Ақпарат

«Барқыт» құрастырушыдағы контиг атауындағы «ков» нені білдіреді?

«Барқыт» құрастырушыдағы контиг атауындағы «ков» нені білдіреді?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Барқыт құрастырушы жасаған contig атауының үлгісі:

NODE_127_length_39203_cov_244.873016

Не істейдіcov_244.873016білдіреді?

Бұл сияқты естіледіқамту. Мағынасы бар мақамтуды оқидынемесе басқа статистикалық сипаттамасы?


Бұл білдіреді k-mer қамту. Барқыт нұсқаулығынан:

4.2.1 contigs.fa файлы

Бұл fasta файлында 2 к-тен ұзын конигигтер тізбегі бар, мұндағы k-бархатта қолданылатын сөз ұзындығы. Егер сіз а min_contig_length шекті болса, онда осы мәннен қысқа контигтер алынып тасталады. Әрбір контигтің тақырыбында берілген ұзындық пен қамту ақпараты тиісінше k-mers және k-mer қамтуында (5.2 қараңыз) түсінілуі керек екенін ескеріңіз. Мысалы, 500bp contig және k-mer 21 ұзындығы үшін тақырыптағы ұзындық 480 болады.