ және TO қатысуымен электрофорез

Денатуризацияланбайтын полиакриламидті гель электрофорезі (PAGE) - бұл G-төртбұрыштарының бірнеше түрлерінің болуын тек CD спектрлері негізінде оңай анықтау мүмкін болмаған кезде спектроскопиялық деректерді толықтыру үшін қолданылатын қолжетімді әдіс. ДНҚ үлгісінің қозғалғыштығы көптеген әртүрлі факторларға, соның ішінде конформацияға, зарядқа және молекулалық массаға байланысты. Электрофоретикалық бөлу G-төртбұрыштарының молекулалығы туралы құнды ақпарат бере алады. Молекулярлық G-төрт плекстері ықшам құрылымға ие және осылайша олардың сызықтық аналогтарына қарағанда катионды гель арқылы жылдамырақ қоныс аударады, ал молекулааралық G-төртбұрыштар жоғары молекулалық салмағына байланысты баяуырақ қоныс аударады [9, 14, 44]. Олигомерлері d(AC)9, d(AC)14, және d(AC)18 қайталама құрылымдардың болмауына байланысты эталон ретінде пайдаланылды. Бұл стандарттар әртүрлі электрофоретикалық үлгілердің қозғалғыштығын салыстыру үшін эталондар ретінде қызмет етті. Пайдаланылған тізбектердің ешқайсысы 22 нт-тен ұзақ болмағандықтан, олигонуклеотидтер d(AC) қарағанда жылдамырақ көшкені байқалды.9 молекулаішілік G-төрт жақты түзілгенін анықтауға болады. Сондай-ақ олигонуклеотидтер d(AC) жылдамдығына баяу немесе ұқсас жылдамдықпен қозғалады деп болжауға болады.18 жоғары ретті G-төрт жақты құрылымдарды қабылдады. 7-суретте 10°C температурада 50 мМ NaCl және KCl болған кезде олигомерлердің салыстырмалы қозғалғыштығын бейнелейтін 15% полиакриламидті гельдердің электрофоретикалық жазбалары көрсетілген (7(a) және 7(c) суреттері). Сонымен қатар, гельдер мен жүктеу буферлері TO-ның 2 молярлық эквивалентін қамтитын сәйкес электрофоретикалық нәтижелер 7(b) және 7(d) суреттерінде көрсетілген. Жалпы, кейбір айқын үрдістер пайда болады. Натрийдің қатысуымен жүргізілген гельдік электрофорез барлық олигонуклеотидтердің бір массада қозғалғанын, бір жолақ d(AC) қарағанда жылдамырақ қоныс аударғанын көрсетеді.18 әр бағанда. Бұл әсер гельде TO болған кезде де байқалды. Бұл нәтижелер барлық ДНҚ олигонуклеотидтері осы шарттарда антипараллельді молекулаішілік G-квадруплекстер түзетінін көрсетеді. Бұл нәтижелер CD спектроскопиясы арқылы алынған нәтижелермен сәйкес келеді. HTR тізбегіндегі мутациялардың G-төртбұрыштарының әртүрлі топологияларының пайда болу мүмкіндігін арттыратынына қарамастан, молекулаішілік құрылымдар тек натрийдің қатысуымен пайда болғанын атап өту маңызды. Электрофорез кезінде бірдей ұзындықтағы олигомерлердің тізбегінің айтарлықтай аномалиялық қозғалғыштығы анықталмады.

Натрийден айырмашылығы, калийдің болуы ішкі және молекулааралық құрылымдардың пайда болуына әкелді (7(b) және 7(d)-суреттер). Бірінші топта HTR1 бірінші циклде бір ауыстыруы бар төрт жақты HTR-мен салыстырғанда ең жылдам көшу жолағын көрсетті. Сондай-ақ HTR үшін бір жағынды жолағы байқалды2 жүйелі. Жағындылар әдетте екі түрлі конформер түзілуі мүмкін кезде пайда болады, электрофоретикалық бөлу кезінде екі конформер арасында баяу изомерлену жолақты жағылудың негізгі көзі болып табылады. HTR және HTR мобильділігі3 үшінші циклдегі алмастырулары бар тізбектер ұқсас. Бір олигомерде екі алмастыру бар олигонуклеотидтер полиморфизмнің жоғары деңгейін көрсетті. Бұл олигонуклеотидтер бірнеше қатар өмір сүретін конформерлерді құрайды, өйткені әрбір жолда әртүрлі жылдамдықпен қозғалатын бірнеше жолақтар бар. Бір қызығы, HTR1,2 және HTR1,3 тізбектер екі жылдамырақ жақсы танылған жолақтарды көрсетті, нәтижелер молекулаішілік конформерлердің түзілуіне сәйкес келеді және мультимерикалық құрылымдарды білдіретін баяу жолақтар. TO қосу сонымен қатар ең жылдам конформерлердің бірігуіне және ең баяу құрылымдардың азаюына себеп болды. HTR2,3 жылдамырақ интра- және баяу молекулааралық түрлер (димер және тетрамер) түзді. Бір қызығы, бір олигомерге үш алмастырулары бар олигонуклеотидтер HTR жағдайында көп молекулалы G-төрт плекстерінің түзілуіне сәйкес келетін тек төмен шамалары бар жолақтарды көрсететін екі алмастыру бар тізбектермен салыстырғанда біршама аз полиморфты екені анықталды.0,1,3 және HTR1,2,3 тізбектер. TO бұл олигонуклеотидтердің мультимерлі формаларына шектеулі ғана әсер ететіні анықталды.

3.6. PEG-200 қатысуымен электрофорез

HTR димеризациясының PEG 200 концентрациясына тәуелділігі алдыңғы зерттеулерде талданған [9]. ПЕГ-200 концентрациясы 15% массасы бар буферде молекулааралық димерлердің де, молекулаішілік мономерлердің де түзілуі байқалды. Құрамында 2 және 3 алмастырғыштары бар HTR туындылары PEG-200 төмен концентрацияларында да баяу қоныс аударатын димерлі құрылымдарға оңай ауысатыны байқалды. PEG-200 концентрациясының салмағы 50% және 50 мМ KCl кезінде параллель димерлі G-төртбұрышқа толық құрылымдық түрлендіру индукцияланды, 3 және 8-суреттер. Бұл әсер калийі жоқ буферлерде байқалған жоқ [9, 14 ]. PEG-200 массасының 50% шамасында CD өлшемдері сигналды көрсетпеді

295 нм. Біздің алдыңғы зерттеулерімізге сүйенсек, баяу қоныс аударатын молекулааралық түрлер димерлердің түзілуін көрсетеді [2, 9, 14]. Аналогтық жағдайдағы фланг тізбегі бар HTR 3D құрылымы ЯМР [11] көмегімен анықталды. Нәтижелер молекулаішілік параллельді G-төрт жақты құрылымды көрсетеді (PDB: 2LD8), бірақ шамадан тыс нуклеотидтер бұл құрылымның димерленуіне стерикалық кедергі тудыруы мүмкін.

4. Қорытынды

Бұл зерттеуде біз HTR тізбегінің цикл аймақтарындағы гуаниндер санын көбейту G-төрт жақты құрылымдардың қалыптасуын қолдайтынын анық көрсетеміз. Кез келген A- for-G алмастыру балқу температурасын арттырады, ал бірнеше алмастыруларды енгізу калийдің қатысуымен бірнеше конформерлердің қатар өмір сүруін жеңілдететіні анықталды. Бұл алмастыруларды жүйелі түрде енгізу, сайып келгенде, жүйеде пайда болатын тізбектердің пайда болуына әкеледі. Тетрагимена теломер. Сонымен қатар, ұқсас тізбектер адам геномында да табылды. Бұл тұжырымдар бір қызық жағдайды тудырады. Неліктен жасайды Тетрагимена теломера мұндай жоғары тұрақты G-төрттік құрылымдарды қабылдай алатын тізбектерді қажет етеді ме? Жалпы алғанда, өте тұрақты G-квадруплекстері әдетте организмнің өмірлік циклі кезінде жасушаларда проблемалардың көзі болып табылады. THR тізбегі HTR-ге қарағанда полиморфты болып табылады, ол мұнда және біздің алдыңғы зерттеулерімізде көрсетілгендей екі түрлі мономерлі және бір димерлі конформерлерді құрайды [14]. Біздің талдауымыз екі шетінде де асып түсетін нуклеотидтері жоқ төрт G-жүрісінен тұратын тізбектерге бағытталған, бұл орналасу түрі әдетте ондаған және мыңдаған қайталанудан тұратын табиғи теломерлік қайталануларға экстраполяция үшін тамаша үлгі емес.

Біздің нәтижелеріміз көрсеткендей, барлық HTR туындылары, соның ішінде THR калий және PEG-200 қатысуымен антипараллельден параллельді қатпарларға түрлендіруге болады. ICD спектрлері KCl қатысуымен TO-ның THR-мен байланысу режимі HTR туындылары үшін байқалғандардан өзгеше болуы мүмкін екенін көрсетеді және бұл табиғаттағы THR құрылымын танитын басқа молекулалар үшін де маңызды болуы мүмкін тұжырым. Бұл THR құрылымында калийдің қатысуымен HTR және HTR туындыларынан ерекшеленетін кейбір құрылымдық ерекшеліктер бар екенін көрсетеді. Бұл фактінің биологиялық маңыздылығын растау ашық тақырып болып қала береді.

Мүдделер қақтығыстары

Авторлар мүдделер қақтығысының жоқтығын мәлімдейді.

Алғыс

Бұл жұмысты Словакияның ғылыми-зерттеу және әзірлеу агенттігі № № Контракттар бойынша қолдады. APVV-0280-11 және APVV-0029-16, Ғылым және технологиядағы Еуропалық ынтымақтастық (COST CM1406), Словакияның гранттық агенттігі (1/0131/16 және 002UPJŠ-4/2015) және университеттің ішкі гранттары (VVGS-PF-2017) -251 және ВВГС-2016-259). Авторлар Г.Кауперге қолжазбаны сыни тұрғыдан оқып, түзеткені үшін алғыс білдіреді.

Анықтамалар

  1. К.В.Лим, В.С.М.Нг, Н.Мартин-Пинтадо, Б.Хедди және А.Т.Фан, «Na+ ерітіндісіндегі адам теломерасының құрылымы: антипараллельді (2+2) G-төртбұрышты тірек қосымша әртүрлілікті көрсетеді», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 41, жоқ. 22, 10556–10562 беттер, 2013. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  2. В. Вигласки, К. Тлучкова және Ľ. Бауэр, «Дөңгелек дихроизм спектрлерінің функциясының бірінші туындысы: адамның теломерлік G-төртбұрышын биофизикалық зерттеу», Еуропалық биофизика журналы, том. 40, жоқ. 1, 29–37 беттер, 2011. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  3. Г.Н.Паркинсон, М.П.Х.Ли және С.Найдл, «Адамның теломерлік ДНҚ-сынан алынған параллель төртбұрыштардың кристалдық құрылымы». Табиғат, том. 417, жоқ. 6891, 876–880 беттер, 2002. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  4. Ю.Ванг және Д.Дж.Пател, «Адамның теломерлік қайталануының d[AG3(T2AG3)3] G-тетраплексінің ерітінді құрылымы, Құрылым, том. 1, жоқ. 4, 263–282 беттер, 1993. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  5. A. Ambrus, D. Chen, J. Dai, T. Bialis, R. A. Jones және D. Yang, «Адамның теломерлік тізбегі калий ерітіндісінде аралас параллель/антипараллельді жіптері бар гибридті типті молекулаішілік G-төрт жақты құрылымды құрайды», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 34, жоқ. 9, 2723–2735 беттер, 2006. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  6. K. N. Luu, A. T. Phan, V. Kuryavyi, L. Lacroix және D. J. Patel, "K+ ерітіндісіндегі адам теломерасының құрылымы: интрамолекулярлық (3 + 1) G-төртбұрышты тірек", Американдық химия қоғамының журналы, том. 128, жоқ. 30, 9963–9970 беттер, 2006. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  7. A. T. Phan, V. Kuryavyi, K. N. Luu және D. J. Patel, «K+ ерітіндісіндегі адамның табиғи теломер тізбегінен түзілген екі молекулаішілік G-квадруплекстерінің құрылымы», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 35, жоқ. 19, 6517–6525 беттер, 2007. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  8. М.Марушич, П.Шкет, Л.Бауэр, В.Вигласки және Дж.Плавек, «Пропеллер, диагональ және шеткі ілмектер бар интрамолекулалық G-төртбұрыштың ерітінді күйінің құрылымы», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 40, жоқ. 14, 6946–6956 беттер, 2012. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  9. P. Tóthova, P. Krafčíkovaá, және V. Víglaský, «G-төртбұрыштарында жоғары реттелген мультимерлердің қалыптасуы», Биохимия, том. 53, жоқ. 45, 7013–7027 беттер, 2014. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  10. N. Smargiasso, F. Rosu, W. Hsia және т. Американдық химия қоғамының журналы, том. 130, жоқ. 31, 10208–10216 беттер, 2008. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  11. Б.Хедди және А.Т.Фан, «Топталған ерітіндідегі адам теломерлік ДНҚ құрылымы». Американдық химия қоғамының журналы, том. 133, жоқ. 25, 9824–9833 беттер, 2011. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  12. MC Miller, R. Buscaglia, J. B. Chaires, A. N. Lane және J. O. Trent, «Ылғалдандыру адам теломерінің 3 ′ d(AG 3(TTAG3)3) тізбегінің G-төрттік тұрақтылығы мен конформациясының негізгі детерминанты болып табылады”. Американдық химия қоғамының журналы, том. 132, жоқ. 48, 17105–17107 беттер, 2010. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  13. Д.Миёши, А.Накао және Н.Сугимото, «Молекулярлық толып кету ДНҚ G-төртбұрышының құрылымдық ауысуын реттейді», Биохимия, том. 41, жоқ. 50, 15017–15024 беттер, 2002. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  14. В. Вигласки, Л. Бауэр және К. Тлучкова, «Теломерлік қайталанудан алынған интрамолекулярлық G-төртбұрыштарының құрылымдық ерекшеліктері», Биохимия, том. 49, жоқ. 10, 2110–2120 беттер, 2010. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  15. Дж.Л.Гупперт және С.Баласубраманиан, «Адам геномындағы төртбұрыштардың таралуы», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 33, жоқ. 9, 2908–2916 беттер, 2005. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  16. А.К.Тодд, М.Джонстон және С.Найдл, «Адам ДНҚ-да өте кең таралған болжамды төрт жақты реттілік мотивтері», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 33, жоқ. 9, 2901–2907 беттер, 2005. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  17. Дж.Эдди және Н.Майзелс, «Гендік функция адам геномындағы G4 ДНҚ түзілу әлеуетіне сәйкес келеді», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 34, жоқ. 14, 3887–3896 беттер, 2006. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  18. A. Henderson, Y. Wu, Y. C. Huang және т. Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 42, жоқ. 2, 860–869 беттер, 2014. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  19. R. F. Hoffmann, Y. M. Moshkin, S. Mouton және т. Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 44, жоқ. 1, 152–163 беттер, 2016. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  20. В.С.Чамберс, Г.Марсико, Дж.М.Бутелл, М.Ди Антонио, Г.П.Смит және С.Баласубраманиан, «Адам геномындағы ДНҚ G-төрттік құрылымдарының жоғары өткізу қабілеттілігі» Табиғат биотехнологиясы, том. 33, жоқ. 8, 877–881 беттер, 2015. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  21. Э.Х.Блэкберн, «Теломера күйлері және жасуша тағдырлары», Табиғат, том. 408, жоқ. 6808, 53–56 беттер, 2000. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  22. M. J. McEachern, A. Krauskopf және E. H. Blackburn, "Теломерлер және олардың бақылауы" Генетиканың жылдық шолуы, том. 34, 331–358 беттер, 2000. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  23. Н.Грандин және М.Шарбонно, «Теломерлердегі хромосомалардың деградациясынан қорғау», Биохимия, том. 90, жоқ. 1, 41–59 беттер, 2008. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  24. W. E. Wright, V. M. Tesmer, K. E. Huffman, S. D. Levene және Дж. В. Шей, «Қалыпты адам хромосомаларының бір шетінде ұзақ G-байыған теломерлік саңылаулары болады» Гендер және даму, том. 11, жоқ. 21, 2801–2809 беттер, 1997. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  25. J. A. Londono-Vallejo, «Теломера тұрақсыздығы және қатерлі ісік», Биохимия, том. 90, жоқ. 1, 73–82 беттер, 2008. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  26. Харли, «Теломер жоғалуы: митоздық сағат немесе генетикалық сағаттық бомба?» Мутацияларды зерттеу ДНҚ, том. 256, жоқ. 2–6, 271–282 беттер, 1991. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  27. A. J. Sfeir, W. Chai, J. W. Shay және W. E. Wright, «Теломердің соңын өңдеу: адам хромосомаларының соңғы нуклеотидтері», Молекулалық жасуша, том. 18, жоқ. 1, 131–138 беттер, 2005. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  28. Л.М.Кольгин және Р.Р.Реддель, «Теломерді ұстау механизмдері және жасушалық өлместену», Генетика және дамудағы қазіргі пікір, том. 9, жоқ. 1, 97–103 беттер, 1999. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  29. А.М.Захлер, Дж.Р.Уильямсон, Т.Р.Чех және Д.М.Прескотт, «Теломеразаның G-квартет ДНҚ құрылымдарымен тежелуі», Табиғат, том. 350, жоқ. 6320, 718–720 беттер, 1991. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  30. С.Найдл және Г.Паркинсон, «Теломерді қолдау ісікке қарсы препараттарды табу мақсаты ретінде». Табиғат туралы шолулар Дәрілерді табу, том. 1, жоқ. 5, 383–393 беттер, 2002. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  31. К.В.Лим, С.Амран, С.Буазиз және т.б., «К+ ерітіндісіндегі адам теломерасының құрылымы: тек екі G-тетрад қабаты бар тұрақты себет түріндегі G-төртбұрышы», Американдық химия қоғамының журналы, том. 131, жоқ. 12, 4301–4309 беттер, 2009. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  32. R. Buscaglia, M. C. Miller, W. L. Dean және т. Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 41, жоқ. 16, 7934–7946 беттер, 2013. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  33. Л.Петракконе, А.Малафронте, Дж.Амато және К.Джанкола, «Адамның теломерлік ДНҚ-дан алынған G-квадруплекстері: ерітінділері бар PEG-де қанша конформация бар?» Физикалық химия журналы Б, том. 116, жоқ. 7, 2294–2305 беттер, 2012. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  34. В.Вигласки, Л.Бауэр, К.Тлукова және П.Яворский, «Адамның теломерлік G-төртбұрыштарын бағалау: төрт жақты тұрақтылық пен қатпарланудағы асып түсетін тізбектердің әсері», Нуклеин қышқылдары журналы, том. 2010, мақала идентификаторы 820356, 2010. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  35. М.Ворликова, М.Томаско, А.Дж.Саги, К.Беднарова және Дж.Саги, «8-оксогуанин адам теломерасының ДНҚ тізбегінің төртбұрышында», FEBS журналы, том. 279, жоқ. 1, 29–39 беттер, 2012. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  36. Д.Ренчюк, И.Кейновска, П.Школакова, К.Беднарува, Дж.Мотлова және М.Ворличкова, «Физиологиялық тұрғыдан маңызды К+ ерітінділеріндегі адам теломерасының ДНҚ төрт плексінің орналасуы», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 37, жоқ. 19, 6625–6634 беттер, 2009. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  37. М.Томашко, М.Ворличкова және Дж.Саги, «Төрттік құраушы адам теломерасының G3(T2AG3)3 ДНҚ тізбегіндегі аденинді гуанинмен алмастыру», Биохимия, том. 91, жоқ. 2, 171–179 беттер, 2009. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  38. М.Ворличкова, Дж.Хладкова, И.Кейновска, М.Фиалова және Дж.Кипр, «Адамның теломера ДНҚ-сының гуаниндік тетраплексті топологиясы (TTAGGG) қайталанулар санымен реттеледі», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 33, жоқ. 18, 5851–5860 беттер, 2005. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  39. I. Kejnovska, K. Bednářova, D. Renčiuk және т. Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 45, жоқ. 8, 4294–4305 беттер, 2017. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  40. Х.Конвалинова, З.Дворжакова, Д.Ренчюк және т.б., «Адамның теломера ДНҚ квадроплексінің құрылымы мен тұрақтылығына табиғи негіздегі зақымданулардың әртүрлі әсері», Биохимия, том. 118-бап, №. 4773, 15–25 беттер, 2015. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  41. M. Babinsky, R. Fiala, I. Kejnovska et al., "Adenins циклінің жоғалуы адамның теломерасының d(AG(3)(TTAG(3))(3)) төрт жақты қатпарлануын өзгертеді," Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 42, жоқ. 22, 14031–14041 беттер, 2014. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  42. С.В.Грейдер және Э.Х.Блэкберн, «РНҚ-дағы теломерлік тізбек. Тетрагимена Теломераның қайталанатын синтезі үшін теломераза қажет. Табиғат, том. 337, жоқ. 6205, 331–337 беттер, 1989. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  43. И.Любиц, Д.Зикич және А.Котляр, «Тиазол апельсиннің триплекс және г-төртбұрышты ДНҚ-ға спецификалық жоғары аффинді байланысуы», Биохимия, том. 49, жоқ. 17, 3567–3574 беттер, 2010. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  44. P. Krafčíkova, E. Demkovičova және V. Víglaský, «Эбола вирусынан алынған G-квадруплекстері: тиазолдың қызғылт сары өзара әрекеттесуі», Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Жалпы тақырыптар, том. 1861, №. 5, 1321–1328 беттер, 2016. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  45. Дж.Моханти, Н.Барооа, В.Дхамодхаран, С.Харикришна, П.И.Прадеепкумар және А.С.Бхасикуттан, «Тиофлавин Т адамның теломерлік G-төрт жақты ДНҚ үшін тиімді индуктор және селективті флуоресцентті сенсор ретінде», Американдық химия қоғамының журналы, том. 135, жоқ. 1, 367–376 беттер, 2013. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  46. Дж.Б.Кайрес, «Адамның теломерлік G-төрт жақты: теломерлік төрт жақты тұрақтылықтың термодинамикалық және кинетикалық зерттеулері», FEBS журналы, том. 277, жоқ. 5, 1098–1106 беттер, 2010. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  47. Ю.Ванг және Д.Дж.Пател, «Параллельді тізбекті G-төртбұрышты ДНҚ ерітіндісінің құрылымы», Молекулалық биология журналы, том. 234, жоқ. 4, 1171–1183 беттер, 1993. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  48. Y. Ванг және Д.Дж.Пател, «Тетрахимена теломерлі қайталануы d(T2G4)4 G-тетраплексінің ерітінді құрылымы,» Құрылым, том. 2, жоқ. 12, 1141–1156 беттер, 1994. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  49. Дж. Дай, Ч. Пунчихева, А. Амбрус, Д. Чен, Р. А. Джонс және Д. Янг, «Калий ерітіндісіндегі адамның молекулаішілік теломерлі G-төртбұрышының құрылымы: жаңа адениннің үш еселенген түзілуі», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 35, жоқ. 7, 2440–2450 беттер, 2007. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  50. Дж. Дай, М.Карвер, К.Пунчихева, Р.А.Джонс және Д.Янг, «K+ ерітіндісіндегі гибрид-2 типті адами молекулаішілік G-квадроплексінің құрылымы: адамның теломерлік тізбегінің құрылымдық полиморфизміне түсініктер», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 35, жоқ. 15, 4927–4940 беттер, 2007. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  51. Ю. Ванг және Д. Дж. Пател, «D[G4(T4G4)3] G-тетраплексінің OxytrichaTelomeric Repeat ерітіндісінің құрылымы», Молекулалық биология журналы, том. 251, жоқ. 1, 76–94 беттер, 1995. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  52. Ф.В.Смит, П.Шульце және Дж.Фейгон, «Құрамында олигонуклеотидтерден құралған бірмолекулалық төртбұрыштардың ерітінді құрылымдары Окситриха теломер қайталанады» Құрылым, том. 3, жоқ. 10, 997–1008 б., 1995. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  53. J. Brčić және J. Plavec, «8-бромодеоксигуанозинді алмастыру арқылы тұрақтандырылған ALS және FTD байланысты GGGGCC қайталанатын ДНҚ квадруплексінің ерітінді құрылымы», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 43, жоқ. 17, 8590–8600 беттер, 2015. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  54. Дж.Кипр, И.Кейновска, Д.Ренчюк және М.Ворличкова, «ДНҚ-ның шеңберлі дихризмі және конформациялық полиморфизмі», Нуклеин қышқылдарын зерттеу, том. 37, жоқ. 6, 1713–1725 беттер, 2009. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  55. A. I. Karsisiotis, N. M. Hessari, E. Novellino, G. P. Spada, A. Randazzo және M. Webba Da Silva, «Ультракүлгін жұту және айналмалы дихроизм арқылы нуклеин қышқылы G-квадруплекстерінің топологиялық сипаттамасы», Angewandte Chemie халықаралық басылымы, том. 50, жоқ. 45, 10645–10648 беттер, 2011. Көру: Publisher сайты | Google ғалымы
  56. Д.Миёши, Т.Фуджимото және Н.Сугимото, «Молекулярлық толып кету және гидратацияны реттейтін G-төртбұрышты қалыптастыру», Қазіргі химияның тақырыптары, том. 330, 87–110 беттер, 2013. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  57. Д.М. Грей, Дж.-Д. Wen, C. W. Grey және т.б., «Бірдей немесе қарама-қарсы полярлықтары бар G-квартеттерінің өлшенген және есептелген CD спектрлері,» Хиралдық, том. 20, жоқ. 3-4, 431–440 беттер, 2008. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы
  58. C. Allain, D. Monchaud және M.-P. Teulade-Fichou, «G-quadruplex DNA үлгісімен жасалған FRET: донор/акцепторлық серіктестердің түпнұсқа жұбын пайдаланатын арнайы үштік өзара әрекеттесу,» Американдық химия қоғамының журналы, том. 128, жоқ. 36, 11890–11893 беттер, 2006. Қарау: Publisher сайты | Google ғалымы

Авторлық құқық

Авторлық құқық © 2017 Erika Demkovičová et al. Бұл Creative Commons Attribution License бойынша таратылатын ашық қол жетімді мақала, ол түпнұсқа жұмыс дұрыс сілтеме жасалған жағдайда кез келген ортада шектеусіз пайдалануға, таратуға және көбейтуге рұқсат береді.


МАТЕРИАЛДАР МЕН ТӘСІЛДЕР

Жасуша мәдениеті

BJ форскин фибробласттары 10% темір қосылған бұзау сарысуы (Hyclone, Logan, UT) және гентамицин (25 мкг/мл Сигма, Сент-Луис, МО) бар DMEM және орта 199 қоспасының 4:1 қоспасында 37°C температурада өсірілді. 5% CO2. Қартаюға дейін шамамен 30 еселенген, кейбір жасушалар HPV16 E6 және E7 ақуыздарын білдіретін pLXSN ретровирусымен жұқтырылған (Халберт т.б., 1992) және G418 (400 мкг/мл) бойынша 10–14 күн бойы таңдалды.

Метафазаның таралуын дайындау және цитогенетикалық талдау

Жасушалар кольцемидпен (Invitrogen, Carlsbad, CA) 4 сағат инкубацияланды, трипсинизацияланды, 37°C температурада 30 минут бойы гипотоникалық KCl буферімен (0,075 М) өңделеді және метанол-сірке қышқылымен (3:1) бірнеше рет жуылды. таза ақ жасушалы түйіршік алынды. Түйіршіктер слайдтарға түсірілгенге дейін және стандартты әдістерді қолдана отырып GTG жолақпен жабылғанға дейін -20 ° C температурада сақталды (Густашоу, 1997). Метафазалық кескіндер Техас университетінің Оңтүстік-Батыс медициналық орталығының цитогенетика зертханасында CytoVision бағдарламалық құралының (Applied Imaging, Сан-Хосе, Калифорния) көмегімен талданды.

Флуоресценция In Situ будандастыру және салыстырмалы геномдық будандастыру талдауы

Бір күндік слайдтар фосфатты буферлі тұзды ерітіндіде (PBS, pH 7,5) 15 минут бойы бөлме температурасында регидратацияланды, 4% формальдегидте 2 минут бойы PBS-де бекітілді, содан кейін PBS-те 5 минут бойы үш рет жуылды. Слайдтар пепсинмен (1 мг/мл, рН 2,0) 37°C температурада 10 минут бойы өңделді және PBS ішінде 2 минут бойы екі рет жуылды. Слайдтар қайтадан формальдегидте 2 минут бойы бекітілді, PBS-те үш рет жуылды, содан кейін 70, 90 және 100% этанолда 2 минуттық сериялық инкубация арқылы сусыздандырылды және ауада кептірілді. Слайдтар құрамында 70% формамид, 15 нг 3′-Cy3-конъюгацияланған (CCCTAA) бар будандастыру қоспасында (20 мкл) 78°C температурада 10 минут бойы денатурацияланды.3 2′-дезоксиолигонуклеотид N3′-П5′ фосфорамидаттық теломерлік зонд, 0,25% (масса/көлем) блоктаушы реагент (Roche Molecular Biochemicals, Indianapolis, IN) және 5% MgCl2 10 мМ Tris, рН 7,2, содан кейін бөлме температурасында 2 сағат бойы күйдіріледі. 70% формамидпен, 0,1% сиыр сарысуы альбуминімен және 10 мМ Tris, pH 7,2 және 0,15 M NaCl, 0,05% Tween-20 және 0,05 M Tris бар екі рет жуудан кейін слайдтар 2 минуттық сериямен сусыздандырылды. этанолда инкубациялайды және қараңғы жерде ауада кептіреді. Содан кейін слайдтар жоғарыдағыдай гибридизация ерітіндісінде денатурациясыз күйдірілді, бірақ құрамында комплементарлы теломерлі олигонуклеотид бар (3′-Cy3-конъюгацияланған (TTAGGG))3 2′-дезоксиолигонуклеотид N3′-П5Фосфорамидатты теломерлік зонд, бөлме температурасында 2 сағат. Слайдтар жоғарыдағыдай бірдей жуу қадамдары арқылы қайтадан жуылды, этанол сериясымен сусыздандырылды және қараңғыда ауада кептірілді. Хромосомаларды сәйкестендіру үшін құрамында 4,6-диамидино-2-фенилиндол-дигидрохлориді (DAPI, 0,6 мкг/мл соңғы концентрация, Vector Laboratories, Burlingame, CA) бар Vectashield бояуымен хромосомаларға қарсы боялған.

Слайдтар сканерленді және метафазалық спредтер Metafer бағдарламалық жүйесінің Msearch режимі арқылы автоматты түрде табылды (MetaSystem Hard and Software, Altlussheim, Германия). Метафазалық кескіндер MetaCapt режимінің AutoCapt режимі арқылы Cy3 және DAPI біржолды сүзгі жиынтықтары бар Zeiss Axioplan 2 микроскопы (63×, 1,4 NA Plan-Apochromat майға батыру объектісі Thornwood, NY) арқылы 0,2 мкм бөлінген 90 стек ретінде автотүсірілімге алынды. бағдарламалық қамтамасыз ету жүйесі. Әрбір метафаза таралуының инверттелген DAPI кескіні ISIS цифрлық кескінді талдау жүйесі (MetaSystem) арқылы кариотиптелді және теломера сигналының қарқындылығы өзгертілген CGH талдау бағдарламалық құралымен (MetaSystem) өлшенді. Қызыл (теломера) көк (DAPI) арақатынасы нөлге тең болғанда теломера ұштары теломера сигналы жоқ ұштар ретінде түсіндірілді (1-сурет).

1-сурет. Ең қысқа теломерлерді анықтау. PD84 кезіндегі BJ метафазалары шағын теломерлік аймақтарды анықтауды барынша арттыру үшін C- және G-ге бай теломерлік зондтарға сериялық гибридтелді. (A) Теломерлер соншалықты қысқа, олар бақыланатын сигнал бере алмады (сигналсыз ұштары) CGH талдауы арқылы анықталды. (B) 100 метафазадағы сигналсыз ұштардың жиілігі 403 метафазаның талдауынан барлық теломерлік ұштар үшін көрсетілген. 2-суретте көрсетілген талдауда тік көрсеткілермен көрсетілген теломерлердің ұштарынан 100 кб шегіндегі BAC қолданылды.

Теломерлік нұсқаның қайталануын қосарлы түсті флуоресценциялық зерттеулер үшін 20 нг теломерлік реттілік нұсқалық зонд (немесе Cy3-конъюгацияланған (TCAGGG))3 немесе (TGAGGG)3 2′-дезоксиолигонуклеотид N3′-П5′ фосфорамидатты) 15 нг 3′-FITC-конъюгацияланған (TTAGGG) қосылды.3 2′-дезоксиолигонуклеотид N3′-П5′ фосфорамидатты зонд және 10 минуттық денатурация қадамымен және 16 сағаттық 37°C будандастырумен жоғарыдағыдай өңделеді. Жуудан және DAPI бояуынан кейін метафазалық спредтер дәлдіктегі Cy3/FITC/DAPI өткізу жолағы сүзгілерімен сандық түрде түсірілді.

Иммунофлуоресценция және флуоресценция In Situ будандастыру талдауы

Трипсинация кезінде туындайтын стрессті азайту үшін жасушалар γH2AX және 53BP1 ақуыздары үшін иммундық бояуға дейін кем дегенде 96 сағат бойы шыны камералы слайдтарда өсірілді. Жасушалар PBS-пен қысқаша жуылды және бөлме температурасында 15 минут бойы PBS-те жаңадан дайындалған 4% параформальдегидпен бекітілді. PBS-пен үш рет жуғаннан кейін жасушалар 0,2% Triton X-100 бар PBS арқылы 15 минут бойы өткізгіштендірілді, PBS-де 1,5% ешкі сарысуымен (Вектор зертханалары) 1 сағат бойы блокталды және 50 нг/мкл тышқан моноклоналымен екі рет боялады. анти-53BP1 (доктор Чен, Майо клиникасы ұсынған) және 10 нг/мкл қоян антифосфо-H2AX (Ser 139 Upstate Biotechnology, Lake Placid, NY) 37°C температурада 1 сағат. Кейіннен жасушалар үш рет PBS көмегімен 5 минут бойы жуылды және 1 сағат бойы Alexa Fluor 568 конъюгацияланған қоянға қарсы (1:200) және Alexa 488 конъюгацияланған тышқанға қарсы антиденелермен (1:200 Джексон Иммунозерттеу, West Grove, PA) инкубациялады. Молекулярлық зондтар, Евгений, OR) бөлме температурасында. Жасушаларды PBS көмегімен 5 минут бойы үш рет жуғаннан кейін жасушалар әрқайсысы 1 минут бойы этанол сериясымен (70, 90 және 100%) сусыздандырылды және ядролық идентификация үшін құрамында DAPI бар Vectashield бояуымен боялады. Слайдтар сканерленді және оң ядролар автоматты түрде табылды және AutoCapt режимін пайдалана отырып, Texas Red, FITC және DAPI бір өту сүзгілері бар Zeiss Axioplan 2 микроскопымен (63×, 1,4 NA Plan-Apochromat майға батыру объектісі) түсірілді. Metafer бағдарламалық жүйесі. Кескіндер 0,2 мкм бөлінген тоқсан z-стек ретінде сақталды.

Содан кейін слайдтар BAC зондтары RP3-416J7 (6pter), RP11-1197K16 (17qter), RP4-764O12 (7qter), RP11-1260E13 (117RP7-) көмегімен флуоресценция in situ будандастыру (FISH) талдауы үшін өңделді. 9qter) және RP11-81L3 (9q21, 62 Мб 9qter Окленд балалар ауруханасының ғылыми-зерттеу институтынан). 9q21-ден басқа барлық BAC теломерадан 100 кб қашықтықта болды. BAC ДНҚ-лары үлкен құрылымды жинақтың (Qiagen, Chatsworth, CA) көмегімен экстракцияланды және лак аударма жинағы протоколынан кейін Спектр-қызғылт сары немесе Спектр-жасыл конъюгацияланған dUTP белгісімен белгіленді (Vysis, Downers Grove, IL). PBS көмегімен 5 минут бойы үш рет жуудан кейін жасушалар жоғарыдағыдай этанол сериясы арқылы сусыздандырылды және ауада кептірілді. ДНҚ 70% формамид (Сигма) және 2× SSC ерітінділері (рН 7,0) бар будандастыру буферінде 70°C температурада 10 минут бойы денатурацияланды. Денатурациядан кейін жасушалар суық этанол сериясымен сусыздандырылды және ауада кептірілді. γ-H2AX және 53BP1 флуоресцентті антиденелерді толығымен жою үшін жасушалар жоғарыдағы тағы екі денатурация және дегидратация сатысынан өтті. Құрамында 50% формамид, 10% декстран сульфаты және 1 × SSC бар гибридтеу буферіндегі бір Спектр-қызғылт сары және бір Спектр-жасыл конъюгацияланған BAC зондтарының 100 нг қоспасы 78°C температурада 5 минут ішінде денатуратталған, содан кейін будандастырылған. ылғалдандырылған камерада 37°C температурада 16 сағат бойы жасушаларға. Слайдтар 2 минут бойы 0,4× SSC/0,3% NP-40 70°C температурада және 1 мин 2× SSC/0,1% NP-40 бөлме температурасында жуылды. Ауада кептірілгеннен кейін жасушалар DAPI-мен қарсы боялған. Жоғарыда γH2AX/53BP бояуы үшін анықталған бірдей ядролар Metafer бағдарламалық жүйесінің AutoCapt режимін пайдаланып Spectrum-orange, Spectrum-green және DAPI біржолды сүзгі жиындарымен автоматты түрде табылды және түсірілді. Кескіндер 0,2 мкм бөлінген 90 z-стек ретінде сақталды. Ядролар ISIS цифрлық кескінді талдау жүйесі (MetaSystem) арқылы талданды. Сол слайд жоғарыда сипатталған денатурация қадамдарымен алдыңғы сигналдарды қайтадан жойғаннан кейін BAC зондтарының басқа жиынтығымен қайта зерттелді. Осы BAC-лардың физикалық карталау учаскелері BAC үшін қалыпты фибробласт жасушаларының кем дегенде 20 метафазалық таралуын тұрақты FISH талдауын қолдану арқылы расталды және полиморфизм байқалмады.


Электрондық қосымша материал

13059_2007_1632_MOESM1_ESM.pdf

1-қосымша деректер файлы: p-arm тізбегі берілгендей p-arm координатасында тіркелді, ал q-arm тізбектерінің кері толықтыруы көрсетілген q-arm координаттарында тіркелді (PDF 12 КБ)

13059_2007_1632_MOESM2_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 2: Дупликонды модульдер ішкі кураторлық субтеломера сұрау тізбектерінің BLAST іздеу нәтижелерін өңдеу арқылы анықталды (мәтінді және Материалдар мен әдістерді қараңыз). Сұрау тізбегіне сызықтық және дұрыс бағдарланған BLAST сәйкестіктері, егер 25 кб-тан көп бөлінбесе және сол сұраулар тізбегіндегі басқа соққылармен үзілмесе, тізбекке біріктірілді. Тақырыптық тізбектің ≥1 кб ауқымын қамтитын тізбектелген жарылыс соққыларының топтары дубликондар ретінде анықталды. Бұл әдістер өлшемі <25 кб енгізулер мен жоюларға (мысалы, ретротранспозондарға) төзімді болды, бірақ қайта реттеулерге шыдамды болды. (PDF 61 КБ)

13059_2007_1632_MOESM3_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 3: Әрбір модуль жұптық теңестіру жиынымен анықталады және осы жиындардағы әрбір анықтамалық реттілік осы кестеде бір жол ретінде көрсетіледі. Бірінші бағанда (модуль) келесі үш бағанда көрсетілген модульдің нақты көшірмесінің (дупликон) идентификаторы бар. Бұл бағандар (сұрау тізбегі) модульді анықтайтын сұрау реттілігінің субтеломериялық орнын көрсетеді (Материалдар мен әдістерді қараңыз). «Теңделген реттіліктер» бағаны сұраумен сәйкес келетін осы модульдегі басқа көшірмелердің орындарын көрсетеді. Бұл бағандағы координаттар біздің жарияланған субтеломерлік жиындарға (хромосома және қол p немесе q арқылы белгіленген) немесе адам геномының 35 құрылымына (барлық басқа белгілер) сілтеме жасайды. %IDәрқайсысы бүркемеленген тізбекті қоспағанда, тізбектелген жұптық туралау бойынша нуклеотидтер тізбегінің пайыздық сәйкестігі. %IDорт модульдегі барлық жұптық туралаулардың орташа пайыздық сәйкестігі. Бұл осы қағаздағы диаграммалар мен талдаулардағы %ID үшін пайдаланылған сан болды.Соңғы баған, егер модульде интрахромосомалық субтеломерлік емес реттілік сәйкестіктері болса, 1, ал жоқ болса, 0 көрсетіледі. (PDF 772 КБ)

13059_2007_1632_MOESM4_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 4: Бұл кесте субтеломера үшін анықталған дупликондық модульдердің санын көрсетеді. Бұл модульдердің толық тізімі 3-қосымша деректер файлында қамтылған. "субтеломерлік" баған әрбір субтеломера аймағы үшін модульдердің жалпы санын көрсетеді (өйткені әрбір модуль субтеломерлік координаталар жиынтығымен анықталады). «Субтеломерлік емес» бағанында субтеломерлерден тыс жатқан қайталанатын аймақтарға гомологиясы бар осы модульдердің ішкі жиыны тізімделген. Осы субтеломерлік емес дупликондарды субтеломерлік көшірмелермен салыстыру 3-суретте және 5-қосымша деректер файлында қамтылған. «Хромосома ішілік» бағаны бір хромосомадағы басқа аймаққа гомологиясы бар модульдердің ішкі жиынын көрсетеді. (PDF 27 КБ)

13059_2007_1632_MOESM5_ESM.pdf

5-қосымша деректер файлы: Субтеломериялық аймақтар 1-қосымша деректер файлында санамаланған сұрау реттіліктерінің жиынына және әрқайсысы тураланған реттіліктер бойынша орташа пайыз сәйкестігіне сәйкес келеді. Субтеломерлік емес аймақтар субтеломера аймақтарынан тыс түсетін реттелген реттіліктерге сәйкес келеді (2-қосымша деректер файлында берілген ішкі жиын). (PDF 42 КБ)

13059_2007_1632_MOESM6_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 6: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 846 КБ)

13059_2007_1632_MOESM7_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 7: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 543 КБ)

13059_2007_1632_MOESM8_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 8: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 531 КБ)

13059_2007_1632_MOESM9_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 9: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында [47] қолжетімді. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 602 КБ)

13059_2007_1632_MOESM10_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 10: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 474 КБ)

13059_2007_1632_MOESM11_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 11: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 758 КБ)

13059_2007_1632_MOESM12_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 12: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 552 КБ)

13059_2007_1632_MOESM13_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 13: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 630 КБ)

13059_2007_1632_MOESM14_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 14: Көрсетілген субтеломера қатарлары бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында [47] қолжетімді. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 564 КБ)

13059_2007_1632_MOESM15_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 15: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 793 КБ)

13059_2007_1632_MOESM16_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 16: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 657 КБ)

13059_2007_1632_MOESM17_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 17: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 654 КБ)

13059_2007_1632_MOESM18_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 18: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 693 КБ)

13059_2007_1632_MOESM19_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 19: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 472 КБ)

13059_2007_1632_MOESM20_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 20: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қол жетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 718 КБ)

13059_2007_1632_MOESM21_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 21: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 474 КБ)

13059_2007_1632_MOESM22_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 22: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті құрастырудың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлік (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломер координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 532 КБ)

13059_2007_1632_MOESM23_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 23: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 641 КБ)

13059_2007_1632_MOESM24_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 24: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан.Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 544 КБ)

13059_2007_1632_MOESM25_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 25: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 607 КБ)

13059_2007_1632_MOESM26_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 26: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 834 КБ)

13059_2007_1632_MOESM27_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 27: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 513 КБ)

13059_2007_1632_MOESM28_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 28: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 520 КБ)

13059_2007_1632_MOESM29_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 29: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 501 КБ)

13059_2007_1632_MOESM30_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 30: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 538 КБ)

13059_2007_1632_MOESM31_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 31: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 542 КБ)

13059_2007_1632_MOESM32_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 32: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 659 КБ)

13059_2007_1632_MOESM33_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 33: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 551 КБ)

13059_2007_1632_MOESM34_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 34: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 978 КБ)

13059_2007_1632_MOESM35_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 35: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 531 КБ)

13059_2007_1632_MOESM36_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 36: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 594 КБ)

13059_2007_1632_MOESM37_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 37: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында [47] қолжетімді. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 690 КБ)

13059_2007_1632_MOESM38_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 38: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 504 КБ)

13059_2007_1632_MOESM39_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 39: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 790 КБ)

13059_2007_1632_MOESM40_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 40: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 556 КБ)

13059_2007_1632_MOESM41_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 41: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 503 КБ)

13059_2007_1632_MOESM42_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 42: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 661 КБ)

13059_2007_1632_MOESM43_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 43: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді.Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 596 КБ)

13059_2007_1632_MOESM44_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 44: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 627 КБ)

13059_2007_1632_MOESM45_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 45: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 508 КБ)

13059_2007_1632_MOESM46_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 46: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 548 КБ)

13059_2007_1632_MOESM47_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 47: Көрсетілген субтеломер тізбегі бұрын жарияланған жинақтар [6] және Riethman Lab веб-сайтында қолжетімді [47]. Әрбір тізбекті жинақтың теломерлік ұшы сол жақта орналасқан. Тізбектің соңынан терминалды қайталау массивінің басына дейінгі қашықтық тізбектің теломерлік соңындағы тік көрсеткі арқылы көрсетіледі. (TTAGGG)n трактінің орны мен бағыты қара көрсеткілер түрінде көрсетілген. Жоғарғы панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер хромосома (түс) және олардың субтеломерлі (шектелген тіктөртбұрыштар), субтеломерлі емес (шектелмеген тіктөртбұрыштар) немесе хромосомалық ішкі (субтеломера координаталарының үстінде орналасқан) екендігі бойынша анықталады. Әрбір төртбұрыш бөлек дубликонды білдіреді. Төменгі панельдер: қайталанатын геномдық сегменттер жоғарғы панельдердегідей, бірақ сұраудың субтеломера тізбегімен нуклеотидтер тізбегі ұқсастығымен анықталады (кілтте көрсетілген түс схемасы). (PDF 562 КБ)

13059_2007_1632_MOESM48_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 48: Бұл кесте тек субтеломера аймақтарында болатын модульдердің блоктарын көрсетеді. Бірінші баған әрбір блок үшін идентификаторды береді. Келесі үш баған (сұрау тізбегі) блокты анықтайтын субтеломериялық орынды береді (ол бір немесе бірнеше іргелес модульдерден тұрады). Толық болу үшін, кейбір жағдайларда модульді анықтау үшін шекті мәндерден төмен түссе де, бұл блоктарға тураланған реттіліктер енгізілген. Тізбектер арасындағы тізбектелген теңестірулердің пайыздық сәйкестігі көрсетілген (маскирленген дәйектілікті қоспағанда). Тиісті дупликон блоктарының бір бөлігіне немесе барлығына сәйкес келетін транскрипттері бар атаулы гендер/гендік отбасылар соңғы бағанда тізімделген. 7-блок - 4q және 10q субтеломерлеріндегі D4Z4 тандемінің қайталануы, ол үшін D4Z4 тандемінің қайталануы арасындағы BLAST теңестірулерінің өте үлкен саны мен әртүрлі пайыз сәйкестіктеріне байланысты ешқандай пайыз сәйкестігі есептелмейді. (PDF 22 КБ)

13059_2007_1632_MOESM49_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 49: Бұл кестеде дайын теломерлердің ұштарына жақын орналасқан модульдер блоктары көрсетілген (Материалдар мен әдістерді қараңыз). Бағандар 48 Қосымша деректер файлында көрсетілгендей ақпараттың бірдей санаттарын сипаттайды. Субтерминалды дубликондардың субтеломерлік емес көшірмелерінің шектеулі жиынтығы бар (Қосымша деректер файлы 49). Олардың геномдық орналасуы 2q13-q14 [37] кезінде жақсы құжатталған теломера синтезін қоса алғанда, тектік теломерамен байланысты хромосомалардың қайта құрылу орындарын көрсетеді [37], оның құрамында A, B, C және D субтерминалды дупликон отбасыларының өкілдері бар (Қосымша деректер файлы 49). 3p12.3-тегі D отбасынан шыққан дупликонның субтеломерлік емес учаскесі кеңейтілген қайталану аймағының ұшы болып табылады, осы учаскенің центромерлі флангындағы ДНҚ 4q және 10q субтеломера гомологиясын қамтиды, оның ішінде D4Z4 қайталану бөлігіне ұқсайтын бета спутниктік қайталанатын құрылым бар. . F субтерминалды тұқымдасында 22q, 14q және 12p хромосомаларындағы дупликондардың бірнеше субтеломерлік емес учаскелері бар, олар тиісті центромерлерге өте жақын (Қосымша деректер файлы 49), хромосома иінінің әлеуетті тектік инверсиясын көрсетеді, содан кейін перицентромер ретінде перицентромердің қайталануын көрсетеді. осы субтерминалды дәйектілік отбасының субтерминалды емес көшірмелерінің генезисінің механизмі. Отбасы ішіндегі субтерминалды дупликон көшірмелері арасындағы жүйелілік ұқсастығы негізінен A, B және D субтерминалды блоктары үшін 90-96% диапазонында болады (2-кесте сирек ерекшеліктер үшін 49-қосымша деректер файлын қараңыз.). Тек субтелл блоктары сияқты, осы дубликондардың кейбіреулері субтерминалды блок ретінің бір бөлігіне ғана сәйкес келеді. Сондай-ақ A, B және D субтерминалды дупликон блоктары алып жатқан тізбектерде кейбір қабаттасулар бар, бұл олардың RPL23A7 және FAM41C транскрипттерінің бірдей отбасыларының бөліктерін толтыруынан көрінеді (2-кесте). A, B және D субтерминалды блоктары арасындағы жанұяаралық гомологиялар да 90-96% сәйкестілік диапазонында, бірақ блоктардағы дубликондардың позициялары әртүрлі және (TTAGGG)n трактінен әр түрлі қашықтықта орналасқан. Бұл субтерминалды блоктар ішіндегі жоғары көшірмелік қайталанатын элементтердің бірнеше баламалы ұйымдары (маскирленген және осы зерттеуде егжей-тегжейлі қарастырылмаған). Осылайша, центромерлі түрде орналасқан тізбектерге қарағанда субтерминалды тізбектердің жиі араласуы болуы мүмкін, кем дегенде, субтеломер аллельдерінің ішкі жиынында бұл идея айқын функционалдық қасиеттері бар бөлімдері бар субтеломера құрылымының бұрынғы үлгісіне сәйкес келеді [9]. Бұл субтерминалды отбасылардың жіктелуін одан әрі нақтылау мүмкін болып көрінеді және қосымша аллельдерден (TTAGGG)n-іргелес тізбектердің кеңірек іріктелуінен пайда көреді. Subterminal Block F құрамында 18p сұрау тізбегіне өте жоғары ұқсастығы бар 10p-де бір дубликон бар, бұл өте соңғы қайталану оқиғасын болжайды, қалған дубликондардың барлығы 91-94% сәйкестік диапазонында болды. С блогы барлық субтерминалды дупликондар тізбегінің отбасыларының арасында ең жоғары реттілік ұқсастығына ие және 2q біріктіру локусында көшірмесі бар. Е блогы (96-97%) әдеттен тыс болып табылады, өйткені ол тек субтеломерлі дупликондар тобының 6 бөлігіне сәйкес келеді (1-кесте) және тек субтеломерлі қасиеттері бар жалғыз субтерминалды дупликондар тізбегі. 17p-тің бұл нақты реттелген аллелі осы үлкен субтеломерлі дупликон ішінде хромосома ұшының қысқаруы арқылы пайда болуы мүмкін, өйткені 17p теломерасының бірнеше ұзағырақ аллельдері үшін карталық дәлелдер бар (H Riethman, жарияланбаған). Бір қызығы, (TTAGGG)n 17p-дегі трактаттар және шын мәнінде, 17p-нің осы нақты аллелі бойынша адам геномындағы ең қысқалардың бірі болып табылады [19, 51]. (PDF 44 КБ)

13059_2007_1632_MOESM50_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 50: Линардопулуда хабарланған субтеломерлік гомология блоктарымен осы жұмыста анықталған тек субтел және субтерминалды дупликон блоктарын салыстыру т.б. [12] (PDF 17 КБ)

13059_2007_1632_MOESM51_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 51: Кандидат транскрипттері NCBI RefSeq mrna дерекқорына (2006 ж. 24 шілдеде жүктеп алынған) қарсы тек субтеломераларға арналған сұраулардың өкілдік тізбектерін (Қосымша деректер файлы 48) жарылыс арқылы анықталды [52]. 90% немесе одан жоғары гомологиясы бар адамның мРНҚ-лары Spidey [53] арқылы тек субтеломерлі дупликонды блок өкілдерінің жиынтығына қарсы жүргізілді. Бұл кесте Spidey болжамдарына сәйкес 95% сәйкестіктен жоғары хиттерге сүзілген. Бірінші және екінші бағандар бір-біріне сәйкес келетін тек субтеломерлі блокты және RefSeq қосылуын көрсетеді. Үшіншісі - RefSeq дерекқорындағы сипаттама жолы. Төртінші және бесінші бағандар Spidey хабарлағандай, теңестірілген мРНҚ-ның пайыздық сәйкестігі мен қамту пайызы болып табылады. (PDF 29 КБ)

13059_2007_1632_MOESM52_ESM.pdf

Қосымша деректер файлы 52: Үміткерлердің транскрипттері NCBI RefSeq mrna дерекқорына (2006 ж. 24 шілдеде жүктеп алынған) қарсы репрезентативті субтерминалды сұрау реттіліктерін (Қосымша деректер файлы 49) жарылыс арқылы анықталды [52]. 90% немесе одан жоғары гомологиясы бар адамның мРНҚ-лары Spidey [53] арқылы субтерминальды дупликонды блок өкілдерінің жиынтығына қарсы жүргізілді. Бірінші және екінші бағандар бір-біріне сәйкес келетін субтерминалды блокты және RefSeq қосылуын көрсетеді. Үшіншісі - RefSeq дерекқорындағы сипаттама жолы. Төртінші және бесінші бағандар Spidey хабарлағандай, теңестірілген мРНҚ-ның пайыздық сәйкестігі мен қамту пайызы болып табылады. (PDF 72 КБ)