Ақпарат

ПДБ-да екі ақуыздың қайталама құрылымы «қабатталуы» мүмкін бе?

ПДБ-да екі ақуыздың қайталама құрылымы «қабатталуы» мүмкін бе?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Протеин деректер банкі файлдарындағы синтаксиске қатысты техникалық сұрағым бар. PDB# 1AE9 (pdb файлы) бар ақуызда .pdb файлында екі жол бар:

HELIX 4 4 MET A 255 ILE A 265 1 11 PARK 2 B 2 ILE A 253 MET A 255 -1 N ILE A 253 O ILE A 248

Енді, мен құжаттаманы түсінгендей, бұл "MET A 255" қалдығынан "ILE A 265" қалдығына дейін альфа спираль бар екенін білдіреді. Сондай-ақ, «ILE A 253» бастап «MET A 255» бета тізбегі бар. Біз альфа спиралі мен бета тізбегі «MET A 255» қалдығын бөлісетінін көреміз.

Құжаттама оларды келесідей сипаттайды:

  • «Бастапқы қалдықтың атауы».
  • «Спиральдың терминалдық қалдығының атауы».

Бұл тұжырым «бастапқы» қалдық қосылғанын білдіреді, бірақ мен «терминал» қалдығының қосылатынына немесе қосылмайтынына сенімді емеспін.

Сұрақ: Бұл қалдықты альфа спираліне де, бета тізбегіне де тиесілі деп санауым керек пе? Немесе «терминал» қалдығын қайталама құрылым элементіне жатпайды деп санау керек пе? (Немесе басқа нәрсе ме?)


TLDR; Жауап: Сіз мүмкін бұл нақты қалдықты екі құрылымдық элементтерге де жатқызыңыз, бірақ бұл күрделі шақыру және екінші құрылымды тағайындау әдісіне байланысты.

Екінші реттік құрылымның анық емес бөлінуі жиі кездеседі. Бұл ақуызды көп адамдар пайдалана алмайтыны анық, бірақ төменде келтірілген әдіс басқа ақуыздар үшін пайдалы болуы мүмкін.

Пимолдың әдепкі тағайындауы

PyMol-де мен қолдандым1ae9 алужәне A тізбегінің 255 позициясында М қызыл түспен ерекшеленді. Мен бұл неліктен қанағаттанарлық көрініс емес екенін түсінемін: бета парағын бөлу өте қысқа және қаралып жатқан қалдық спиральдың басы екені анық.

DSS консервативті

Неғұрлым консервативті қосалқы құрылымды бөлуді іске қосу үшінdssпимолда (суарылған дсп). Бұл бета парақтардың шынымен болжамды екенін көрсетеді.

Неліктен біз таяқша үлгісін (төменде) қараған кезде көре аламыз. Жақын жерде сутегі байланысы үшін қол жетімді болатын бірнеше (2-4) қалдық жұп бар, тіпті барлық 4 нысанды Н-байланыстар деп атасақ, ақ ниетті бета парағын аздап жомарт деп санауға болады.

Қос тапсырма жақсы болуы мүмкін.

Бұл мысалға қарап (1ae9), біз басқа гипотезалық бета парақпен H-байланыстыру мүмкіндігін, сондай-ақ спираль түзе бастаған омыртқа бұрышын көреміз. Бұл екі жақты тағайындаудың классикалық жағдайы. @AlexanderDScouras екеуі де жақсы және тікелей деген ақылға қонымды қорытынды жасайды сұраққа жауап беріңіз: қосарлы тағайындау мүмкін және рұқсат етілген. Мен осы нақты жағдайда бета парақтарын жоққа шығарғым келеді, бірақ егер шаш қыстырғыш ілмегінде сутегі байланысының көп екенін атап өту керек.

Бұл ақылға қонымды болғанша.

Тапсырманы ақылға қонымды түрде негіздей алатын болсаңыз, бұл жақсы болуы мүмкін. Кез келген қалдықты және қосымша құрылымды қолмен тағайындауға болады.

# қалдық 155 альфа-спиральді өзгертуге 155/, ss="H" # өзгерістерді көрсету үшін PyMOL ішіндегі көріністі жаңартыңыз. қайта құру

Дәлелдемелер әрқашан қолмен тапсырмаларды қолдау үшін жақсы идея болып табылады. Жылдам және егжей-тегжейлі әдіс - бірнеше қосымша құрылым болжаушылары арқылы тізбекті іске қосу немесе біраз қиындықтан құтқару үшін genesilico метасерверін пайдалану (сізге тіркелгі қажет болады) (Бұл бір қадам артқа кеткендей сезінеді, өйткені сізде қазір құрылым бар, сондықтан сақ болыңыз - егер реттілік болжам құрылымға сәйкес дұрыс болмаса, ол дұрыс емес шығар.). Шигета ұсынған тағы бір әдіс - мұны Рамачандран сюжеті арқылы жүргізу (RAMPAGE - сүйікті).

Егер солай болса өте өте түсініксіз болса, ақуыздың бұл бөлігі маңызды болған кезде оны мұқият және анық талқылаңыз. Бұл қайталама құрылым тапсырмаларында біршама ерікті үзілістер бар және заттар шектерге жақындағанда, жағдайға нақтылық пен нақтылықпен қарау маңызды.


Рамачандран сюжеті суретінің көзі: Dcrjsr бойынша - Жеке жұмыс, CC BY 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=9105708


Бұл спиральдар мен парақтарды қалай анықтағыңыз келетіні туралы философиялық сұрақ, мен бұл соншалықты жақсы анықталмаған деп айтқым келеді. Шигета олардың жақсы анықталған рамачандран координаттары бар екенін айтады, бірақ бұл орталық қалдықтар үшін. Терминал қалдықтары әлдеқайда икемді. Неғұрлым дәстүрлі анықтама DSSP алгоритмі бойынша, яғни олардың сутегі байланысының негізгі тізбегі қандай.

DSSP алгоритмі тапсырмаларға қатысты біршама консервативті, көбінесе парақтарда да, бұрандаларда да бірінші және соңғы қалдықтарды қалдырады. Депозитке салынған құрылымдарда авторлық аннотацияларды DSSP және STRIDE-мен салыстыруға болады және авторлардың екеуінен де ұзағырақ жүгірулерді жиі тағайындайтынын көруге болады. Мен, әрине, қалдық екеуіне де аннотацияланған құрылымдарды көрдім, әсіресе ол құрылымның қосалқы екі элементінің түйіскен жерінде.

Құрылымға қарайтын болсақ, 254 және 255 қалдықтары бір жағынан бета-параққа сутекпен байланысады, ал екінші жағынан альфа спираль болып табылады, сондықтан мен оларды екеуіне де аннотациялауға болмайтынын көремін.


Бейнені қараңыз: 11 ЖМБ. Ақуыздар (Ақпан 2023).