Ақпарат

2.9: 9-сабақ – Биология

2.9: 9-сабақ – Биология


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Зертханалық 9 және 10 сеанстар кезінде сіз бір аминқышқыл алмастыруы бар мутантты Abl-киназа доменінің ДНҚ-ны құру үшін сайтқа бағытталған мутагенез жасайсыз. Сіз мутантты ДНҚ-ны кейіннен оқшаулау үшін жасушаларды өзгертесіз.

  1. Мутагенез праймерлерін дайындау
    Мутагенез реакциялары үшін тура және кері праймерлердің 10 мкМ ерітінділерін ddH20 көмегімен дайындау керек. Лиофилизацияланған қуат ретінде праймер ДНҚ-сы бар праймер контейнерлерін ашпас бұрын түтіктерді 30-60 секундқа қысқаша центрифугалаңыз. 10 мкм ерітіндіге қол жеткізу үшін қажетті су мөлшерін есептеп, қосыңыз және праймер ерітінділеріңізді қысқа мерзімді 4 ºC температурада және ұзақ мерзімді -20 ° C температурада сақтаңыз.
  2. ПТР әдісімен мутантты плазмидті күшейту
    Сіз қажетті базалық жұп алмастыруы бар плазмидалар алу үшін ДНҚ үлгісінің әр түрлі концентрациясымен (сіздің оқшауланған плазмидті ДНҚ) ПТР реакцияларының сериясын орнатасыз. ДНҚ шаблонының мөлшерін өзгерту арқылы сіз ең аз үлгі ДНҚ мөлшері бар колонияларды тудыратын реакция жағдайларын анықтайсыз, бұл колонияны қажетті мутациямен оқшаулау ықтималдығын барынша арттырады. Репликацияны жеңілдету үшін жеткілікті үлгі ДНҚ болуы керек, бірақ тым көп үлгі ПТР-дан кейін толық қорытылмауға әкелуі мүмкін, бұл жабайы түрдегі ДНҚ-ның қажетсіз күшейтілуіне әкеледі. Сонымен қатар табысты мутагенез үшін ДНҚ полимераза ретінде PfuTurbo қолдану қажет. 1-2 кб кірістіру репликациясын талап ететін стандартты ПТР реакцияларынан айырмашылығы, мутагенез 5 немесе одан да көп кб болуы мүмкін бүкіл плазмидтің репликациясын талап етеді (pEt плазмиді Abl кірістіруімен шамамен 6,1 кб). PfuTurbo оның жоғары дәлдігі және өте ұзын үлгілерді кеңейту мүмкіндігі үшін пайдаланылады.

    Үш стерильді ПТР түтіктерінің әрқайсысына келесі компоненттерді тізім бойынша қосыңыз, мұнда x = 10 нг ДНҚ беру үшін минипрепсияның қосылу көлемі (мкл -де) қосылады.

10 нг ДНҚ20 нг ДНҚ50 нг ДНҚ
10x Pfu буфері5 мкл5 мкл5 мкл
шаблон плазмидті ДНҚx мкл2х мкл5x мкл
10 мкм алға праймер1,2 мкл1,2 мкл1,2 мкл
10 мкм кері праймер1,2 мкл1,2 мкл1,2 мкл
10 мМ dNTP қоспасы1,0 мкл1,0 мкл1,0 мкл
ddH2040,6 – x мкл40,6 – 2 мкл40,6 – 5х мкл
ПТР аппаратын іске қосар алдында бірден мынаны қосыңыз:
PfuTurbo, 2,5 бірлік/мкл1,0 мкл1,0 мкл1,0 мкл
Соңғы көлем50 мкл50 мкл50 мкл


4-6 рет тамшуырлау арқылы реакцияларды ақырын араластырыңыз және түтіктерді термиялық циклерге салыңыз. ПТР бағдарламасының ұзақтығы мутагенездің сәтті өтуі үшін өте маңызды, себебі Pfu 28 полимеразасы толық плазмиданың айналасында кеңею үшін көп уақытты қажет етеді. Сіздің ТА келесі ПТР бағдарламасын орнату жолын көрсетеді: 30 секунд ішінде 95 °C; [16-20 цикл 95 °C 30 сек: 55 °C 1 мин: 65 °C 2 мин кб плазмид]; содан кейін 10 °C температурада ұстаңыз. Сіз қолданатын плазмида шамамен 6 кб болғандықтан, әрбір 65 ° C ұзартуы 12 минутқа созылады. Сынып ПТР реакцияларын термиялық циклерге бірге жүктеуі керек және ТА жұмысты бастайды. Жүгіруге 4 сағаттан астам уақыт кетеді және жүгіру аяқталғаннан кейін реакция түтіктерін циклерде түнде қалдыруға болады.

9В СЕССИЯ

  1. Реакцияңызды термиялық циклден алып тастаңыз және 4 ºC температурада сақтаңыз.

Ғылыми лагерь 2021

Science Discovery Lab бағдарламасы әдеттегі мектеп бағдарламасынан тыс ғылыми шытырман оқиғаны іздейтін лагерьге арналған. Сертификатталған мұғалім лагерьде демалушыларға ғылымның қаншалықты қызықты екенін көруге, ұстауға, естуге, иіскеуге және дәмін татуға мүмкіндік беретін практикалық, жетекші әрекеттерге жетекшілік етеді.
Бағдарлама биология, химия, физика, зымыран өнеркәсібі, тамақтану және аэроғарыш сияқты ғылымның әртүрлі салаларын қамтиды. Екі апталық сессия барысында лагерьлер жас ғалымдарға айналады, өйткені олар бақалардан ұрық шошқаларына, акулаларға дейінгі диссекциялар сияқты сансыз эксперименттерге қатысады. Біздің атақты ұшыру күнінде барлық лагерьлер өздерінің зымырандарын жобалайды, жасайды және ұшырады, ал кеңесшілер химиялық байланыстар туралы да үйретеді. Бояғыш, гю және полимерлі құрттарды үйге апару арқылы біздің көптеген іс-шаралар лагерьдегілердің өздері мен қоршаған әлем туралы түсініктерін жақсартады.
Hofstra ’s соңғы үлгідегі ғылыми зертханаларында ең жаңа технологияны қолдану арқылы қатысушылар ғылыми естеліктердің көп бөлігін сувенирлермен қамтитын саяхатқа түседі, бұл естеліктерді эксперименттердің өзінен алу үшін! Бұл мамандық ынталы “ғалымдар”, сондай-ақ осы зерттеу пәндерінде өз әлеуетін сынағысы келетін лагерьде демалушылардың қызығушылығын арттыруға арналған. Жыл сайын –, бірте-бірте қиынырақ тергеу дағдылары бар әртүрлі курс материалдары – енгізіледі.



Теңіз биологиясы

Бұл екі апталық мамандық бойынша, Лагерьлер балдырлар, теңіз балдырлары, циниарлар, моллюскалар, порифера, эхинодермалар, остеихтиялар, хондрихтер мен цетасейлер сияқты әр түрлі теңіз ағзаларын зерттейді.
Лагерьлер тұзды су аквариумын жасайды және оған қызмет көрсетеді және әртүрлі теңіз орталары туралы біледі. Күн сайын лагерьде демалушылар ағзаның әртүрлі түрін зерттеп, тұзды су аквариумын қалай ұстау керектігін үйренеді. Практикалық диссекциялар, сайттан тыс экскурсиялар және қонақ спикерлер бұл бағдарламаны әртараптандырады және лагерьге демалушыларды теңіз биологиясын зерттеуге шабыттандырады.



Генетика

Бұл курста сіз өзіңіздің отбасыңыздың денсаулық тарихын зерттейсіз, гендермен манипуляция жасайсыз, биотехнологияның негіздерін үйренесіз және ең бастысы өзіңіз туралы білесіз!

Генетика көп нәрсені түсіндіруге көмектеседі, мысалы, сізді ерекше ететін не, неліктен отбасыңыздың басқа мүшелеріне ұқсайтыныңызды және кейбір аурулардың отбасыңызда неліктен пайда болатынын. Генетика туралы білуге ​​уақыт бөлу сіздің денсаулығыңызды түсінуге және дұрыс таңдау жасауға көмектеседі. Дұрыс жұмыс істемейтін гендер проблема тудыруы мүмкін.

Сирек кездесетін аурулар тобы бір геннің қалыпты жұмысын тоқтатқанда пайда болады. Көптеген жиі кездесетін аурулар дұрыс жұмыс істемейтін бірнеше гендерден және осы гендердің сіздің өмір салты мен әдеттеріңіз сияқты қоршаған ортамен үйлесуі нәтижесінде пайда болады. Неғұрлым көп білсеңіз, соғұрлым дұрыс шешім қабылдау оңайырақ болады.


Кесте: Күннің жартысы бағдарлама нұсқауынан тұрады. Күннің екінші жартысында лагерьге демалушылар түскі ас, нұсқаулық жүзу және сауықтыру спортымен айналысатын демалыс тобына орналастырылады.

Қосымша ақпарат алу үшін
Қоңырау шалу: (516) 463-CAMP (2267)


Тарих

Гага шұңқырында ойнайтын балалар

Алғашқы жас лагерьлерді қабылдамас бұрын, сайып келгенде, Киванилонг ​​лагері эксперименттік дендро ретінде қызмет етті, онда азаматтық қорғау корпусы ағаштардың көптеген ерекше сорттарын отырғызды. Бұл 1930 жылдардағы солтүстік жағалаудағы құмды төбелерді қорғауға бағытталған тарихи күш-жігердің бір бөлігі болды. Бұл күш-жігер лагерьде таңғажайып өсімдіктер әлемін қалдырды, бұл лагерьде демалушылар да, келушілер де осы күнге дейін ләззат алады.

1936 жылдан 1975 жылға дейін Клацоп округі Киванилонг ​​лагерінің мүлкін скаут қыздарға жалға берді. 1979 жылға қарай және көптеген жылдар бойы бос тұрғаннан кейін лагерь қатты апатты болды. Округ лагерьді коммерциялық емес ұйым ретінде басқаратын және қызмет көрсететін тәуелсіз директорлар кеңесіне жалға беруге келісті.

Енді сіз Киванилонг ​​лагерінің осындай күлкілі есіммен қалай аяқталды деп ойлайтын шығарсыз. Ол «Киванис» және «Ұзын» сөздерінен шыққан. Лагерьдің құрамына кіретін көлдің аты ұзын, ал Киванис (әсіресе Astoria Kiwanis клубы) - бұл алаңда кабиналар, баспаналар мен ауруханаларды салу үшін қажетті негізгі жұмыс күші мен жабдықтарды ұсынатын қызмет ұйымы.

Ұзын көлдің жағасында және жетілген Ситка шыршалары көлеңкеленген лагерь Киванилонг ​​ашық ауада серуендеуге өте ыңғайлы. Онда Тынық мұхитының жағажайларына келгенге дейін батпақты жерлер арқылы өтетін екі мильдік жолды қоса алғанда, бірнеше жолдар бар. 270 акр кемпингті қоршап тұрған аймақтың өзінің көрікті жерлері бар, соның ішінде Форт Стивенс мемлекеттік саябағы, Форт Клацоп, атақты Питер Айредэйл кемесінің апатқа ұшырауы және бірнеше жергілікті американдық тарихи орындар. қараңыз карта.

Кэмп Киванилонг ​​директорлар кеңесі сол уақыттан бері лагерьді басқаруды қадағалайды. Онда бір штаттық қызметкер жұмыс істейді және лагерьдің барлық шығындарын тіркеу жарналары, қайырымдылық және гранттар арқылы қаржыландырады. Әртүрлі адамдар мен жергілікті қызмет көрсету ұйымдарының еңбек және жабдықтау жарналары да пайдалану және техникалық қызмет көрсету құнын айтарлықтай төмендетуге көмектеседі. Киванилонг ​​лагерінде еріктілік немесе қайырымдылық жасау туралы көбірек біліңіз.


2.9: 9-сабақ – Биология

BIOL 201: Жасуша биологиясы
2002 жылдың күзі

________________________________________________________________________________

Нұсқаушы: Лорен Яич, ф.ғ.к.
Телефон: 362-0260
электрондық поштасы: [email protected]
Кеңсе: 203F Fisher Hall

Дәріс уақыты: MW F 9-9:50
Зертхана уақыты: 08-12 немесе 14:30-18:30
Жұмыс уақыты: дүйсенбі, сәрсенбі және жұма күндері 10-11 -ден 2-3 -ке дейін
Сондай-ақ алдын ала жазылу және "drop-in" негізінде.

Оқулық: Беккер, Кляйнсмит және Хардин. (2003) Жасуша әлемі (бесінші басылым).
Бенджамин Каммингс: Сан-Франциско.

Зертханалық нұсқаулық: Зертханалық жаттығулар үлестірмелі материалдар түрінде беріледі.
________________________________________________________________________________

Сынып сипаттамасы және философия

Жасуша биологиясы прокариоттық және эукариоттық жасушалардың құрылысы мен қызметін зерттейді. Бұл курста біз жасушалық биологияның көптеген әртүрлі салаларын қарастырамыз, соның ішінде: ДНҚ, РНҚ және белоктар сияқты макромолекулалардың синтезі мен қызметі, гендердің экспрессиялық мембрана мен органеллалар құрылымын бақылау және биоэнергетика және жасушалық байланыс функциялары. Студентке жасушалар дұрыс жұмыс істемегенде не болатынын түсінуге көмектесу үшін адамдағы тиісті бұзылулардың мысалдары да пайдаланылады! Зертханаларда жасушалық құбылыстарды суреттеуге көмектесетін жаттығуларға, сондай-ақ заманауи жасуша және молекулалық биология зерттеулерінде жиі қолданылатын әдістер мен процедураларды енгізуге назар аударылады. Курс барысында сыни тұрғыдан ойлау процестерін дамытуға және ғылыми оқу мен жазуды меңгеруге баса назар аударылады.
________________________________________________________________________________

Дәріс кестесі:

тамыз
26 Кіріспе (1-тарау)
28 Жасуша химиясы (2-тарау)
30 Макромолекулалар: I бөлім (3-тарау)

қыркүйек
2 Еңбек күні: сабақ болмайды!
4 Макромолекулалар: II бөлім (3-тарау)
6 Жасушалар және органеллалар (4-тарау)
9 Микроскопия әдістері (Қосымша)
11 Биоэнергетика (5-тарау)
13 ферменттер (6-тарау)
16 Талқылау сессиясы
18 №1 дәріс емтиханы
20 жасушалық мембраналар (7 тарау)
23 Мембраналық тасымалдау (8-тарау)
25 Электрлік сигналдар (9-тарау)
27 Сигнал беру: I бөлім (10-тарау)
30 Сигнал беру: ІІ бөлім (10 тарау)

Қазан
2 Жасушадан тыс құрылымдар (11-тарау)
4 Талқылау сессиясы
7 Дәріс емтиханы №2
9 Жасуша ішілік бөлімдер және адам саудасы: I (12-тарау)
11 Жасуша ішілік бөлімдер және адам саудасы: II (12-тарау)
14 Хемотрофиялық энергия алмасуы (13-тарау)
16 Аэробты тыныс алу (14-тарау)
18 Фотосинтез: І бөлім (15 тарау)
21 Фотосинтез: II бөлім (15-тарау)
23 Талқылау сессиясы
25 Дәріс емтиханы №3
28 Хромосомалар және ядро: I бөлім (16-тарау)
30 Хромосомалар және ядро: II бөлім (16-тарау)

қараша
1 жасушалық цикл (17-тарау)
4 Жасуша циклін және қатерлі ісіктерді бақылау (17-тарау)
6 Мейоз және гамета түзілуі (18-тарау)
8 Рекомбинация және генетикалық өзгергіштік (18-тарау)
11 Талқылау сессиясы
13 Дәріс емтиханы №4
15 Транскрипция және генетикалық код (19-тарау)
18 РНҚ өңдеу (19-тарау)
20 Трансляция және ақуызды сұрыптау (20-тарау)
22 Гендердің экспрессиясын реттеу: І бөлім (21 тарау)
25 Гендердің экспрессиясын реттеу: II бөлім (21-тарау)
27 No Сынып: Алғыс айту күніне арналған үзіліс !
29 No Сынып: Алғыс айту күніне арналған үзіліс!

желтоқсан
2 Цитоскелет (22-тарау)
4 Жасушаның қозғалғыштығы (23-тарау)
6 Соңғы күн Сынып - Талқылау сессиясы

Қорытынды емтихан:
Сәрсенбі, 11 желтоқсан 9-11

Қорытынды емтихан ішінара жинақталады. Желтоқсан айының басында финалға арналған терминдер мен түсініктер тізімі таратылады.
________________________________________________________________________________

Зертханалар

Зертханаға қатысу қажет. Зертханаға себепсіз келмеу сіздің зертханалық бағаңыздан 10 баллдық шегерімге әкеледі. Кейде сізден стандартты зертханалық кезеңнен басқа уақытта эксперименттің бір бөлігін орнату немесе алып тастау сұралуы мүмкін. Болжалды зертханалық жұмыс кестесі төменде келтірілген. Біз мұны мүмкіндігінше мұқият орындауға тырысамыз, бірақ кеш келген тапсырыстар немесе бірігіп келмейтін "critters" кейде соңғы минуттық өзгерістерді қажет етуі мүмкін. Зертханалық материалдар сізге алдын ала беріледі. Сіз зертханаға келмес бұрын зертханалық үлестірмелі материалдармен мұқият танысып шығуыңыз керек.

Зертханалық қауіпсіздік саясаты:
Студенттер зертханалық жұмыстың тиісті тәртібін көрсетіп, зертханалық қауіпсіздіктің стандартты процедураларын қолданады деп күтілуде. Химиялық заттармен жұмыс істегенде немесе көзге әлеуетті қауіп төндіруі мүмкін процедураларды орындау кезінде рұқсат етілген қауіпсіздік көзілдірігін әрқашан кию керек. Студенттің жауапкершілігі - өз көзілдірігін (және/немесе қажет болған жағдайда зертханалық пальто) беру. Қауіпсіздік көзілдірігін кітап дүкенінен қарапайым бағамен сатып алуға болады. Зертханалық пальто біркелкі жабдықтау дүкендерінде бар. Зертханалық халат талап етілмесе де, зертханаға "жақсы" киім кимеу ұсынылады. Мұны істеу керек болса, оларды зертханалық халатпен немесе ескі көйлекпен жабыңыз. Зертханада тамақ ішуге, ішуге немесе темекі шегуге жол берілмейді. Барлық химиялық заттарды, биологиялық материалдарды және зертханалық жабдықты құрметтеңіз. Бұлай болмау адамның тәжірибелік нәтижелеріне немесе жеке әл -ауқатына теріс әсер етуі мүмкін. Барлық жазатайым оқиғалар туралы нұсқаушыға хабарлауды ұмытпаңыз, олар қаншалықты кішкентай болып көрінсе де. Әрбір жеке зертханаға тән қосымша қауіпсіздік ережелері тиісті зертханалық нұсқаулықта көрсетіледі.

Зертханалық сабақ кестесі (болжамды)

тамыз
29 Жасушалық биология зертханасына кіріспе / Биологиядағы компьютерлер

Қыркүйек
5 Микроскопия
12 Спектрофотометрия: Ферменттердің кинетикасы
19 Жасушалық мембраналар
26 Ақуыздар I: ион алмасу хроматографиясы

қазан
3 II белоктар: SDS-PAGE
10 ИФА иммунологиялық талдау
17 Органелла изоляциясы
24 Дрозофила хромосомалық сквош
31 Спектрофотометрия: Жасуша өсуі

қараша
7 ДНҚ I: Жасушаның құзыретті трансформациясы
14 ДНҚ II: ДНҚ экстракциясы / Гель электрофорезі
21 Жасуша қозғалғыштығы
28 Ризашылық күніне арналған үзіліс - зертхана жоқ!

желтоқсан
5 Айтылым: Қорытынды емтиханды қайталау
________________________________________________________________________________


Xanadu HPC ресурсын түсіну

Жұмыс үстелі немесе ноутбук, көп жағдайда, ауқымды деректер жиынын талдау үшін (мысалы, Геномика) немесе модельдеулерді іске қосу үшін (мысалы, ақуызды қондыру) жеткіліксіз. Оларда осы талдауларды орындау үшін өңдеу қуаты да, жады да жетіспейді. Бұл шектеуді машиналарды (компьютерлерді) алдын ала анықталған архитектурада/конфигурацияда біріктіру арқылы еңсеруге болады, осылайша олар күшейтілген есептеу қуаты мен ортақ ресурстары бар бір бірлік ретінде әрекет етеді. Бұл жоғары өнімділік кластерінің негізгі тұжырымдамасы. Кластер оларды бір жүйе ретінде қарастыру үшін бірге жұмыс істейтін қосылған компьютерлер жиынтығынан тұрады. Кластердегі әрбір компьютер блогы «түйін» деп аталады.

Кластердің құрамдас бөліктері әдетте жылдам жергілікті желілер («LAN») арқылы қосылады, әрбір түйінде операциялық жүйенің жеке данасы іске қосылады. Кластерлердің артықшылықтарына төмен баға, икемділік және кез келген уақытта жұмыстарды орындау мүмкіндігі жатады. кез келген жерде.

Кластер этикеті

  • Кластердің бас түйінінде (алғаш рет кірген жерде) ешқашан ештеңені іске қоспаңыз.
  • Сіз не істеп жатқаныңызды қадағалаңыз және барлық түйіндерді бір уақытта пайдаланудан бас тартыңыз.
  • Шығарылатын файлдарды үй каталогында немесе белгіленген орындарда іске қосыңыз және жазыңыз.
  • Уақытша және аралық файлдарды тазалауды ұмытпаңыз. Сақтау мүмкіндігі шектеулі.

Есептік жазбаны қалай алуға болады

Xanadu -да есептік жазбаны алу үшін сізде CAM шоты деп аталатын UCH шоты болуы керек. Келесі сілтеме сізге бұл туралы сұрауға мүмкіндік береді: http://bioinformatics.uconn.edu/contact-us/

Бізбен байланыс бетіндегі тізімнен “Тіркелгі сұрауы (Xanadu кластері) ” таңдаңыз.

Сұрауды жібергеннен кейін сіз UCH HPC командасының мүшесінен CAM пішінін аласыз. Сіз осы екінші пішінді толтырасыз және мақұлдағаннан кейін осы кластерге қол жеткізе аласыз.

Құпия сөзді қалай қалпына келтіруге болады

Құпия сөзді қалпына келтіру үшін интерфейс бар Мұнда: (немесе шолғыш терезесіндегі келесі сілтемеден өтіңіз: https://vdusers.cam.uchc.edu/pm/)

CAM тіркелгі деректері осы ресурсқа кіруге мүмкіндік береді. Әр 6 ай сайын құпия сөзді қалпына келтіру сұралуы мүмкін. Терминалға кіре алмайтыныңызды байқасаңыз, құпия сөзді қалпына келтіру қажет болуы мүмкін.

Xanadu-ға қалай кіруге болады

Xanadu жүйесінде пайдаланушы кіре алатын және кластерге қол жеткізе алатын екі жіберу түйіні (VM машиналары) бар. Екі жіберу түйіні xanadu-submit-ext және xanadu-submit-int болып табылады. Пайдаланушылар тұрғысынан екі түйін де бірдей және біреуі екіншісінен артық артықшылық бермейді. Сіз түйіндерді SSH протоколы арқылы терминал (пәрмен жолы интерфейсі) арқылы жіберуге қосыласыз. Егер сіз Mac немесе Linux компьютерінде болсаңыз, бұл операциялық жүйеде қол жетімді. Windows жүйесіне арналған нұсқаулар осы бөлімде төменде берілген және опция ретінде Putty туралы талқылаңыз.

Xanadu-submit-ext

hpc-submit-ext түйініне кез келген жерден кіруге болады және VPN қосылымын қажет етпейді.

Xanadu-submit-int

Сирек жағдайларда xanadu-submit-ext ақаулықтары болған кезде, пайдаланушылар xanadu-submit-int кіре алады. Дегенмен, оған кіру үшін пайдаланушылар VPN қосылымын орнатуы керек, өйткені ішкі жіберу түйіні брандмауэрдің артында орналасқан.

Ескерту: Шектеулі уақыт ішінде ескі кластерде жұмыс істеп жатқандар үшін сыртқы және ішкі жіберу түйіндеріне old-xanadu-submit-ext және old-xanadu-submit-int хост атаулары арқылы қол жеткізуге болады.

VPN қосылымын орнату

Виртуалды жеке желі (VPN) клиенті арқылы қосылу үшін мына жерден сілтеме жасалған тегін Pulse Secure қолданбасын жүктеп алу қажет: http://remoteaccess.uconn.edu/vpn-overview/connect-via-vpn-client-2 /

The сервер URL CAM логинін/паролін қажет ететін UCHC VPN желісіне қосылу үшін:

Импульсті қауіпсіз жүктеп алғаннан кейін оны төмендегі нұсқауларды пайдаланып конфигурациялауға болады.

  1. Импульсті қауіпсіз ашыңыз
  2. Жаңа қосылым қосыңыз
  3. Сервер URL мекенжайын келесіге орнатыңыз: vpn.cam.uchc.edu
  4. Сақтау
  5. CAM ID және Passwd арқылы қосылыңыз және кіріңіз

VPN байланысы орнатылғаннан кейін ішкі жіберу түйініне кіріңіз

Windows Computer (Putty) көмегімен кластерге қосылу

Windows пайдаланушылары кластерге қосылу үшін SSH клиентін пайдалануы керек. Putty орнату және пайдалану үшін конфигурациялау: Putty конфигурация қадамдары. Putty ашыңыз, ол Window1 ашады (төменде қараңыз).

  1. Хост атауын беріңіз, мысалы: xanadu-submit-ext.cam.uchc.edu немесе xanadu-submit-int.cam.uchc.edu
  2. SSH қойындысын кеңейтіп, X11 таңдаңыз (2-терезеде көрсетілген) (қосымша)
  3. X11 қайта жіберуді таңдау арқылы қосыңыз. (терезе 2) (міндетті емес)
  4. Сол жақ панельді жоғары айналдырып, Сеанс таңдаңыз.(терезе 1)
  5. Сеансыңызды атаңыз, мысалы: Xanadu_cluster және сақтау үшін сақтау қойындысын нұқыңыз
  6. Сеанс аты сақталған сеанстарда пайда болуы керек
  7. SSH сеансы бар серверге қосылу үшін сеанс атауын екі рет басыңыз

HPC ресурстары мен шектеулері

Xanadu кластері пайдаланады Шырылдау, бұл үлкен және кіші Linux кластерлері үшін жоғары масштабталатын кластерді басқару және жұмысты жоспарлау жүйесі. Түйіндер (кластер ішіндегі жеке түйіндер) бөлімдер деп аталатын топтарға бөлінеді. Xanadu-да бірнеше бөлімдер бар: жалпы, xeon, amd және himem.

Қол жетімді бөлім туралы ақпаратты іздеу үшін ағымдағы тізімді беретін ‘sinfo -s’ пайдалануға болады:

Жоғарыда жалпы* пайдаланушылар үшін әдепкі бөлім болып табылады. ТҮЙІНДЕР(A/I/O/T) “Қолжетімді / Жұмыссыз / Басқа / Барлығы “ түріндегі түйін күйі бойынша белгілі бір конфигурацияның саны.

Xanadu кластері негізінен бірнеше бөлімдерге бөлінеді:

жалпы бөлу
himem бөлімі
mcbstudent бөлімі
pacbio бөлімі

жалпы бөлу : берілген конфигурацияда 36 немесе 48 процессоры бар, 128/256 ГБ жады бар әрбір түйіннен тұрады.

Himem partiton : әрқайсысында 64 ядросы және 512 ГБ жады бар 5 түйін болады

himem2 бөлімі: Сондай-ақ қазір бізде himem2 деп аталатын 1 ТБ жады бар тағы бір жоғары жады бөлімі бар:

The жалпы бөлу , әр түйінде қолданылатын процессор түріне қарай одан әрі бөлуге болады:

ксеон бөлімі (түйіндер Xeon процессорларынан тұрады)
amd бөлімі (түйіндер AMD процессорларынан тұрады)
gpu бөлімі (түйін GPU процессорынан тұрады: NVIDIA TESLA M10 )

xeon бөлімі : әрқайсысында 36 ядросы және 156 ГБ болатын 11 түйін болады

amd бөлімі : әрқайсысында 48/64 ядросы және 156/256 ГБ жады бар 24 түйін болады

gpu бөлімі : 36 процессоры және 256 ГБ жады бар 1 түйіннен тұрады

GPU бөліміне қол жеткізу үшін пайдаланушылар келесі бөлім мен қос үшін келесі ақпаратты пайдалануы қажет:

mcbstudent бөлімі : әрқайсысында 256 ГБ жедел жады және 36 және 40 процессоры бар 2 түйіннен тұрады. Бұл түйін UConn өткізетін курстар мен семинарлармен шектелген. Курс нұсқаушылары өз курстары үшін түйіндерді алдын ала резервтеуді біздің веб-сайтта қол жетімді онлайн нысаны арқылы сұрай алады [формаға сілтеме].

Осы бөлімге рұқсаты бар студенттер мен курс нұсқаушылары бөлім және qos үшін келесі ақпаратты пайдалана отырып, осы түйіндерді пайдалана алады:

pacbio бөлімі : 36/48 шыныаяққа дейін және 128/256 ГБ жедел жады бар 4 түйіннен тұрады. Бұл түйіндерді Pacbio SMRT Analysis бағдарламалық жасақтамасы қолдануға шектелген. Pacbio SMRT талдау порталына кіру жолын біздің pacbio оқулығымыздан табуға болады.

Xanadu кластерінде байланыстырылған түйіндердің қысқаша мазмұны:

Slurm-пен жұмыс

Есте сақтау қажет ресурстық шектеулер:

Мысалы: егер пайдаланушы барлық түйіндерде 400 ядро ​​және/немесе 1 ТБ жедел жадты қолданса, қалған барлық пайдаланушы тапсырмалары олар шектелгеннен төмен түскенше сақталады.

Бір процессорға бөлінген әдепкі жад: 128 МБ
*егер қосымша жад қажет болса, төменде түсіндірілген –mem опциясын пайдаланып сценарийде көрсетіңіз.

Уақыт шектеулері:

(Егер сізге кеңейтім қажет болса, басыңыз Мұнда. Кеңейту туралы сұраулар демалыс күндерін қоспағанда, жұмыстың аяқталу күнінен кемінде 2 күн бұрын жіберілуі керек. Біз қысқа мерзімді кеңейту сұрауларын қанағаттандыруға тырысамыз, бірақ сіз Slack немесе электрондық пошта арқылы қолдау көрсету қызметкерлерінен растауды алуға тырысуыңыз керек.)

Сақтау шектеулері

Қанша орын пайдаланғаныңызды тексеру үшін дискіні пайдалану пәрменін қолдануға болады:

Осы арқылы ағымдағы зертханалық кеңістікті пайдалануды тексеруге болады сілтеме

Тапсырмаларды орындау үшін кластерді пайдалану екі жолмен жүзеге асады

ssh арқылы кластермен қосылған кезде (сыртқы-жіберу-түйініне немесе ішкі-жіберу-түйініне) сіз жіберу сценарийлерін пайдаланып тапсырмаларды жіберу үшін орналастырылған виртуалды орталар болып табылатын жіберу түйіндеріне қосыласыз. Бұл жіберу түйіндерінің тек 4 ГБ жады бар және осы түйіндерді файлдарды көшіру, файлдарды жою, тапсырмаларды орындау сияқты іске қосылған пәрмендермен күшейту басқалардың кластерге қол жеткізуіне кедергі жасайды. Егер сіздің мақсатыңыз сценарий жазу, файлдарды көшіру, файлдарды жою немесе ұзаққа созылмайтын қысқа тапсырмаларды орындау болса, интерактивті сеансқа өтуіңіз керек және жіберу түйіні сізге сәйкес емес. Егер сіз өзіңіздің сценарийіңізді жазып қойған болсаңыз және оны жібергіңіз келсе, онда submit-node сізге арналған.

1. Тапсырманы интерактивті түрде орындау:

Кластердегі пайдаланушының бірінші байланыс нүктесі бас түйін/жіберу түйіні болып табылады. Сұрауда берілген кез келген пәрмен бас-түйін/жіберу-түйінімен орындалады. Бұл қажет емес, өйткені бас түйін/жіберу-түйін орындалатын тапсырмалар ауқымы бар және оны есептеу мақсатында пайдалану оның өнімділігін бәсеңдетеді. Дегенмен, көбінесе кейбір пәрмендерді сценарий арқылы орындаудың орнына пәрмен жолында орындау ыңғайлы/қажет. Бұған есептеу түйіндеріндегі пәрмендерді орындау арқылы “Интерактивті сеанс” бастау арқылы қол жеткізуге болады.

Интерактивті сессияны қалай бастау керек

Интерактивті сеанстарға ішкі және сыртқы жіберу түйіндері арқылы рұқсат етіледі. Ішкі және сыртқы жіберу түйіндерінің арасында үлкен айырмашылықтар жоқ, тек сыртқы жіберу түйініне VPN қолданбай-ақ жетуге болады (төменде түсіндіріледі). Басқа ішкі серверлерге сыртқы жіберу түйінінен ssh жіберу мүмкін емес.

Жүйеге кіргеннен кейін srun пәрменін пайдаланып интерактивті сеансты бастаңыз

Bash интерактивті сеансын бастау үшін:

Жадты бөлу арқылы bash интерактивті сеансын бастау үшін:

Sinvo -o "%n %e" арқылы интерактивті сеансты бастамас бұрын қол жетімді бос жадты білу де маңызды:

Бос жад МБ-де көрсетілген.
Интерактивті сеансқа кіргеннен кейін интерактивті сеанста жадты тексеру үшін sstat <jobid>.batch пәрменін пайдалануға болады. Жұмыс идентификаторының нөмірі .batch жұрнағы арқылы қосылуы керек:

2. Жіберу сценарийін пайдалану

Стандартты тапсырманы жіберуге арналған үлгі сценарий.

Жалпы сценарий 3 негізгі бөліктен тұрады:

  • Bash сценарийі ретінде жұмыс істеуге мүмкіндік беретін #!/Bin/bash жолы
  • #SBATCH арқылы көрсетілген SLURM жоспарлаушы параметрлері
  • Таңдалған қолданбадан келетін пәрменді жіберу жолы(лар).

#SBATCH жолдары SLURM жоспарлаушысының параметрлер жиынын көрсетеді.

  • Әрқашан кіріс файлдарының абсолютті жолын көрсетіңіз. Бұл сценарий жылжытылған жағдайда қателер мен жұмыс сәтсіздіктерін болдырмайды.

Жіберу сценарийінде бөлім мен qos қалай көрсетіледі:

Тапсырманы белгілі бір бөлімге жіберу үшін –бөлім және –qos сценарийде көрсетілуі керек.
Жалпы бөлімді пайдалану үшін:

himem бөлімін пайдалану үшін:

Егер сіз GPU түйінін пайдаланғыңыз келсе, бөлім мен коды төмендегідей орнатыңыз:

Xanadu кластерінде (xanadu-06) бір ғана GPU түйіні бар екенін ескеріңіз. Xanandu-06 сонымен қатар жалпы бөлімнің бөлігі болып табылады, сондықтан егер ол қатты қолданылса, оны алуға біраз уақыт кетуі мүмкін.

Жұмысты қалай тапсыру керек

Сценарийді кластерге жіберуді sbatch пәрмені арқылы орындауға болады

Барлық сценарийлер келесі пәрменмен кластерге жіберіледі:

Кейбір ерекше жағдайларда тапсырманы кластерге логинсіз жібергіңіз келсе, келесі әрекеттерді орындауға болады:

Жоғарыдағы жұмысты жібермес бұрын, сізге келесі жолды қосу қажет болуы мүмкін

Содан кейін жолдың соңына келесі жолды қосу қажет

Ұсынылған жұмысты бақылау

Барлық тапсырмаларды бақылау үшін кезекті пайдалануға болады

Ол барлық бөлімдердегі жұмыс туралы ақпарат береді. Маңызды аспектілердің бірі - кезектегі жұмыстың жағдайы.
Қайда

R – іске қосылды
PD – Күтуде
CG – Болдырылды

Белгілі бір жұмысты бақылау үшін squeue командасын қолдануға болады. Бұл мысалда жұмыс идентификаторы 201185. Бұл нөмір тапсырманы жіберу кезінде беріледі және ол жұмыс істеп тұрғанда және ол аяқталғаннан кейін тапсырмаға сілтеме жасау үшін пайдаланылуы мүмкін.

Пайдаланушы жіберген тапсырмаларды бақылау үшін

Белгілі бір бөлімдегі тапсырмаларды бақылау үшін:

Орындалған/аяқталған жұмыс сөмкесі туралы ақпаратты көрсетуді пайдалануға болады

Белгілі бір жұмысқа бөлінген уақыт шегін қалай тексеруге болады (Бастау, аяқталды, уақыт шегі)

Белгілі бір тапсырма туралы қосымша ақпарат алу үшін басқару құралын пайдалануға болады

Тапсырма туралы қосымша ақпарат алғыңыз келсе, пәрменге -dd опциясын келесідей қосуға болады:

Жіберілгеннен кейін жұмыстан қалай бас тартуға болады:

Егер сіз жіберген тапсырманы тоқтату қажет болса, JobID нөмірімен сканерлеу пәрменін пайдалануға болады:

Барлық жұмысыңызды тоқтату үшін:

Бағдарламаны қалай жүктеуге болады:

бағдарламалық қамтамасыз етуді жүктеу модуль командасының көмегімен жүзеге асырылуы мүмкін. Кластердегі қолжетімді бағдарламалық құралдарды тексеру үшін кластердегі қолжетімді модульдерді/бағдарламалық жасақтама пакеттерін беретін module avail пәрменін пайдаланыңыз. Төменде пәрменді орындаған кезде көрсетілетін бағдарламалық жасақтама файлдарының шағын бөлігі берілген.

Содан кейін модульді/бағдарламалық жасақтаманы жұмыс ортасына немесе сценарийге жүктеу үшін модульді жүктеу пәрменін қолданыңыз, содан кейін модуль атауы:
мысалы: picard/2.9.2 модулін жүктегіңіз келсе, мынаны пайдаланыңыз:

Ортаңызға жүктелген модульдерді тексеру үшін модуль тізімі пәрменін пайдаланыңыз:

Байланысты айнымалы мәндерді және модуль файлының жолын тексеру үшін модульді көрсету пәрменін пайдаланыңыз:

Picard модулі PICARD деп аталатын қоршаған орта айнымалысын жүктейді, мұнда орындалатын файлға толық жолды берудің орнына бағдарламаны шақыруға болады.
Бағдарламаны қай жерде шақыруға болады:

Модульді босату үшін мынаны пайдаланыңыз: модульді босату пәрмені:

ол Picard-ты ортаңыздан жояды.

Файлдық жүйе туралы ақпарат:

/home/CAM/username НЕМЕСЕ /home/FCAM/username:: Бұл сіздің үй каталогыңыз. Бұл жүйеге кірген кездегі әдепкі орын. Сіз бұл каталогтан кез келген талдауды жүргізе аласыз және сізде бар

Мұнда 10 ТБ бос орын бар.

/labs/pi-атауы:** Бұл зертхананың басқа мүшелерімен деректерді ортақ пайдалану үшін сұрау бойынша жасалған бірлескен ресурс. Зертханаңыз үшін қалтаны сұрау үшін CBC-ге хабарласыңыз.

/жобалар/жобаның атауы: ** Бұл жобаның басқа мүшелерімен деректерді бөлісу үшін сұраныс бойынша құрылған бірлескен ресурс. Зертханаңыз үшін қалтаны сұрау үшін CBC-ге хабарласыңыз.

/linuxshare/users/username:** Бұл каталог деректерді ұзақ мерзімді мұрағаттау үшін бар (сығылған және шайырланған). Бұл орын сұраныс бойынша қол жетімді. Ол BBC арнасындағы /архивке тең, себебі in талдау жүргізу үшін орын ретінде пайдаланылмауы керек.

/linuxshare/жобалар/жобаның атауы: **# Бұл каталог нақты жобалар үшін деректерді ұзақ мерзімді мұрағаттау үшін бар (сығылған және шайырланған). Бұл орын сұраныс бойынша қол жетімді. Ол BBC арнасындағы /архивке тең, себебі in талдау жүргізу үшін орын ретінде пайдаланылмауы керек.

/UCHC/GlobusXfer : Бұл каталог Globus көмегімен деректерді/файлдарды тасымалдауға арналған “UConn Health HPC” соңғы нүктесіне арналған Xanadu жүйесіндегі тағайындалған орын. Тасымалданғаннан кейін файлдарды қажетті орынға жылжытыңыз және оны GlobusXfer каталогынан жойыңыз.

/local/tmp: Бұл каталогты есептеулер орындалып жатқанда деректеріңізді уақытша сақтау үшін пайдалануға болады. Есептеулерді орындағаннан кейін деректерді осы кеңістіктен жылжыту керек. Оның шамамен 600 ГБ кеңістігі бар.

/сызат: NFS орнатылған файлдық жүйе, Бұл каталог есептеулер жұмыс істеп тұрған кезде деректеріңізді уақытша сақтау үшін пайдаланылуы мүмкін. Есептеулерді орындағаннан кейін деректерді осы кеңістіктен жылжыту керек. Оның шамамен 84 Т кеңістігі бар.

/isg/shared/деректер базалары : Түзеткіш индексін (жиі қолданылатын түрлердің/геномдардың gmap, HiSAT2, Bowtie2 т.б.), жарылыс, гауһар, кракен, пфам, швейцар-прот, BUSCO т.б. қамтиды.

# /linuxshare каталогтары мұрағат болып табылады, себебі оқу мен жазу басқа репозиторийлерге қарағанда баяу болады

** Осы анықтамалықтарға сұранысты “Биоинформатика және техникалық қолдау” опциясын таңдау арқылы бізбен байланыс формасы арқылы жіберіңіз. Xanadu әкімшілері пайдаланушыларды жасағаннан кейін, пайдаланушылар оларды қалағандай толтыра алады.

Кластерлер арасында деректерді тасымалдау:

Үлкен файлдар үшін деректерді тасымалдау процесі екі түрлі қадамнан тұруы мүмкін:

(1) 1-ҚАДАМ: Деректерді қысу, md5sum жолдарын т.б. қамтитын деректерді пішімдеу

(2) 2-ҚАДАМ: Деректерді тасымалдау

1-ҚАДАМ

Деректер каталогын кластерлер арасында тасымалдау үшін тасымалдау алдында каталогты қысу және қысылған файл үшін md5sum жолын жасау жақсы тәжірибе болып табылады. Бұл жол файлды тасымалдағаннан кейін жасалған md5sum мәніне сәйкес келуі керек. Бұл деректердің толық және бүлінбеген тасымалдануын қамтамасыз ету үшін қажет. Қадамдар осында көрсетілген,

Бұл пәрменді xanadu жүйесінде іске қосып жатсаңыз, оларды жіберу түйінінде іске қоспаңыз. ретінде интерактивті сеансты бастаңыз

Бұл сізді есептеу түйіндерінің біріне апарады. Есептеу түйінінде екеніңізді тексеру үшін жай орындаңыз

Шығару shangrila немесе xanadu арқылы басталатын есептеу түйіндерінің бірі болуы керек, егер шығыс hpc-submit-ext немесе hpc-submit-int болса, интерактивті сеанс іске қосылмайды. Қайталап көріңіз, егер мәселе шешілмесе, [email protected] мекенжайы бойынша хабарласыңыз

деректер: қысылатын деректері бар каталог
пәрменді орындау үшін қысу.

data.tar.gz : қысылған файлды шығару.

2-ҚАДАМ

(3) Файлдар қысылғаннан кейін тасымалдауды бастау үшін transfer.cam.uchc.edu VM пайдаланыңыз. Тасымалдау VM жүйесіне кіру және әрекетті орындау үшін

CAM тіркелгісінің тіркелгі деректерін пайдаланыңыз. Please do not use Xanadu submit nodes for transferring files.

Transfer file

case1: When logged on BBC (or any other cluster) and transferring file to Xanadu

case2: When logged on Xanadu and transferring file from BBC

In both cases it will prompt your for password, this password is for the cluster in which you are not currently logged on.

After transfer check the md5sum of the transferred file at the destination.

The value or string should match the string generated in step 2.
Decompress the file

Once the transfer process is completed to exit from the interactive session simply execute

More detailed information on file transfer methods can be found in our tutorial on Data Transfer .


MGCB REU Summer Program

For more information, please contact Aaron Turkewitz ([email protected]).

The Department of Molecular Genetics and Cell Biology at the University of Chicago is at the forefront of research in molecular mechanisms underlying cell biology and organismal development. Current faculty work on fundamental problems in biology using a wide range of model systems including viruses, bacteria, protozoa, fungi, plants, nematode worms, fruit flies, fish and mice. With funding from the National Science Foundation, the Department offers an exciting opportunity for talented undergraduates to acquire experience in research. This program is designed for students who are interested in attending graduate school and pursuing a career in science. MGCB Summer Internships allow students to devote themselves to research projects, working in collaboration with graduate students or postdoctoral fellows, to address important problems in biology.

Interns will be hosted by research laboratories in the department, most of which are housed in the Cummings Life Sciences Center, with several laboratories in a nearby building. Interns will have full access to the advanced instrumentation available in the host laboratories as well as in a large set of superb core facilities, including advanced light and electron microscopy, next-generation DNA sequencing, and a wide range of biophysical approaches.

In addition to research, interns will participate in workshops on communicating scientific results and ethics in research. See the schedule of activities below.

2021 Date(s) Белсенділік
February 8, 2021 Application due date
February-March Applications reviewed by Steering Committee interns chosen and host laboratories assigned
March-April Interns contacted by Program Administrator with internship information
April-May Interns contacted by PI of host laboratory
TBD Interns arrive in Chicago and move into dormitory**
June 9 Session starts
Week 1 Departmental welcoming reception workshop on laboratory safety 10 min intern presentations on planned projects
Week 2-9 Faculty seminars on Thursdays (7 total) at lunch
Week 3 Workshop on scientific ethics
Week 3-9 Friday lunch meetings with interns and faculty to present progress, with each intern presenting bi-weekly
Week 5 Workshop on applying to graduate school
Week 10 Departmental minisymposium with 15 min intern presentations. Poster session with Departmental reception
Flexible scheduling during summer Social evenings with faculty
August 18 Session Ends
**On-site/move-in information will be available per COVID guidelines and restrictions**

Chicago is one of the most vibrant of American cities, particularly exciting in the summer with a succession of free music festivals. The University is located in the neighborhood of Hyde Park. Hyde Parkers have easy access via public transportation to the cultural riches of downtown Chicago, as well as enjoying beautiful local parks along the Chicago lakeshore. REU interns will be housed in dormitories near the research laboratories and a twenty minute walk to Promontory Point, a favorite spot for summer barbecues and lake swimming.

Based on individual student's preferences and faculty availability, each intern will be assigned a faculty mentor and will design a research project in close consultation with that mentor. Active participation in that research project will be the main focus of the summer.

Students will be expected to participate in research for at least 40 hours per week for the full 10 weeks, and may not enroll in classes or hold outside employment during the term of their internship. Students will also be exposed to the types of research being pursued in the department during weekly lunchtime seminars given by faculty.

To learn more about projects in which participants might be involved, view the list of MGCB REU faculty trainers төменде

Each student will receive a $5,500 stipend, plus $750 food allowance, plus travel expenses to and from the University. In addition, housing will be provided, with comfortable accommodations within a convenient University of Chicago undergraduate dormitory.

Faculty Participants in the Summer 2021 REU Program:

Richard Fehon Regulation of epithelial polarity and proliferation during development
Ben Glick Biogenesis of secretory pathway organelles in yeast and mammalian cells, and directed evolution of fluorescent proteins
Michael Glotzer Cytokinesis in animal cells
Jean Greenberg Plant defense against bacterial infection, and bacterial virulence mechanisms
Sally Horne-Badovinac Polarized epithelia
David Kovar Actin assembly in fission yeast, from fundamental cellular mechanisms to cancer
Stephen Kron Signal transduction, cell cycle control, and checkpoints. Technology development
Heng-Chi Lee Small RNA-mediated epigenetic regulation & genome surveillance
Laurens Mets Alternative energy from algae
Ed Munro Cytoskeletal dynamics and cell polarization and morphogenesis
David Pincus Cellular stress responses and protein homeostasis
Ilaria Rebay Transcriptional regulatory circuits in development and disease
Michael Rust The role of oscillations and rhythms in living systems
Jonathon Staley Pre-mRNA splicing - mechanisms and regulation in yeast and humans
Aaron Turkewitz Membrane traffic and evolution in protozoa

This program is limited to students whose home institution is not the University of Chicago. Participants must be citizens or permanent residents of the United States and have a strong interest in research. The MGCB REU program is designed to encourage and enhance the participation of students from schools without large research programs and from members of minorities currently underrepresented in the sciences. We will not accept applicants who are currently enrolled in institutions with PhD programs in Biological Sciences comparable to the University of Chicago. Applicants currently enrolled in their junior year of college are preferred, but students in earlier years will also be considered.

The link to complete an application is below. The application deadline is February 8, 2021, and successful candidates will be contacted during February-March.

Move-in will take place on Date TBD, with the program running from June 9 to August 18, 2021.


Office Hours

Office hours are held during weeks 2-9 of Autumn, Winter, and Spring quarters. Due to the shelter in place, we will be hosting Zoom office hours in Spring Quarter. You will find the Zoom link in the weekly Biology newsletter. If didn't receive the newsletter, please send an email to the BioBridge peer advisors.

Winter Quarter 2020-21 Virtual Schedule:

  • Monday 11:30am-1:30pm PST (Maria)
  • Monday 7:00pm-9:00pm PST (Maitri)
  • Tuesday 9:30am-11:30am-9pm PST (Jiwoo)
  • Wednesday 7:00pm-9:00pm PST (Saket)

Мазмұны

Previous qualifications Edit

Before the introduction of GCSEs, students took CSE (Certificate of Secondary Education) or the more academically challenging O-Level (General Certificate of Education (GCE) Ordinary Level) exams, or a combination of the two, in various subjects. The CSE broadly covered GCSE grades C-G or 4–1, and the O-Level covered grades A*-C or 9–4, but the two were independent qualifications, with different grading systems. The separate qualifications were criticised for disadvantaging the bottom 42% of O-Level entrants who failed to receive a qualification, and the highest-achieving CSE entrants who had no opportunity to demonstrate higher ability. [ дәйексөз қажет ]

In its later years, O-Levels were graded on a scale from A to E, with a U (ungraded) grade below that. Before 1975, the grading scheme varied between examination boards, but typically there were "pass" grades of 1 to 6 and "fail" grades of 7 to 9. However the grades were not displayed on certificates. [ дәйексөз қажет ]

The CSE was graded on a numerical scale from 1 to 5, with 1 being the highest, and 5 being the lowest passing grade. Below 5 there was a U (ungraded) grade. The highest grade, 1, was considered equivalent to an O-Level C grade or above, and achievement of this grade often indicated that the student could have taken an O-Level course in the subject to achieve a higher qualification. As the two were independent qualifications with separate syllabi, a separate course of study would have to be taken to "convert" a CSE to an O-Level in order to progress to A-Level. [ дәйексөз қажет ]

There was a previous attempt to unite these two disparate qualifications in the 1980s, with a trial "16+" examination in some subjects, awarding both a CSE and an O-Level certificate, before the GCSE was introduced. The final O-level/CSE examinations were sat in 1987. [ дәйексөз қажет ]

Introduction of the GCSE Edit

GCSEs were introduced in 1988 [2] to establish a national qualification for those who decided to leave school at 16, without pursuing further academic study towards qualifications such as A-Levels or university degrees. They replaced the former CSE and O-Level qualifications, uniting the two qualifications to allow access to the full range of grades for more students. However the exam papers sometimes had a choice of questions designed for the more able and the less able candidates.

Upon introduction, the GCSEs were graded on a letter scale, from A to G, with a C being set as roughly equivalent to an O-Level Grade C, or a CSE Grade 1, and thus achievable by roughly the top 25% of each cohort.

Changes since initial introduction Edit

Over time, the range of subjects offered, the format of the examinations, the regulations, the content, and the grading of GCSE examinations has altered considerably. Numerous subjects have been added and changed, and various new subjects are offered in the modern languages, ancient languages, vocational fields, and expressive arts, as well as Citizenship courses. [3]

Introduction of the A* grade Edit

In 1994, the A* grade was added above the grade A, to further differentiate attainment at the very highest end of the qualification. This remained the highest grade available until 2017. The youngest pupil to gain an A* grade was Thomas Barnes, who earned an A* in GCSE Mathematics at the age of 7. [4]

2000s reforms Edit

Between 2005 and 2010, a variety of reforms were made to GCSE qualifications, including increasing modularity and a change to the administration of non-examination assessment.

From the first assessment series in 2010, controlled assessment replaced coursework in various subjects, requiring more rigorous exam-like conditions for much of the non-examination assessed work, and reducing the opportunity for outside help in coursework.

2010s reforms Edit

Under the Conservative government of David Cameron, and Education Secretary Michael Gove, various changes were made to GCSE qualifications taken in England. Before a wide range of reforms, interim changes were made to existing qualifications, removing the January series of examinations as an option in most subjects, and requiring that 100% of the assessment in subjects from the 2014 examination series is taken at the end of the course. These were a precursor to the later reforms. [5]

From 2015, a large-scale programme of reform began in England, changing the marking criteria and syllabi for most subjects, as well as the format of qualifications, and the grading system. [6] [7]

Under the new scheme, all GCSE subjects were revised between 2015 and 2018, and all new awards will be on the new scheme by summer 2020. The new qualifications are designed such that most exams will be taken at the end of a full 2-year course, with no interim modular assessment, coursework, or controlled assessment, except where necessary (such as in the arts). Some subjects will retain coursework on a non-assessed basis, with the completion of certain experiments in science subjects being assumed in examinations, and teacher reporting of spoken language participation for English GCSEs as a separate report.

Other changes include the move to a numerical grading system, to differentiate the new qualifications from the old-style letter-graded GCSEs, publication of core content requirements for all subjects, and an increase in longer, essay-style questions to challenge students more. Alongside this, a variety of low-uptake qualifications and qualifications with significant overlap will cease, with their content being removed from the GCSE options, or incorporated into similar qualifications. A range of new GCSE subjects were also introduced for students to study from 2017, 2018. 2019, and 2020. [8]

GCSE examinations in English and mathematics were reformed with the 2015 syllabus publications, with these first examinations taking places in 2017. The remainder were reformed with the 2016 and 2017 syllabus publications, leading to first awards in 2018 and 2019, respectively.

For GCSE Science, the old single-award "science" and "additional science" options are no longer available, being replaced with a double award "combined science" option (graded on the scale 9–9 to 1–1 and equivalent to 2 GCSEs). Alternatively, students can take separate qualifications in chemistry, biology, and physics. Other removed qualifications include a variety of design technology subjects, which are reformed into a single "design and technology" subject with multiple options, and various catering and nutrition qualifications, which are folded into "food technology". Finally, several "umbrella" GCSEs such as "humanities", "performing arts", and "expressive arts" are dissolved, with those wishing to study those subjects needing to take separate qualifications in the incorporated subjects. [9]

Implications for Wales and Northern Ireland Edit

These reforms do not directly apply in Wales and Northern Ireland, where GCSEs will continue to be available on the A*-G grading system. However, due to legislative requirements for comparability between GCSEs in the three countries, and allowances for certain subjects and qualifications to be available in Wales and Northern Ireland, some 9–1 qualifications will be available, and the other changes are mostly adopted in these countries as well. [10]

In Northern Ireland, a decision was taken by Minister of Education, Peter Wier (DUP), in 2016 [11] to align the A* Grade to the 9 Grade of the English reformed qualifications. The first award of the new A* grade being in 2019. A C* grade was also introduced in Northern Ireland to align to the 5 Grade in England, again with first awarding in 2019. GCSEs in Northern Ireland remain modular and science practicals can count towards the overall grade outcome. Speaking and listening also remains a component of the GCSE English Language specification.

Historically, there were a variety of regional examination boards, or awarding organisations (AOs), who set examinations in their area. Over time, as deregulation allowed schools to choose which boards to use, mergers and closures have led to only 5 examination boards remaining today:

    (AQA), which absorbed the following boards: AEB, JMB, NEAB, and SEG. (OCR), which absorbed the Oxford Delegacy of Local Examinations, Cambridge Local Examinations, Oxford & Cambridge Examinations Board, MEG, and RSA exam boards. , which absorbed the LREB, BTEC, and ULEAC boards. (WJEC or CBAC), the main examining board in Wales. (CCEA), the examining board and regulator in Northern Ireland.

The examination boards operate under the supervision of Ofqual (The Office of Qualifications and Examinations Regulation) in England, Qualifications Wales in Wales, and the CCEA in Northern Ireland.

In England, AQA, OCR, and Pearson operate under their respective brands. Additionally, WJEC operate the brand Eduqas, which develops qualifications in England. CCEA qualifications are not available in England.

In Wales, WJEC is the only accredited awarding body for GCSEs in the public sector, and thus no other board formally operates in Wales. However, some qualifications from the English boards are available as designated qualifications in some circumstances, due to not being available from WJEC.

In Northern Ireland, CCEA operates as both a board and a regulator. Most qualifications from the English boards are also available, with the exception of English language and the sciences, due to requirements for speaking and practical assessment, respectively. [12]

Students usually take at least 5 GCSEs in Key Stage 4, in order to satisfy the long-standing headline measure of achieving 5 A*-C grades, including English, Mathematics, and Science. The exact qualifications taken by students vary from school to school and student to student, but schools are encouraged to offer at least one pathway that leads to qualification for the English Baccalaureate, requiring GCSEs in English language, English literature, mathematics, 2 science GCSEs, a modern or ancient language, and either history or geography. [ дәйексөз қажет ]

Subjects Edit

The list of currently available GCSE subjects is much shorter than before the reforms, as the new qualifications in England all have core requirements set by the regulator, Ofqual, for each subject. In addition, there are several subjects where only one board offers qualifications, including some that are only available in one country of the UK for that reason. The following lists are sourced from the exam board websites. [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20]

Core subjects Edit

These are the requirements for achieving the English Baccalaureate headline measure in league tables, from 2017 onwards. [21] The Baccalaureate itself does not garner a certificate for students. Other subjects, especially religious studies, citizenship studies, computer science, or physical education are compulsory in some schools as these subjects form part of the National Curriculum at Key Stage 4.

  • English: both English Language and English Literature
  • Математика
  • Ғылым: See GCSE Science. Biology, Chemistry and Physics or Combined Science. Computer Science is also considered a science for the English Baccalaureate
  • Languages: one GCSE in a modern or ancient language
    • Modern languages: Arabic, Bengali, Chinese (Cantonese), Chinese (Mandarin), French, German, Modern Greek, Gujarati, Modern Hebrew, Italian, Japanese, Panjabi, Persian, Polish, Portuguese, Russian, Spanish, Turkish, Urdu
    • Ancient languages: Classical Greek, Biblical Hebrew, Latin

    Other subjects Edit

    • Sciences and Mathematics:
      • Astronomy
      • Геология
      • Психология
      • Statistics
      • Sociology
      • Ancient History
      • Citizenship Studies
      • Classical Civilisation
      • Religious Studies
      • Business Studies
      • Экономика
      • Design and Technology
      • Electronics
      • Engineering
      • Food Preparation & Nutrition
      • Art and Design
      • Dance
      • Drama
      • Film Studies
      • Media Studies
      • Music
      • Photography
      • Graphics
      • Physical Education
      • Agriculture and Land Use
      • Business and Communication Systems
      • Child Development
      • Construction and the Built Environment
      • Contemporary Crafts
      • Digital Technology
      • Further Mathematics
      • Government and Politics
      • Health and Social Care
      • Home Economics
      • Hospitality
      • Irish
        • Irish
        • Gaeilge
        • Information and Communication Technology
        • Welsh (compulsory in Welsh schools):
          • Welsh Language (first language)
          • Welsh Literature (first language)
          • Welsh Second Language

          Grades and tiering Edit

          GCSEs are awarded on a graded scale, and cross two levels of the Regulated Qualifications Framework (RQF): Level 1 and Level 2. These two levels roughly correspond, respectively, to foundation and higher tier in tiered GCSE qualifications. Level 1 qualifications constitute GCSEs at grades G, F, E, and D or 1, 2, and 3. Level 2 qualifications are those at grades C, B, A, and A* or 4, 5, 6, 7, 8, and 9.

          The tiering of qualifications allows a subset of grades to be reached in a specific tier's paper. Formerly, many subjects were tiered, but with the mid-2010s reform, the number of tiered subjects reduced dramatically, including the removal of tiering from the GCSE English specifications. Untiered papers allow any grade to be achieved. Coursework and controlled assessment tasks are always untiered.

          In the past, mathematics qualifications offered a different set of tiers, with three. These were foundation tier at grades G, F, E, and D intermediate tier at grades E, D, C, and B and higher tier at grades C, B, A, and A*. This eventually changed to match the tiers in all other GCSE qualifications.

          The evolution of grades, and a rough comparison between them is as follows:

          Approximate equivalences for GCSE, O-Level and CSE grades
          GCSE Grade O-Level Grade CSE Grade
          England
          from 2017 a
          Northern Ireland
          from 2019 b
          Wales from 1994
          England, NI 1994–2019 c
          1988–1993 1975–1987 d 1965–1987
          9 A* A* А А
          8 А
          А
          7
          6 Б Б Б Б
          5 C*
          C C C 1
          4 C
          3 D D D D 2
          Е Е Е Е 3
          2
          Ф Ф Ф U 4
          1
          Г Г Г 5
          U U U U U

          • Ескертпелер:
            • GCSE grades 9 to 4 (A* to C) – Certificate and qualification awarded. At GCSE, considered a 'good pass', and awards a qualification at Level 2 of the RQF.
            • GCSE grades 3 to 1 (D to G) – Certificate and qualification awarded. At GCSE, awards a qualification at Level 1 of the RQF.
            • U: ungraded/unclassified – no certificate or qualification awarded
            • ^a 9–1 grades phased in by subject between 2017 and 2019 in England
            • ^b New A*–G grades in Northern Ireland from 2019 [22]
            • ^c A*–G grades as used in Wales since 1994, and in England and Northern Ireland between 1994 and 2019
            • ^d Before 1975, each exam board had its own grading system (some used letters, others numbers). Grades were only given to schools and not recorded on students' certificates

            Letter grades Edit

            When GCSEs were first introduced in 1988, they were graded on a letter scale in each subject: A, B, C, D, E, F, and G being pass grades, with a U (unclassified) grade below that which did not qualify the student for a certificate.

            These grades were initially set such that a GCSE grade C was equivalent to an O-Level grade C or a CSE grade 1, though changes in marking criteria and boundaries over the years mean that this comparison is only approximate.

            Infrequently, X and Q grades are awarded. X indicates that a course was not completed in full, and therefore an appropriate grade cannot be calculated. The Q (query) grade is a temporary grade that requires the school to contact the examining body. These latter two grades are both usually provisional, and are replaced with a regular grade once any issues have been resolved. X grades are also sometimes used for other purposes, on rare occasions, such as to indicate that an examiner found offensive material or hate speech within a student's responses. In some cases, this may lead to the student losing all marks for that paper or course. These grades are most common in subjects which discuss ethical issues, such as biology, religious studies, and citizenship. [ дәйексөз қажет ]

            In 1994, an A* grade was added above the initial A grade to indicate exceptional achievement, above the level required for the A grade.

            Under the letter grade scheme, foundation tier papers assess content at grades C to G, while higher tier papers assess content at grades A* to C. In foundation tier papers, the student can obtain a maximum grade of a C, while in a higher tier paper, they can achieve a minimum grade of a D. If a higher tier candidate misses the D grade by a small margin, they are awarded an E. Otherwise, the grade below E in these papers is U. In untiered papers, students can achieve any grade in the scheme. [ дәйексөз қажет ]

            This scheme is being phased out in England, but remains in Wales and Northern Ireland. In Northern Ireland, the A* grade has been adjusted upwards with the introduction of the numerical scheme in England, such that an A* is equivalent to a new English grade 9. Northern Ireland also added a C* grade to line up with the grade 5 in the English grading. [ дәйексөз қажет ]

            Numerical grades (2017 onwards) Edit

            From 2017 in England (and in Wales and Northern Ireland on qualifications from the English-based awarding bodies), most GCSEs are now assessed on a 9-point scale, using numbers from 9 to 1, and, like before, a U (unclassified) grade for achievement below the minimum pass mark. Under this system, 9 is the highest grade, and is set above the former A* classification, equivalent to the new Northern Irish A* grade. The former C grade is set at the new grade 4, now known as a "standard pass", and grade 5 being considered a "strong pass" under the new scheme.

            Although fewer qualifications have tiered examinations than before, the tiering system still exists. At foundation tier, the grades 1, 2, 3, 4, and 5 are available, while at higher tier, the grades 4, 5, 6, 7, 8, and 9 are targeted. Once again, if a higher-tier student misses the grade 4 mark by a small margin, they are awarded a grade 3. Controlled assessment and coursework tasks are untiered.

            The youngest person known to have achieved a grade 9 is Ellie Barnes who achieved the grade in Mathematics aged 8 years old. [23] [24] [25]

            Results Edit

            GCSE results are published by the examination board in August, for the previous exam series in April to June of the same year. They are usually released one week after the A-Level results, on the Thursday which falls between 20 August and 26 August. The examination results are released to centres (schools) prior to the release to candidates and the public. Examination results are released by the Joint Council for Qualifications (JCQ), which represents the main GCSE awarding organisations. Some boards and schools release results online, although many still require students to attend in person to collect their results from the centre they sat exams at. [26]

            In England, these results then go on to inform league tables published in the following academic year, with headline performance metrics for each school.

            UK GCSE Grades Awarded (%'age) (letter system) [27]
            A* А Б C D Е Ф Г U A*+A A*-C entries
            1988 Жоқ 8.4 12.8 20.7 19.3 16.6 12.5 6.3 3.4 8.4 41.9 5,230,047
            1989 9.9 13.8 21.9 19 15.8 11.2 5.6 2.9 9.9 45.6 5,132,998
            1990 10.8 14.4 22.5 18.7 15.3 10.6 5.2 2.5 10.8 47.7 5,016,547
            1991 11.4 14.7 22.4 18.6 15 10.5 5.3 2.2 11.4 48.5 4,947,593
            1992 12.3 15.3 22.9 18.6 14.7 9.9 4.7 1.6 12.3 50.5 5,028,554
            1993 12.5 15.9 23.1 18.6 14.2 9.3 4.4 1.8 12.5 51.5 4,968,634
            1994 2.8 10.2 18 21.8 18.7 13.7 9.3 4.1 1.5 13 52.8 5,029,599
            1995 3.2 9.9 17.8 22.1 18.6 14 9 3.9 1.5 13.1 53 5,431,625
            1996 3.4 10.3 18 22.3 18.6 13.4 8.7 3.8 1.5 13.7 54 5,475,872
            1997 3.6 10.5 18.1 22.3 18.7 13.3 8.5 3.6 1.5 14.1 54.4 5,415,176
            1998 4.1 10.6 16.5 23.6 18.6 13.2 7.6 3.5 2.3 14.7 54.8 5,353,095
            1999 4.4 10.8 16.9 23.7 18.7 12.7 7.5 3.3 2 15.2 55.8 5,374,751
            2000 4.6 11.2 17 23.8 18.4 12.5 7.2 3.2 2.1 15.8 56.6 5,481,920
            2001 4.9 11.2 16.9 24.1 18.3 12.1 7.1 3.3 2.1 16.1 57.1 5,632,936
            2002 5 11.4 17.4 24.1 18.1 12 6.7 3.2 2.1 16.4 57.9 5,662,382
            2003 5.1 11.6 17.3 24.1 17.7 11.7 6.8 3.3 2.4 16.7 58.1 5,733,487
            2004 5.6 11.8 17.3 24.5 17.3 11.3 6.6 3.2 2.4 17.4 59.2 5.875,373
            2005 5.9 12.5 18 24.8 17.3 10.5 6 2.8 2.2 18.4 61.2 5,736,505
            2006 6.3 12.8 18.3 25 17.3 10.2 5.6 2.6 1.9 19.1 62.4 5,752,152
            2007 6.4 13.1 18.6 25.2 17.2 9.8 5.3 2.4 2 19.5 63.3 5,827,319
            2008 6.8 13.9 19.8 25.2 16.6 9.1 4.7 2.3 1.6 20.7 65.7 5,669,077
            2009 7.1 14.5 19.9 25.6 16.5 8.5 4.4 2.1 1.4 21.6 67.1 5,469,260
            2010 7.5 15.1 20.6 25.9 15.9 7.8 4 1.9 1.3 22.6 69.1 5,374,490
            2011 7.8 15.4 21.7 24.9 15.1 7.8 4.1 2 1.2 23.2 69.8 5,151,970
            2012 7.3 15.1 21.7 25.3 15.9 7.7 4.1 1.9 1 22.4 69.4 5,225,288
            2013 6.8 14.5 21.5 25.3 16.6 8 4.1 2 1.2 21.3 68.1 5,445,324
            2014 6.7 14.6 21.9 25.6 16.3 7.6 3.8 2.0 1.5 21.3 68.8 5,217,573
            2015 6.6 14.6 22.1 25.7 16.4 7.6 3.7 1.9 1.4 21.2 69 5,277,604
            2016 6.5 14.0 21.4 25.0 16.9 8.3 4.2 2.1 1.6 20.5 66.9 5,240,796
            2017 7.1 14.2 20.6 23.5 16.8 9.3 4.7 2.3 1.5 21.3 65.3 3,694,771
            2018 7.0 14.7 21.8 23.4 15.2 8.5 4.5 2.7 2.2 21.7 66.9 860,246

            Дереккөз: Joint Council for General Qualifications via Brian Stubbs.
            Ескерту: In the final year DES statistics for O-Levels are available, and across all subjects, 6.8% of candidates obtained a grade A, and 39.8% achieved grades A to C.


            Which set of commands allows the engineer to complete the task without compromising voice quality?

            A collaboration engineer must configure Cisco Unified Border Element to support up to five concurrent outbound calls across an Ethernet Link with a bandwidth of 160 kb to the Internet Telephony service provider.

            Which set of commands allows the engineer to complete the task without compromising voice quality?
            А . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml
            codec aacld
            B dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml
            codec ilbc mode 20
            C . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml
            codec mp4a-latm
            D . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml


            Leadership at Camp

            We strongly believe in the power of girls and young women&mdashwe know they are leaders and we strive to give our campers many leadership opportunities at every age. Our oldest camper group, the Monarchs (campers entering 9th grade), participate in various leadership and team-building activities designed to guide them in navigating their inner and outer worlds with kindness, grace, and responsibility. Campers identify their own leadership strengths and style while building inner resources to grow from both conflict and failure. These activities incorporate curriculum from Girls Leadership and The Embody Love Movement and include mindfulness and self-compassion exercises, conflict resolution practice, and body positivity through experiential education.

            We are here to build community together, redefining leadership for the modern girl where speaking up doesn&rsquot have to be scary, mistakes are celebrated in every way, and young women know their worth from the inside out.


            Бейнені қараңыз: 9-сынып. Биология пәні. Жасушалық құрылымдар (Ақпан 2023).